南京上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測序服務

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程：1、組織優(yōu)化由于不同物種、組織來源的樣本所需的比較好透化時間不盡相同，在正式開展空間轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒炃?，需要利用組織優(yōu)化kit進行條件的摸索。組織優(yōu)化芯片上包含8個捕獲區(qū)域，每個區(qū)域均覆蓋了熒光標記探針，可捕獲mRNA形成帶有熒光標簽的cDNA，隨即可通過熒光成像結(jié)果判定比較好透化時間及組織優(yōu)化條件。2、空間轉(zhuǎn)錄組測序確定組織優(yōu)化條件后，即可進行切片、H&E染色及成像、空間轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建及測序分析流程?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破。南京上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測序服務

解決空間轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析中由于超大數(shù)據(jù)量、超高的質(zhì)控要求以及繁多分析需求而引起的分析困難，做到快速可定制化完成空間轉(zhuǎn)錄組分析；擁有行業(yè)先進的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的數(shù)字切片掃描儀，可以同時實現(xiàn)明場與熒光場下冷凍切片的快速掃描成像；Z-Stack多層聚焦掃描及Extended Focus 景深擴展多層融合掃描模式，進一步提升分辨率和清晰度，保證切片高分辨的數(shù)字圖像信息精細采集；能夠滿足針對分析結(jié)果中感興趣基因的RNA-FISH驗證以及組織切片的免疫組化的高清成像，獲取表達與定位信息。青島烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組多組學測序烈冰智造空間轉(zhuǎn)錄組細胞捕獲，媲美國際主流的單細胞平臺。

為同時獲得空間表達和組織學背景信息，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進行組織學染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進行表達定量。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問題，針對FFPE樣本的Visium空間基因表達解決方案無法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進行mRNA捕獲。該方案采用針對編碼基因的成對RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交。左側(cè)探針（LHS）具有部分Read 2序列，右側(cè)探針（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探針與mRNA雜交后彼此連接，而mRNA被RNase降解。組織透化后，被連接的成對探針與芯片上包含空間Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕獲，并且空間Barcode和UMI序列被延伸到成對探針序列上。攜帶空間Barcode的探針序列用于進行測序文庫構(gòu)建和測序。測序序列上的空間Barcode用于將測序序列定位到組織切片圖像上，UMI用于基因表達定量。

烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉(zhuǎn)分析工具，構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程；精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器，可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細胞測序分析結(jié)果，詳細深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata（原始數(shù)據(jù)）到Spot-Gene的具有定位信息的表達矩陣的過程后，就進入了空轉(zhuǎn)的第二步，去進行Spot的Cluster的過程，熟悉單細胞測序的研究者知道，Cluster在單細胞測序中往往表示為細胞的類型，也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細胞是一個Celltype（當然分情況也會有不同）。而在空轉(zhuǎn)中，也正是由于前面提到了細胞的非單一性，導致了這里的分群并不是單純的同一細胞類型，而應該認為是具有相同細胞組成的點陣區(qū)域，或者說是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序機構(gòu)，請認準上海烈冰生物科技。

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必耍性：研究單細胞是想要探究細胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實現(xiàn)單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中是非常重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空問轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實現(xiàn)細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態(tài)尤為必要。烈冰專精空間轉(zhuǎn)錄組測序領(lǐng)域。廣州烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表空間轉(zhuǎn)錄組測序文章近20篇。南京上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測序服務

空間轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)質(zhì)量和玻片有效區(qū)域的利用率、貼片的質(zhì)量和透化時間息息相關(guān)。貼片質(zhì)量不良會影響總的有效spot數(shù)等；而透化不合理會導致spot的reads數(shù)、基因中位數(shù)等參數(shù)。而在特異性基因表達方面，我們也可以統(tǒng)計空間轉(zhuǎn)錄組群體的特異性基因表達即Markergene，將他們在組織切片以及空轉(zhuǎn)上進行著色。我們也可以對于任意一個已知的基因或者數(shù)據(jù)庫中的一些細胞Marker，然后將其在基因表達在空間轉(zhuǎn)錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達進而了解，群體中的可能的細胞組成關(guān)系。南京上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測序服務

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