USF2促進circACTN4在BC中的表達為了研究 circRNA 在 BC發(fā)展中的功能，利用芯片分析檢測了4對BC組織和*旁組織中circRNA表達特征。共發(fā)現(xiàn)85個***差異表達的circRNAs， 63 個上調(diào)和22個下調(diào)circRNAs。熱圖顯示了14個上調(diào)的circRNA，其中circACTN4是失調(diào)**嚴重的一個，差異高達10倍。根據(jù)circBase數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn)circACTN4來自位于人類19號染色體上的ACTN4基因，產(chǎn)生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過 Sanger 測序驗證了反向剪接連接點。為了驗證circACTN4的環(huán)形結(jié)構(gòu)，使用聚斂引物和發(fā)散引物擴增環(huán)狀 circACTN4 和線性 ACTN4。通過FISH和核質(zhì)分離PCR觀察到circACTN4主要位于BC細胞的細胞核中， circACTN4在*組織中的表達高于*旁組織。ATM對PTEN的磷酸化導(dǎo)致PTEN在質(zhì)膜上重新分布。cancer免疫課題歡迎咨詢
4.ELNAT1直接與hnRNPA1相互作用
由于lncRNA的分子功能與其亞細胞定位相關(guān)，通過FISH和亞細胞定位實驗發(fā)現(xiàn)ELNAT1在UM-UC-3和T24細胞的細胞質(zhì)和細胞核均有表達（SupplementalFigure7A,B）。并且通過RNA-pulldown實驗，發(fā)現(xiàn)在分子量35~40kDa上有明顯的條帶（Figure4A）。對此，通過質(zhì)譜（MS）和Westernblot分析顯示，hnRNPA1是**豐富的ELNAT1相互作用蛋白（Figure4B-D）。熒光染色和RNA免疫沉淀（RIP）證實了ELNAT1和hnRNPA1在UM-UC-3和T24細胞中的共定位，并且ELNAT1通過內(nèi)源性hnRNPA1富集（Figure4E,F），進一步驗證了ELNAT1和hnRNPA1之間的相互作用。 cancer免疫課題歡迎咨詢外泌體CD44v6和C1QBP可能是預(yù)測PDAC患者預(yù)后的有前途的生物標志物。
結(jié)果發(fā)現(xiàn)，在 NOZ細胞系中，敲低LncRNA-HGBC 會導(dǎo)致miR-502-3p表達量上調(diào)了60%，在EH-GB1細胞系中，LncRNA-HGBC過表達后miR-502-3p的表達被抑制，表達量下降了50%， 但對miR-502-3p進行敲除或過表達時LncRNA-HGBC的表達量沒有變化，說明LncRNA-HGBC作為海綿會抑制miR-502-3p表達，但不能誘導(dǎo)其降解。為了檢測LncRNA HGBC的活性是否取決于其與miR-502-3p的結(jié)合，在異位表達野生型LncRNA HGBC和結(jié)合突變型HGBC-MUT后進行cck-8和Transwell分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，LncRNA-HGBC（而非HGBC-MT）的表達可***促進細胞遷移、侵襲和增殖，由此可見，LncRNA-HGBC與miR-502-3p能結(jié)合，并可作miR-502-3p的海綿抑制其表達。
膀胱*非免疫細胞的高度異質(zhì)性
我們首先根據(jù)簇特異性DE基因?qū)⒎敲庖呒毎匦路诸悶?7個簇。在所有簇中，鑒定出9個基底細胞簇，高度表達角蛋白基因，如KRT5、KRT13、KRT17和KRT19。簇1、6、9和15被指定為表達UPK3A、UPK1A、UPK2、UPK1B、UPK3B和EPCAM的上皮細胞。聚類11中血管內(nèi)皮細胞富集，高表達CDH5和PECAM1。成纖維細胞高表達膠原基因，如COL1A1、COL1A2和COL3A1。**近，據(jù)報道，胰腺*和膀胱*中的成纖維細胞分為兩種不同類型，其中一種表現(xiàn)出多種細胞因子和趨化因子的強烈表達,我們對成纖維細胞進行了重新分類，發(fā)現(xiàn)表達RGS5的iCAF和表達PDGFRA的mCAF也存在于膀胱*中。有趣的是，我們發(fā)現(xiàn)這些iCAF和mCAF不是**特異性的，也可以在健康組織中檢測到。在注釋了膀胱*的細胞亞型后，我們接下來評估了這些膀胱*細胞類型是否能夠反映一致的分子分類。我們將單個細胞的轉(zhuǎn)錄組與1750名患者的MIBC轉(zhuǎn)錄組進行比較，發(fā)現(xiàn)管腔**狀、管腔非特異性、管腔不穩(wěn)定、基質(zhì)豐富和基底/鱗狀亞型與我們數(shù)據(jù)集的細胞類型相對應(yīng)。當將TCGA細胞分數(shù)數(shù)據(jù)與一致的分子亞型相關(guān)聯(lián)時，我們注意到TCGA/BCLA隊列可以重現(xiàn)我們的scRNA序列數(shù)據(jù)中確定的細胞類型。 英拜生物對實驗可行性分析。
此外，MYC在BC組織中高表達，并與 FUBP1的表達呈正相關(guān)。為了確認ACTN4在BC中的生物學(xué)功能，構(gòu)建了ACTN4過表達和干擾質(zhì)粒，為了探究 circACTN4 的作用與 ACTN4 無關(guān)，進行了共轉(zhuǎn)染實驗，結(jié)果表明 ACTN4 敲低不影響促進作用circACTN4 對 MYC 轉(zhuǎn)錄的過度表達，ACTN4 的上調(diào)并沒有逆轉(zhuǎn) qRT-PCR 和蛋白質(zhì)印跡對 circACTN4 敲低對 MYC 表達的抑制作用。WB結(jié)果表明circACTN4可以促進MYC及其下游蛋白CDK4和CCND2的表達。這些數(shù)據(jù)表明 circACTN4 可以與 FUBP1 結(jié)合并促進 MYC 的表達。醫(yī)學(xué)整體課題外包服務(wù)。cancer免疫課題歡迎咨詢
有肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者。cancer免疫課題歡迎咨詢
p533'非翻譯區(qū)(UTR)介導(dǎo)的hnRNPA2B1對前mRNA穩(wěn)定性的調(diào)節(jié)
為了進一步確定p53的哪個區(qū)域參與穩(wěn)定性調(diào)節(jié)，在HCT116細胞中進行了MeRIP-seq，發(fā)現(xiàn)一個顯著的m6A峰分布在p53mRNA的3'UTR。構(gòu)建了一個帶有Flag標簽的表達載體，包括帶有3'UTR(p53CDS-3'UTR)或單獨CDS(p53CDS)的p53編碼序列，以及用hnRNPA2B1siRNA共轉(zhuǎn)染的HCT116細胞。結(jié)果表明，hnRNPA2B1敲低顯著降低了p53CDS-3'UTR轉(zhuǎn)染的CRC細胞中p53的表達，而不是單獨的p53CDS。這表明3'UTR對于hnRNPA2B1介導(dǎo)的p53調(diào)節(jié)是必不可少的。 cancer免疫課題歡迎咨詢
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標書申請：提供標書課題設(shè)計、撰寫，標書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗