微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表
Early microbial colonization
affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism
in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)
我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測(cè)序，比較正常(CON,
n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性，同時(shí)改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異。這種有賴(lài)腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營(yíng)養(yǎng)代謝等，可能對(duì)早產(chǎn)兒的短期和長(zhǎng)期的腸道健康至關(guān)重要。 6mA在細(xì)菌、藻類(lèi)及動(dòng)植物基因組中存在。遼寧850K芯片技術(shù)服務(wù)服務(wù)
全基因組甲基化測(cè)序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結(jié)合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測(cè)“金標(biāo)準(zhǔn)”方案，***用于人、哺乳動(dòng)物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿(mǎn)足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。靈長(zhǎng)類(lèi)早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表).(IF=)靈長(zhǎng)類(lèi)胚胎發(fā)生的關(guān)鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測(cè)序技術(shù)，詳細(xì)研究了獼猴早期著床前胚胎7個(gè)階段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化動(dòng)態(tài)變化過(guò)程。******闡明了DNA甲基化動(dòng)力學(xué)的“盈與虧”階段特征，并通過(guò)DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實(shí)驗(yàn)表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育。 上海技術(shù)服務(wù)專(zhuān)業(yè)服務(wù)RRBS用于人、哺乳動(dòng)物及魚(yú)類(lèi)方向的高水平甲基化研究。
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雖然焦磷酸測(cè)序可以進(jìn)行單個(gè)位點(diǎn)甲基化程度的精確定量，但是目前來(lái)看，測(cè)序的片段長(zhǎng)度還比較短，只有一百多bp，其中有效長(zhǎng)度約為60bp。以上是對(duì)幾種常用的特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)方法進(jìn)行了介紹及比較，還有一些檢測(cè)技術(shù)是在常用的檢測(cè)手段上進(jìn)行優(yōu)化或者將不同的方法進(jìn)行結(jié)合應(yīng)用，比如以MSP方法為基礎(chǔ)，發(fā)展了SMART-MSP技術(shù)，該技術(shù)利用定量技術(shù)對(duì)MSP擴(kuò)增過(guò)程進(jìn)行檢測(cè)，同時(shí)后續(xù)結(jié)合HRM技術(shù)來(lái)分析甲基化差異。此外，利用質(zhì)譜平臺(tái)進(jìn)行甲基化檢測(cè)的有MALDI-TOF技術(shù)，可以對(duì)甲基化進(jìn)行精確檢測(cè)并能進(jìn)行高通量篩選。從對(duì)這些技術(shù)的比較分析來(lái)看，沒(méi)中檢測(cè)技術(shù)都有各自的優(yōu)點(diǎn)，并也存在一定的局限性，研究者可以根據(jù)自己的實(shí)際研究情況進(jìn)行選擇。在特異甲基化位點(diǎn)檢測(cè)上，能夠提供BSP、HRM及焦磷酸測(cè)序三種技術(shù)的完整的檢測(cè)服務(wù)，具有豐富的經(jīng)驗(yàn)，幫助客戶(hù)加速甲基化研究進(jìn)程。 在哺乳動(dòng)物中CpG以?xún)煞N形式存在。
焦磷酸測(cè)序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進(jìn)，現(xiàn)在認(rèn)為焦磷酸測(cè)序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測(cè)新的金標(biāo)準(zhǔn)。焦磷酸測(cè)序作為一種新的序列分析技術(shù)，能夠快速地檢測(cè)甲基化的頻率，對(duì)樣品中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行定性及定量檢測(cè)，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過(guò)程中，根據(jù)C和T的摻入量來(lái)定量確定單個(gè)位點(diǎn)的C-T比例。因此，不同位點(diǎn)的甲基化變異就能被準(zhǔn)確檢測(cè)，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測(cè)序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢(shì)，目前提供三種焦磷酸測(cè)序儀器，通量由低到高，適合不同的應(yīng)用。PyroMarkQ24的強(qiáng)項(xiàng)在于可對(duì)多達(dá)24個(gè)樣品進(jìn)行焦磷酸測(cè)序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進(jìn)行。在考慮到處理成百上千個(gè)樣品所需的大量試劑時(shí)，運(yùn)行通量**化可能會(huì)使實(shí)驗(yàn)成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺(tái)高度靈敏的光檢測(cè)攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對(duì)少量的DNA模板進(jìn)行準(zhǔn)確測(cè)序。這些不同平臺(tái)的推出，對(duì)于我們實(shí)際研究提供了更有效的檢測(cè)手段。 人類(lèi)基因組有約56M的CpG位點(diǎn)，CpG島約3萬(wàn)個(gè)。上海技術(shù)服務(wù)專(zhuān)業(yè)服務(wù)
5hmc是發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動(dòng)物的“第六堿基”。遼寧850K芯片技術(shù)服務(wù)服務(wù)
全基因組甲基化測(cè)序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測(cè)序，是DNA甲基化檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”。WGBS滿(mǎn)足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。技術(shù)優(yōu)勢(shì)DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具單堿基分辨率，檢測(cè)每個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類(lèi)型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測(cè)序深度：>=30X信息分析基于全基因組范圍的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類(lèi)，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問(wèn)題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。 遼寧850K芯片技術(shù)服務(wù)服務(wù)