ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量測序?qū)n5轉(zhuǎn)座酶可接近的核染色質(zhì)區(qū)域進行測序分析的一種研究技術(shù)；該技術(shù)由美國斯坦福大學的研究人員開發(fā)，2013年***發(fā)表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）。通過轉(zhuǎn)座酶對特定時空下開放的核染色質(zhì)區(qū)域進行切割，獲得在該時空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。應(yīng)用領(lǐng)域，通常并不單獨使用。作為檢測表觀遺傳-染色質(zhì)開放狀態(tài)現(xiàn)象的方式，與樣本基因表達譜緊密相連，從靶標基因的表觀狀態(tài)關(guān)聯(lián)到表達水平，具有強大的數(shù)據(jù)挖掘作用。2.通過關(guān)聯(lián)基因組、外顯子，染色質(zhì)免疫共沉淀（組蛋白修飾或轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合）測序信息，形成：表觀調(diào)控-基因組-基因表達的完整調(diào)控鏈。 在哺乳動物中CpG以兩種形式存在。上海hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)
全基因組甲基化測序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結(jié)合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序，對有參考基因組進行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測“金標準”方案，***用于人、哺乳動物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標志物篩選等探索性課題的研究。靈長類早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團隊成員發(fā)表).(IF=)靈長類胚胎發(fā)生的關(guān)鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測序技術(shù)，詳細研究了獼猴早期著床前胚胎7個階段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化動態(tài)變化過程。******闡明了DNA甲基化動力學的“盈與虧”階段特征，并通過DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實驗表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育。 廣東ATAC技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗豐富焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平臺。
重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序是目前檢測甲基化的金標準。除了全基因組甲基化測序技術(shù)等研究手段，對于大樣本量甲基化研究來說，更需要靈活、有針對性的技術(shù)方案。NGS-BSP方法適合幾個到幾十個基因或者位點進行大樣本甲基化測序或者驗證項目，具有更快速的實驗周期及低成本優(yōu)勢。技術(shù)優(yōu)勢高效靈活的目標區(qū)域甲基化檢測的工具BSP和高通量測序完美結(jié)合，單堿基分辨率適合幾個到幾十個位點的大樣本驗證項目適合所有動物樣本、周期快、檢測位點靈活、性價比高科學方案設(shè)計從項目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計、實驗材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學、縝密的設(shè)計及時高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個區(qū)域/位點)；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測序深度：>。
Chip-Seq 是指通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DN**段，并對其進行純化和文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DN**段進行高通量測序，通過將獲得的數(shù)百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息，是目前在全基因組水平研究蛋白結(jié)合靶DNA序列的重要手段，為轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾、核小體定位等表觀遺傳學的研究提供有效方法。
應(yīng)用領(lǐng)域
1、確定組蛋白修飾的位置及其與基因表達的關(guān)系。
2、完成對轉(zhuǎn)錄因子及其它蛋白在基因組上結(jié)合位點的精細定位。
3、研究特定的核小體或組蛋白的分布。 云生物提供測序服務(wù)。
甲基化-焦磷酸測序（升級版）之前的儀器是Q96，也就是說同時可以上96個反應(yīng)，但是有效讀長只有50bp左右（50bp之后開始衰減，后面的序列只能作為參考）；升級版的Q48，也就是48孔，每次上48個反應(yīng)，但有效長度可以到100bp左右，而且之前很多不能測過去的特殊結(jié)構(gòu)，現(xiàn)在大部分也能測了。甲基化--------焦磷酸測序的優(yōu)勢。樣品要求·樣品類型細胞、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細胞樣品請?zhí)峁┲辽?×106個細胞，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，DNA樣品請?zhí)峁?μg以上的DNA·樣品質(zhì)量基因組DNA無明顯降解，主帶清晰，大于23Kb，無明顯彌散。OD260/280值在～，濃度≥50ng/μl·樣品保存細胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后，-80℃保存。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融·樣品運輸樣品置于ml凍存管中，封口膜封好。 5hmc是發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動物的“第六堿基”。北京hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)售后分析
在正常組織里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修飾的。上海hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)
甲基化是表觀修飾的重要部分，DNA甲基化可以引起DNA構(gòu)象、穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而影響基因表達。DNA鏈中含有很多CpG結(jié)構(gòu)，雙鏈DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化，基因組中60~90%的CpG都被甲基化，未甲基化的CpG成簇出現(xiàn)在基因啟動子**序列或者轉(zhuǎn)錄起始位點。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶可以催化CpG的甲基化反應(yīng)。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶有兩種，Dnmt1是一種持續(xù)性甲基化轉(zhuǎn)移酶，作用于只有一條鏈甲基化的DNA雙鏈，使其完全甲基化，參與DNA復(fù)制過程中新合成鏈的甲基化修飾；Dnmt3a/Dnmt3b是一種從頭甲基化轉(zhuǎn)移酶，可以在CpG上產(chǎn)生新的甲基化修飾，首先半甲基化，繼而全甲基化，該甲基化轉(zhuǎn)移酶可能參與細胞生長分化的調(diào)控，在**基因甲基化中起到重要作用。近年來CRISPR/Cas9技術(shù)得到快速發(fā)展，在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一個Dnmt3a，能夠通過dCas9介導(dǎo)特定位點的甲基化修飾，調(diào)控相關(guān)基因的表達。 上海hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)