RNA病毒高通量測(cè)序進(jìn)化分析診斷

來源: 發(fā)布時(shí)間:2023-12-02

未培養(yǎng)病毒基因組的信息標(biāo)準(zhǔn):①關(guān)于未培養(yǎng)病毒基因組標(biāo)準(zhǔn)的信息是在基因組標(biāo)準(zhǔn)框架內(nèi)制定的,包括病毒起源、基因組質(zhì)量、基因組注釋、分類信息、生物地理分布和宿主預(yù)測(cè);②UViGs有助于提高我們對(duì)病毒進(jìn)化歷史和病毒-宿主之間相互作用的理解;③病毒基因組組成和內(nèi)容、復(fù)制策略和宿主的異常多樣性意味著UViGs的完整性、質(zhì)量、分類學(xué)和生態(tài)學(xué)需要通過病毒特異性指標(biāo)來評(píng)估;④分析不同大小和不同樣品類型的UViGs對(duì)于探索病毒基因組序列空白是有價(jià)值的。




探普生物病毒測(cè)序具備回復(fù)消息及時(shí)的優(yōu)點(diǎn)。RNA病毒高通量測(cè)序進(jìn)化分析診斷

深度測(cè)序技術(shù)對(duì)經(jīng)濟(jì)市場(chǎng)具有的影響:未來社會(huì)的創(chuàng)新驅(qū)動(dòng)將由信息技術(shù)向心理社會(huì)健康方面轉(zhuǎn)移。可以預(yù)見,全球老年化社會(huì)到來后的經(jīng)濟(jì)主戰(zhàn)場(chǎng)將是健康行業(yè),而以基因測(cè)序預(yù)測(cè)健康和臨床準(zhǔn)確分型的市場(chǎng)將會(huì)越來越大。深度測(cè)序相關(guān)的經(jīng)濟(jì)市場(chǎng)有兩個(gè)方面。一是測(cè)序儀器和技術(shù)相關(guān)的市場(chǎng),二是測(cè)序應(yīng)用市場(chǎng)的競(jìng)爭(zhēng)。一個(gè)顯見的例子是,近年來深度測(cè)序技術(shù)促進(jìn)了對(duì)肺病的進(jìn)一步認(rèn)識(shí)和分型,更多的位點(diǎn)突變?nèi)鏏LK、ERCC1、MET、PI3K、RRM1等被陸續(xù)發(fā)現(xiàn),多基因檢測(cè)肺病致病驅(qū)動(dòng)基因?qū)︶t(yī)生準(zhǔn)確選擇靶向藥物十分重要。以肺病中常見的EGFR突變型為例,對(duì)于敏感性基因突變(19Del+L858R),第1代靶向藥物(如易瑞沙等)可以進(jìn)行良好的調(diào)整和控制;但是對(duì)于耐藥性基因突變(T790M),則需要第三代靶向藥物(AZD9291)才有較好的臨床效果。不久的將來,病癥患者將獲得更具個(gè)性化的藥物,從而達(dá)到準(zhǔn)確醫(yī)療。杭州全基因組病毒測(cè)序服務(wù)探普生物優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫(kù)。

高通量測(cè)序技術(shù)具有的作用:高通量測(cè)序技術(shù)在冠狀病毒的鑒定中發(fā)揮了重要作用,先通過該技術(shù)確認(rèn)了該病原為以前未知的β冠狀病毒,其次確認(rèn)了該病毒與蝙蝠相關(guān)冠狀病毒ZC45和ZXC21密切相關(guān),同源性約為88%,后高通量測(cè)序?yàn)楹罄m(xù)的診斷提供了強(qiáng)有力的技術(shù)支撐。高通量測(cè)序能否定向檢測(cè)細(xì)菌病毒等微生物?例如某人有皮膚病,提取組織,能否通過高通量測(cè)序來檢測(cè)后列出所有的致病菌?;蛘弋?dāng)懷疑的時(shí)候,在人體組織中檢測(cè)是否有某種特定的細(xì)菌或者病毒。(不求原理),就是想知道現(xiàn)在的測(cè)序技術(shù)能否替代傳統(tǒng)臨床檢驗(yàn)方法。相比傳統(tǒng)培養(yǎng)等方法,對(duì)樣本的全微生物檢測(cè),或者特定微生物檢測(cè),基因測(cè)序技術(shù)目前的時(shí)間消耗,準(zhǔn)確率,和金錢成本大概如何??梢远ㄏ驒z測(cè),用特異引物就可以。


病毒的蛋白組成的特點(diǎn)是什么? (1)結(jié)構(gòu)蛋白由病毒的基因組編碼,結(jié)構(gòu)蛋白組成病毒體的蛋白成分如病毒體的衣殼蛋白、基質(zhì)蛋白和包膜蛋白。?? (2)非結(jié)構(gòu)蛋白由病毒的基因組編碼,但非結(jié)構(gòu)蛋白不參與病毒體構(gòu)成的蛋白成分。非結(jié)構(gòu)蛋白可存在于病毒體內(nèi),如病毒的酶就屬于非結(jié)構(gòu)蛋白,也可存在于侵染細(xì)胞。?? 病毒結(jié)構(gòu)蛋白有以下幾種功能:①病毒結(jié)構(gòu)蛋白可保護(hù)病毒核酸,避免環(huán)境中的核酸酶和其他理化因素對(duì)病毒核酸造成破壞;②病毒結(jié)構(gòu)蛋白可參與病毒的侵染過程,衣殼蛋白和包膜上的蛋白突起能吸附至易感細(xì)胞受體,引起侵染;③具有抗原***毒基因編碼的衣殼蛋白和包膜蛋白具有良好的抗原性,能刺激機(jī)體產(chǎn)生免疫反應(yīng)。探普生物病毒測(cè)序具備反饋處理迅速的優(yōu)點(diǎn)。

第二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展:第二代測(cè)序技術(shù)(nextgene-rationsequencing,NGS)發(fā)展迅猛,與Sanger測(cè)序技術(shù)相比,NGS是一種能一次對(duì)幾十萬到幾百萬的DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定的高通量的測(cè)序技術(shù),這種高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌地分析成為可能,因此又被稱為深度測(cè)序(deepsequencing).相比傳統(tǒng)的個(gè)體基因組測(cè)序,NGS使得測(cè)序價(jià)格日益廉價(jià),并且在生物信息學(xué)軟件的輔助下,可以將大量不同基因片段的信息連接起來進(jìn)行基因組組裝,完成生物的基因組測(cè)序,這種新的測(cè)序技術(shù)革新了植物病毒的診斷方法,對(duì)于病毒的流行病學(xué)和生態(tài)學(xué)研究起到了非常重要的推動(dòng)作用。探普生物獨(dú)有的實(shí)驗(yàn)和分析流程,可兼容高復(fù)雜度,低濃度的病毒核酸。DNA病毒全基因組二代測(cè)序原理

病毒全基因組測(cè)序平臺(tái),鍛煉出—批精通測(cè)序的檢測(cè)隊(duì)伍。RNA病毒高通量測(cè)序進(jìn)化分析診斷

病毒基因組測(cè)序包括完成圖測(cè)序、掃描圖測(cè)序和重測(cè)序三個(gè)層面,通過二代/三代測(cè)序平臺(tái),獲得病毒的基因組的序列信息,并在結(jié)構(gòu)基因組學(xué)、比較基因組學(xué)層面通過差異分析、同源基因分析、共線性分析、物種進(jìn)化分析等手段探究病毒的毒力系統(tǒng)、基因組的進(jìn)化與演變歷程等。對(duì)疑似傳染標(biāo)本采集提取后直接進(jìn)行高通量測(cè)序,通過病原微生物數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)和智能化算法分析,獲得疑似致病微生物種屬信息,并提供全方面深入的報(bào)告,為疑難危重傳染提供快速準(zhǔn)確診斷依據(jù),促進(jìn)藥物的合理應(yīng)用。


RNA病毒高通量測(cè)序進(jìn)化分析診斷