在轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域，空間轉(zhuǎn)錄組也開辟了新世界。Nature Methods在今年1月份將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)評價為2020年度方法，空間轉(zhuǎn)錄組方法近幾年越來越受到歡迎，它將帶領(lǐng)組學(xué)在生物學(xué)的研究上進(jìn)入新的階段。從轉(zhuǎn)錄組測序到實現(xiàn)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測序，這一過程為精確認(rèn)識不同細(xì)胞類型提供了巨大的幫助?，F(xiàn)在，新的空間轉(zhuǎn)錄組方法不僅帶來轉(zhuǎn)錄組信息，同時還提供空間信息，幫研究者更好辨別轉(zhuǎn)錄的位置，進(jìn)一步擴(kuò)展到單細(xì)胞分辨率，這會更大程度提升科學(xué)家對單個細(xì)胞的認(rèn)識和解讀?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)遍地開花，烈冰服務(wù)讓您的生物醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。廈門高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組平臺
空間轉(zhuǎn)錄組測序的關(guān)鍵就在于，解決了空間位置保留的問題。被放置在芯片區(qū)域內(nèi)的冰凍組織切片在經(jīng)過H&E染色和成像記錄后，會被進(jìn)行透化處理，釋放細(xì)胞中的RNA。芯片上的捕獲引物的中段設(shè)置了帶有獨特標(biāo)識的條形碼區(qū)域。芯片被劃分為了數(shù)個不同的捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域中錨定的引物都帶有不同的條形碼序列。每個區(qū)域?qū)?yīng)的組織位置會被記錄下來，然后再進(jìn)行測序后，通過條形碼將不同區(qū)域的測序結(jié)果，映射到對應(yīng)的組織位置上，拼貼形成組織樣品的空間轉(zhuǎn)錄組圖像。深圳上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測序烈冰生物為您提供一站式全流程空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)。
空間轉(zhuǎn)錄組測序與單細(xì)胞測序的結(jié)果不同，這里存在一個概念叫做NumberofSpotsundertissue，即，空間轉(zhuǎn)錄組片子上組織覆蓋的有效的spot位點。這個有效Spot的篩選標(biāo)準(zhǔn)是有UMI以及有序列表達(dá)。那么這個時候，貼片的質(zhì)量就成為了制約空間轉(zhuǎn)錄組有效區(qū)域的要點了。如果組織沒有很好地覆蓋到空轉(zhuǎn)片上，那么容易出現(xiàn)雖然有HE染色有組織片子，但是沒有基因表達(dá)，即無有效Spot位點。同樣的，另一個就是組織切片的大小，也就是說組織切片在整個玻片的覆蓋面積越小，分析的有效區(qū)域就越少。這兩者基本上決定了整個空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的基礎(chǔ)質(zhì)量。
多樣本數(shù)據(jù)合并：FractionofReadsKept：合并樣本時，各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大，需要進(jìn)行Downsample處理，以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測序深度標(biāo)化到同一水平，從而避免因測序深度差異導(dǎo)致的基因檢測數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學(xué)意義；從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究，加速科研進(jìn)程！烈冰開展了空間轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞多組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案。
烈冰生信團(tuán)隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺，可實現(xiàn)零代碼操作、簡單方便：單細(xì)胞瀏覽器的操作簡單，不需要命令行操作。簡單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運行，即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運用自如；可視化展示海量結(jié)果文件：可視化展示Cluster的基因數(shù)，UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息；以及不同Cluster對應(yīng)的細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、RNA表達(dá)量、樣本細(xì)胞分布、線粒體RNA表達(dá)量等；3D立體展示，文章動圖先人一步：單細(xì)胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進(jìn)行三維立體展示，更加直觀立體的觀察細(xì)胞分布和聚類情況。附加流式分選細(xì)胞表面Marker，對于較低分辨率的標(biāo)志物也能有效鑒定，助力高要求測序項目。合肥烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測序
測序可準(zhǔn)確地分析基因表達(dá)差異、基因結(jié)構(gòu)變異、篩選分子標(biāo)記（SNPs或SSR）等生命科學(xué)重要問題。廈門高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組平臺
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（Spatial Transcriptomics）是指在組織切片上完成，保留樣本空間信息的組學(xué)研究?？臻g轉(zhuǎn)錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況，揭示精細(xì)病理區(qū)域中激發(fā)的信號通路，完成分子特征驅(qū)動病理特征的機(jī)制解析?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)完成了病理數(shù)字化結(jié)合病理影像化的技術(shù)革新，對于診斷標(biāo)志物、耐藥位點以及靶向藥物的研發(fā)，免疫治等新興領(lǐng)域都具有重要作用。當(dāng)組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時，通過透化處理，細(xì)胞內(nèi)的mRNA釋放出來，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機(jī)測序，可以將每個mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。廈門高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組平臺
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