芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具，已經(jīng)在很多領域有了相應的應用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應的產(chǎn)品提供，其中應用**為***的就Agilent平臺和Illumina平臺，相應的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn)。不同的芯片平臺，各自的實驗過程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術。將基因組DNA分成兩份，一份用來做MeDIP，另一份作為對照。兩個樣品都標記熒光(富集的樣品用Cy5標記，對照用Cy3標記)，然后與芯片雜交。芯片上每個探針的Cy5/Cy3強度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度。 DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。廣東6mA技術服務服務
大豆馴化和改良過程中的DNA甲基化足跡(1):128.(IF=)本課題通過WGBS技術比較了野生大豆、地方品種和改良品種(n=45)在大豆馴化與改良過程中DNA甲基化的變化，鑒定了5412個甲基化差異區(qū)域(DMR),而這些DMR基因富集在碳水化合物代謝途徑。這為大豆不同品種間DNA甲基化提供了有價值的圖譜，拓展了大豆馴化與改良的認識。血漿DNA甲基化分析提示EBV病毒相關疾病的病因(1):3256(IF=)本研究通過對鼻咽*(NPC,n=15)、EBV相關性淋巴瘤(n=9)和傳染性單核細胞增多癥患者(n=5)的血漿游離DNA進行WGBS測序分析，發(fā)現(xiàn)EBVDNA甲基化圖譜呈現(xiàn)疾病相關模式。這表明在鼻咽*診斷中進行血漿EBVDNA甲基化分析具有重要的潛力。 廣東6mA技術服務服務ATAC-seq實驗過程短，從實驗到分析可達2周。
甲基化特異性PCR（MS-PCR）
DNA在亞硫酸氫鹽作用后，DNA CpG若無甲基化，則序列中的C改變?yōu)閁，若有甲基化則保持不變，因此從理論上講，用不同的引物做PCR，即可檢測出這種差異，從而確定基因有無CpG島甲基化。因此根據(jù)目的基因修飾前后的改變，就可以相應設計M和U引物，有時我們需要設計兩輪引物。
這種方法靈敏度高，無需特殊儀器，因此經(jīng)濟實用，是目前應用**為***的檢測方法。不過也存在一定的局限性，預先需要知道待測片段的DNA序列，引物的設計非常重要。另外，亞硫酸氫鹽處理也十分關鍵，若處理不完全則可能導致假陽性的出現(xiàn)。
DNA甲基化是在DNA甲基化轉移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過程，剛被發(fā)現(xiàn)時被定義為第五種堿基，實際上它是一種重要的表觀遺傳學標記，在調(diào)控基因表達、維持染色質結構、基因印記、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學過程中發(fā)揮著重大的作用，它就像魔術師手中一頂**神奇的“帽子”，帶給世人層出不窮的驚喜。DNA甲基化的發(fā)生、保持和去除都處在生物體精細的調(diào)控中，一旦發(fā)生紊亂，對于動物而言將導致胚胎死亡或者**等重大疾病，對于植物而言將會出現(xiàn)各種的表型缺陷，那么這頂神奇的“帽子”是如何發(fā)揮它神奇功用的呢？這個問題成為整個生物界**熱的研究焦點之一。研究者們從DNA甲基化的發(fā)生機制，保持機制到去甲基化機制，從基因組甲基化狀況研究到特異位點甲基化狀況研究，從**初CpG位點的研究到non-CpG位點的研究，從高甲基化研究到低甲基化、未甲基化研究，以及與其密切相關的羥甲基化也慢慢進入人們的視野，***多角度解析DNA甲基化。在Nature、Science、Cell等**雜志上經(jīng)常能看到它熟悉的身影，說它是生物學研究的“寵兒”一點都不為過。正所謂“工欲善其事，必先利其器”。 在哺乳動物中CpG以兩種形式存在。
羥甲基化DNA免疫沉淀測序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通過5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段，然后結合高通量測序技術在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域?？蓮V泛應用于羥甲基化與疾病關系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。技術優(yōu)勢從項目背景了解、協(xié)助方案設計、實驗材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學、縝密的設計及時高效的溝通；以保障高質量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測序深度：20-30Mreads信息分析基于全基因組范圍的羥甲基化分析，數(shù)據(jù)質控，Peak鋒Calling，Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本羥甲基化差異聚類，差異羥甲基化DMR鑒定及相關基因的功能分析，結合項目背景和科學問題的數(shù)據(jù)亮點挖掘。 TBS具有高深度、定量、高準確性 。江蘇MeDIP-Seq技術服務共同合作
5mc是表觀遺傳重要的一種修飾，存在于植物、動物等真核生物基因組中，被譽為“第五堿基”。廣東6mA技術服務服務
DNA甲基化（DNAmethylation）是指在DNA甲基化轉移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體，將活性甲基轉移至DNA鏈中特定堿基上的化學修飾過程。哺乳動物基因組中，DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一種表觀（epigenetic）修飾，它在不改變DNA序列的情況下，對個體的生長、發(fā)育、基因表達模式以及基因組的穩(wěn)定性起到重要的調(diào)控作用，這種修飾是可逆的，并且這種修飾在發(fā)育和細胞增殖的過程中是可以穩(wěn)定傳遞的。近年來的大量研究表明，DNA異常甲基化與**的發(fā)生、發(fā)展、細胞*變有著密切的聯(lián)系。DNA甲基化在**中的作用主要表現(xiàn)在以下幾個方面：一是甲基化的CpG島二核苷酸中的胞嘧啶以較高的頻率脫氨基變成胸腺嘧啶，造成堿基突變；二是抑*基因和DNA修復基因由于超甲基化而沉默；三是*基因甲基化水平降低而活化；四是基因組總體甲基化水平降低使轉座子、重復序列活化導致染色體穩(wěn)定性下降。這些因素是導致**發(fā)展、轉移、惡化**終導致患者死亡的重要原因。其中后三個方面源于甲基化水平的改變，而甲基化的過程是可逆的，因此可以甲基化位點為靶點，靶向用藥進行**的預防、***。 廣東6mA技術服務服務