高通量BSP——目標(biāo)位點(diǎn)/基因甲基化驗(yàn)證方案?？茖W(xué)方案：設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果。樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個(gè)區(qū)域/位點(diǎn))；樣品濃度>30ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測(cè)序深度：>100X。信息分析：基于靶向序列的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在組間樣本的可視化，多樣本甲基化聚類與臨床樣本特征關(guān)聯(lián)分析等。芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具。四川hMeDIP-SeqDNA甲基化怎么樣
安捷倫公司芯片平臺(tái)因其強(qiáng)大的eArray探針設(shè)計(jì)平臺(tái)，可以進(jìn)行芯片的定制。在甲基化領(lǐng)域同樣適用。合作伙伴利用Agilent芯片平臺(tái)設(shè)計(jì)了一款專門針對(duì)**啟動(dòng)子區(qū)域CpG島的甲基化芯片。絕大多數(shù)基因是針對(duì)基因的啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島設(shè)計(jì)探針。這款芯片上一共有4160個(gè)功能注釋比較明確的基因，其中2128個(gè)和**發(fā)生有關(guān)系。從功能上分，有256基因和細(xì)胞凋亡有關(guān)，1273個(gè)基因和信號(hào)傳導(dǎo)有關(guān)，487個(gè)基因和壓力和衰老有關(guān)。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理進(jìn)行甲基化檢測(cè)的方法探針的分辨率可以精確到100 bp。重慶850K芯片DNA甲基化經(jīng)驗(yàn)豐富焦磷酸測(cè)序技術(shù)是甲基化檢測(cè)新的金標(biāo)準(zhǔn)。
重亞硫酸鹽處理結(jié)合測(cè)序是目前檢測(cè)甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)。除了全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)等研究手段，對(duì)于大樣本量甲基化研究來(lái)說(shuō)，更需要靈活、有針對(duì)性的技術(shù)方案。NGS-BSP方法適合幾個(gè)到幾十個(gè)基因或者位點(diǎn)進(jìn)行大樣本甲基化測(cè)序或者驗(yàn)證項(xiàng)目，具有更快速的實(shí)驗(yàn)周期及低成本優(yōu)勢(shì)。單堿基分辨率針對(duì)目標(biāo)序列，非常靈活適合多種樣本類型應(yīng)用方向：450K/850K芯片篩選的差異甲基化CpG位點(diǎn)(DMS)。技術(shù)優(yōu)勢(shì)：高效靈活的目標(biāo)區(qū)域甲基化檢測(cè)的工具BSP和高通量測(cè)序完美結(jié)合，單堿基分辨率適合幾個(gè)到幾十個(gè)位點(diǎn)的大樣本驗(yàn)證項(xiàng)目適合所有動(dòng)物樣本、周期快、檢測(cè)位點(diǎn)靈活、性價(jià)比高。
甲基化研究項(xiàng)目各學(xué)科細(xì)分分析：從各學(xué)科細(xì)類中標(biāo)金額和中標(biāo)數(shù)量分析，**學(xué)依然是甲基化研究的熱點(diǎn)方向，該方向總計(jì)中標(biāo)金額2217萬(wàn)元，中標(biāo)數(shù)量57項(xiàng)。其它細(xì)分學(xué)科包括預(yù)防醫(yī)學(xué)、遺傳學(xué)與生物信息學(xué)、檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)也占有不少份額。甲基化研究項(xiàng)目各單位中標(biāo)情況分析：經(jīng)過(guò)整理，甲基化項(xiàng)目類中標(biāo)單位共105家單位，按中標(biāo)項(xiàng)目金額排列如下（截取部分超過(guò)百萬(wàn)的項(xiàng)目）。甲基化研究方向細(xì)分熱點(diǎn)分析："游離DNA甲基化"、"m6A-RNA甲基化"，“羥甲基化”等均是甲基化研究方向的重點(diǎn)關(guān)注內(nèi)容。尤其值得關(guān)注的是m6A相關(guān)研究近年來(lái)呈直線上升態(tài)勢(shì)，成為國(guó)自然的熱點(diǎn)。甲基化驗(yàn)證方案是TBS。
全基因組甲基化測(cè)序（Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測(cè)序，是DNA甲基化檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。技術(shù)優(yōu)勢(shì)：DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具，單堿基分辨率，檢測(cè)每個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)，全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息，適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本。云生物提供測(cè)序服務(wù)。遼寧6mADNA甲基化售后服務(wù)
甲基化驗(yàn)證是甲基化研究必不可少的一環(huán)。四川hMeDIP-SeqDNA甲基化怎么樣
甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序（MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，MeDIP-Seq）是通過(guò)5mC特異性抗體富集甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找甲基化區(qū)域?？蓮V泛應(yīng)用于甲基化與疾病關(guān)系研究。技術(shù)優(yōu)勢(shì)：全基因組范圍鑒定甲基化修飾區(qū)域，針對(duì)性檢測(cè)基因組內(nèi)具有甲基化修飾的區(qū)域，與WGBS技術(shù)相比，成本更低。科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果。四川hMeDIP-SeqDNA甲基化怎么樣