四川染色體蛋白相互作用檢測(cè)ChIP

ChIP-Seq技術(shù)的實(shí)驗(yàn)流程大致包括以下幾個(gè)步驟：樣本準(zhǔn)備：選擇適當(dāng)?shù)募?xì)胞或組織樣本，并進(jìn)行交聯(lián)處理以固定蛋白質(zhì)與DNA的相互作用。染色質(zhì)切割：通過(guò)超聲或酶處理將染色質(zhì)切割成較小的DNA片段。免疫沉淀：利用特異性抗體與目的蛋白結(jié)合，形成復(fù)合物并進(jìn)行純化。DNA純化與文庫(kù)構(gòu)建：對(duì)富集得到的DNA片段進(jìn)行純化，并構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)。高通量測(cè)序：使用高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序。數(shù)據(jù)分析：對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行生物信息學(xué)分析，包括序列比對(duì)、峰識(shí)別、富集區(qū)域標(biāo)定等步驟，以得到蛋白質(zhì)與DNA相互作用的詳細(xì)信息。為什么要進(jìn)行ChIP-qpcr實(shí)驗(yàn)。四川染色體蛋白相互作用檢測(cè)ChIP

真核生物的基因組DNA以染色質(zhì)的形式存在。因此，研究蛋白質(zhì)與DNA在染色質(zhì)環(huán)境下的相互作用是闡明真核生物基因表達(dá)機(jī)制的基本途徑。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法。它的基本原理是在活細(xì)胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)－DNA復(fù)合物，并將其隨機(jī)切斷為一定長(zhǎng)度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過(guò)免疫學(xué)方法沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，通過(guò)對(duì)目的片斷的純化與檢測(cè)，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。DNA蛋白互作ChIP-Sequence檢測(cè)ChIP實(shí)驗(yàn)常見的應(yīng)用場(chǎng)景有哪些。

CHIP實(shí)驗(yàn)，全稱為Chromatin Immunoprecipitation（染色質(zhì)免疫沉淀），是一種強(qiáng)大的分子生物學(xué)技術(shù)，用于研究在活細(xì)胞內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)（特別是轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾酶以及其他DNA結(jié)合蛋白）之間的相互作用。該技術(shù)允許科學(xué)家們?cè)谌蚪M范圍內(nèi)鑒定出與特定蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA序列，從而揭示這些蛋白質(zhì)在基因表達(dá)調(diào)控、染色體結(jié)構(gòu)維持以及表觀遺傳修飾等生物學(xué)過(guò)程中的作用。

CHIP實(shí)驗(yàn)的基本原理：細(xì)胞固定：使用甲醛等交聯(lián)劑將細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)與DNA進(jìn)行交聯(lián)，固定它們的相互作用。細(xì)胞裂解和染色質(zhì)片段化：裂解細(xì)胞并釋放出染色質(zhì)，然后通過(guò)機(jī)械或酶切方法將染色質(zhì)片段化為較小的DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。免疫沉淀：利用特異性抗體與目標(biāo)蛋白質(zhì)結(jié)合，通過(guò)抗原-抗體反應(yīng)將目標(biāo)蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物從細(xì)胞裂解物中沉淀下來(lái)。復(fù)合物洗脫和DNA解交聯(lián)：經(jīng)過(guò)洗滌步驟去除非特異性結(jié)合的雜質(zhì)后，使用熱或化學(xué)方法解除DNA與蛋白質(zhì)的交聯(lián)，釋放出與目標(biāo)蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA片段。DNA分析：通過(guò)PCR、qPCR或高通量測(cè)序（如ChIP-seq）等技術(shù)對(duì)純化出的DNA進(jìn)行分析，確定目標(biāo)蛋白質(zhì)在基因組上的結(jié)合位點(diǎn)。

ChIP-qPCR的優(yōu)勢(shì)與局限。

優(yōu)勢(shì)：ChIP-qPCR技術(shù)具有專一性、靈敏性、快速性和高重復(fù)性。它能夠真實(shí)地反映體內(nèi)蛋白因子與基因組DNA結(jié)合的狀況，是細(xì)胞內(nèi)真實(shí)的、原位的結(jié)果。相比其他體外實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證方法（如EMSA、luciferase報(bào)告載體等），ChIP-qPCR更具說(shuō)服力。

局限：ChIP-qPCR技術(shù)的成功實(shí)施依賴于高質(zhì)量的抗體和特定的實(shí)驗(yàn)條件。該技術(shù)的驗(yàn)證成功率相對(duì)較低，需要豐富的分析經(jīng)驗(yàn)和專業(yè)的操作技能。實(shí)驗(yàn)過(guò)程中可能受到非特異性結(jié)合和殘留DNA的干擾，需要進(jìn)行嚴(yán)格的質(zhì)控和數(shù)據(jù)分析。 作為新手，開展ChIP實(shí)驗(yàn)應(yīng)該注意什么。

ChIP-Seq檢測(cè)原理：ChIP-Seq檢測(cè)原理和RIP-Seq類似，不同的是前者利用目的蛋白抗體將相應(yīng)的DNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來(lái)，然后分離純化捕獲DNA，結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)目標(biāo)DNA進(jìn)行測(cè)序分析。ChIP-Seq服務(wù)要點(diǎn)和RIP-Seq類似，精簡(jiǎn)如下：（1）試驗(yàn)設(shè)計(jì)：同RIP-Seq。（2）蛋白表達(dá)和細(xì)胞量：比RIP-Seq細(xì)胞用量要求大，建議不少于10e7（金標(biāo)準(zhǔn)：320g離心沉淀100ul）。（3）抗體關(guān)鍵質(zhì)控：同IP-Mass和RIP-Seq。（4）IP送樣建議：細(xì)胞培養(yǎng)好后，收集前，先進(jìn)行交聯(lián)，再收樣凍存。（5）互作DNA篩選和驗(yàn)證：同RIP-Seq。ChIP-Seq優(yōu)劣勢(shì)：優(yōu)勢(shì)：高通量獲得目的蛋白的專屬DNA互作庫(kù)。劣勢(shì)：技術(shù)門檻高，一般需要整包交給專業(yè)的服務(wù)商開展檢測(cè)。ChIP-Seq應(yīng)用擴(kuò)展：（1）蛋白DNA相互作用數(shù)據(jù)，是探究轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制研究的重要內(nèi)容，體現(xiàn)機(jī)制研究的深度，能顯著提高臨床基礎(chǔ)類研究文章的檔次。（2）蛋白DNA互作組檢測(cè)，常用于蛋白的轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究，如轉(zhuǎn)錄因子，轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白等。（3）蛋白DNA互作，其結(jié)合DNA的區(qū)域，是進(jìn)一步研究互作機(jī)制和功能的關(guān)鍵內(nèi)容，能夠顯著提高機(jī)制研究的高度。染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）實(shí)驗(yàn)注意事項(xiàng)有哪些。陜西chromosome免疫沉淀ChIP

ChIP實(shí)驗(yàn)通常只能檢測(cè)與特定抗體結(jié)合的蛋白-DNA復(fù)合物，可能無(wú)法檢測(cè)到所有與目的基因結(jié)合的蛋白。四川染色體蛋白相互作用檢測(cè)ChIP

CHIP實(shí)驗(yàn)需要注意點(diǎn)就是抗體的性質(zhì)?？贵w不同和抗原結(jié)合能力也不同，免染能結(jié)合未必能用在IP反應(yīng)。建議仔細(xì)檢查抗體的說(shuō)明書。特別是多抗的特異性是問題。其次，要注意溶解抗原的緩沖液的性質(zhì)。多數(shù)的抗原是細(xì)胞構(gòu)成的蛋白，特別是骨架蛋白，緩沖液必須要使其溶解。為此，必須使用含有強(qiáng)界面活性劑的緩沖液，盡管它有可能影響一部分抗原抗體的結(jié)合。另一面，如用弱界面活性劑溶解細(xì)胞，就不能充分溶解細(xì)胞蛋白。即便溶解也產(chǎn)生與其它的蛋白結(jié)合的結(jié)果，抗原決定族被封閉，影響與抗體的結(jié)合，即使IP成功，也是很多蛋白與抗體共沉的悲慘結(jié)果。再次，為防止蛋白的分解，修飾，溶解抗原的緩沖液必須加蛋白每抑制劑，低溫下進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。每次實(shí)驗(yàn)之前，首先考慮抗體/緩沖液的比例?？贵w過(guò)少就不能檢出抗原，過(guò)多則就不能沉降在beads上，殘存在上清。緩沖劑太少則不能溶解抗原，過(guò)多則抗原被稀釋。四川染色體蛋白相互作用檢測(cè)ChIP