cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)；保存期間不能凍融。三、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上，不超過8小時，進行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進行，如果客戶沒有冷凍離心機，也可以在室溫條件下進行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 通過甲基化數據，篩選疾病耐藥的差異甲基化。廣東ATAC技術服務服務
聯合亞硫酸氫鈉的限制性內切酶分析法（COBRA）
這種方法是將亞硫酸氫鹽處理與酶切相結合來進行甲基化檢測。DNA樣本經亞硫酸氫鹽處理后，利用PCR擴增。擴增產物純化后用限制性內切酶（BstUI）消化。若其識別序列中的C發(fā)生完全甲基化(5mCG5mCG)，則 PCR擴增后保留為CGCG，BstU I能夠識別并進行切割；若待測序列中，C未發(fā)生甲基化，則PCR后轉變?yōu)門GTG，BstUI識別位點丟失，不能進行切割。這樣酶切產物再經電泳分離、探針雜交、掃描定量后即可計算出原樣本中甲基化的比例。
這種方法**的優(yōu)點就是相對簡單，可進行快速定量，且需要的樣本量少。然而，它的局限性也十分明顯，只能獲得特殊酶切位點的甲基化情況，且陰性結果并不能排除樣品DNA中存在甲基化的可能。 上海焦磷酸測序技術服務售后分析RRBS用于人、哺乳動物及魚類方向的高水平甲基化研究。
甲基化特異性PCR（MS-PCR）
DNA在亞硫酸氫鹽作用后，DNA CpG若無甲基化，則序列中的C改變?yōu)閁，若有甲基化則保持不變，因此從理論上講，用不同的引物做PCR，即可檢測出這種差異，從而確定基因有無CpG島甲基化。因此根據目的基因修飾前后的改變，就可以相應設計M和U引物，有時我們需要設計兩輪引物。
這種方法靈敏度高，無需特殊儀器，因此經濟實用，是目前應用**為***的檢測方法。不過也存在一定的局限性，預先需要知道待測片段的DNA序列，引物的設計非常重要。另外，亞硫酸氫鹽處理也十分關鍵，若處理不完全則可能導致假陽性的出現。
發(fā)育基因的表觀突變是養(yǎng)殖歐洲鱸魚開始馴化的基礎
Epimutations in developmental
genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)
本研究通過RRBS測序，比較了早期馴化的
(n=12)與野生的(n=12)
歐洲鱸魚在馴化過程中DNA甲基化變化，發(fā)現早期馴化的鱸魚與野生的沒有遺傳差異，但在不同胚胎起源的組織中發(fā)生DNA甲基化變化。這些甲基化突變與經過25年選擇性育種后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多態(tài)性***重疊，表觀突變基因與正選擇基因一致。結果表明馴化初始階的表觀變異是一個重要事件。 DNA甲基化作為表觀遺傳學研究的重要范疇。
DNA甲基化作為表觀遺傳學研究的重要范疇，已經越來越受到研究者的關注。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯合作用機制、RNA干擾機制及去甲基化機制的發(fā)現，使得DNA甲基化研究受到***關注，從醫(yī)學領域擴展到動植物研究當中，同時在研究方法上也取得了很大的突破?，F在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種，從應用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。下面，我們就這兩大類檢測技術進行分析比較，以便于在實際的科研工作中進行選擇。CpG島常位于基因轉錄調控區(qū)附近。上海焦磷酸測序技術服務售后分析
重亞硫酸鹽處理結合測序是目前檢測甲基化的金標準。廣東ATAC技術服務服務
微生物定植對腸道免疫和代謝相關基因DNA甲基化的影響——團隊成員發(fā)表
Early microbial colonization
affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism
in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)
我們以早產幼豬為模型，采用RRBS測序，比較正常(CON,
n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現***減少了細菌密度及多樣性，同時改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應答、吞噬、內皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關基因的DNA甲基化和表達存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調控腸道免疫及營養(yǎng)代謝等，可能對早產兒的短期和長期的腸道健康至關重要。 廣東ATAC技術服務服務