合肥烈冰單細(xì)胞多組學(xué)測序

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析策略進(jìn)行分析，例如，利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時(shí)期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號通路及其關(guān)鍵基因的較大情況，揭示在特定發(fā)育時(shí)期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學(xué)過程。針對任何一個(gè)基因，空間轉(zhuǎn)錄組可以顯示表達(dá)該基因的點(diǎn)陣及其空間排布；單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組可以給出該基因表達(dá)的細(xì)胞類群；原位測序可以給出該基因在細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)狀況。通過不同發(fā)育時(shí)間點(diǎn)的信息比較，可以分析細(xì)胞類群在某個(gè)部位在不同時(shí)間點(diǎn)的差異，給出其在細(xì)胞內(nèi)的真實(shí)的演變狀況。利用單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)能夠更有效地研究細(xì) 胞在特定時(shí)空狀態(tài)下各組學(xué)間的復(fù)雜聯(lián)系。合肥烈冰單細(xì)胞多組學(xué)測序

當(dāng)下，單細(xì)胞測序已經(jīng)廣泛應(yīng)用于多種疾病發(fā)展過程中的關(guān)鍵過程和事件，如疾病從輕癥病變向惡性的轉(zhuǎn)化、惡性向轉(zhuǎn)移病變的發(fā)展，以及疾病對多種藥物的反應(yīng)等等。單細(xì)胞測序技術(shù)作為一個(gè)需要將組織解離成為單細(xì)胞懸液，或者是采用細(xì)胞核捕獲的策略捕獲單細(xì)胞核，進(jìn)而對于每一個(gè)單細(xì)胞或者細(xì)胞核進(jìn)行測序得到結(jié)果的技術(shù)，其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個(gè)問題就是如果單細(xì)胞A與B并不出現(xiàn)在一個(gè)組織區(qū)域中他們會互相影響或者轉(zhuǎn)化么？免疫研究中，兩個(gè)具有非常強(qiáng)的PDL1-PD1的配對關(guān)系的細(xì)胞在組織切片上風(fēng)馬牛不相及，這樣PDL1-PD1的關(guān)系會生效么？青島single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測序深度的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)解讀助力生物健康醫(yī)療時(shí)代。

多樣本數(shù)據(jù)合并：FractionofReadsKept：合并樣本時(shí)，各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計(jì)算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大，需要進(jìn)行Downsample處理，以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測序深度標(biāo)化到同一水平，從而避免因測序深度差異導(dǎo)致的基因檢測數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學(xué)意義；從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究，加速科研進(jìn)程！

高通量測序技術(shù)（High-throughputsequencing）又稱“下一代”測序技術(shù)（“Next-generation”sequencing），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定和一般讀長較短等為標(biāo)志。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定，因此在有些文獻(xiàn)中稱其為下一代測序技術(shù)(nextgenerationsequencing)足見其劃時(shí)代的改變，同時(shí)高通量測序使得對一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。而烈冰科技具有專業(yè)生物背景和十二年科研服務(wù)經(jīng)驗(yàn)，已助力Nature，immunity等在內(nèi)的300+篇CNS文章發(fā)表。單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)整合的一大挑戰(zhàn)在于不同組學(xué)的特征空間存在差異。

未來,單細(xì)胞多組學(xué)測序技術(shù)的發(fā)展,一方面將集中在對現(xiàn)有技術(shù)的優(yōu)化和新方法的開發(fā).現(xiàn)有技術(shù)的優(yōu)化不僅包括建庫手段、測序技術(shù)和算法工具等方面,還包括優(yōu)化實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、自動化實(shí)驗(yàn)流程以及提升實(shí)驗(yàn)效率.為了更好地檢測到各種大分子的特征,研究者可以考慮從生物、化學(xué)和物理等多學(xué)科中尋找解決方案.此外,新的計(jì)算方法和分析工具能幫助研究者越過一些實(shí)驗(yàn)限制,發(fā)現(xiàn)更多新奇的生物過程.例如,擬時(shí)序分析(pseudotimetrajectory)將有助于人們理解早期胚胎發(fā)育的細(xì)胞分化軌跡.新方法則可以更多地關(guān)注目前未能檢測到的一些重要的基因表達(dá)調(diào)控層面,如DNA三維結(jié)構(gòu)、非編碼RNA和胞內(nèi)蛋白等.另一方面,目前的單細(xì)胞多組學(xué)測序技術(shù)發(fā)展勢頭強(qiáng)勁,研究者不斷研發(fā)并豐富著單細(xì)胞測序工具箱,各種組學(xué)方法百家爭鳴.未來,研究者需要從眾多相似的方法中篩選出一些穩(wěn)定、通用、成本低、可商業(yè)化的方法,并進(jìn)一步擴(kuò)大其實(shí)際應(yīng)用范圍。未來，單細(xì)胞多組學(xué)測序技術(shù)的策略會繼續(xù)向轉(zhuǎn)錄組結(jié)合其他多個(gè)組學(xué)的三組學(xué)甚至四組學(xué)方向發(fā)展。北京烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析

為了能深入分析和理解細(xì)胞狀態(tài)和命運(yùn)決定的機(jī)制, 將單細(xì)胞各組學(xué)技術(shù)結(jié)合在一起的單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生。合肥烈冰單細(xì)胞多組學(xué)測序

基于橋式PCR技術(shù)的簇生成可以將模版鏈迅速擴(kuò)增成千上萬倍，保證過程中足夠的測序深度。測序時(shí)使用特殊標(biāo)記的dNTP：1）堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團(tuán)，用于區(qū)分ATCG；2）3端使用疊氮基團(tuán)封閉，保證一次循環(huán)只上一個(gè)dNTP。每一輪循環(huán)結(jié)束時(shí)，會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像，再通入試劑除去熒光基團(tuán)和疊氮基團(tuán)，開啟下一循環(huán)。通過分析讀取同一位點(diǎn)的熒光，實(shí)時(shí)獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學(xué)反應(yīng)并不可控，隨著循環(huán)數(shù)的增大會出現(xiàn)不同步的情況，因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。合肥烈冰單細(xì)胞多組學(xué)測序

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