2.TYRO3使**細(xì)胞對(duì)抗PD-1***耐藥
在同系BALB/c小鼠模型中比較了Tyro3過表達(dá)(Tyro3-OE)和4T1-P細(xì)胞對(duì)抗mPD-1***的反應(yīng)。在荷4T1-P**的小鼠中，抗mPD-1******減少**的生長(zhǎng)，并延長(zhǎng)了生存期。這些結(jié)果表明，盡管4T1-P**對(duì)抗mPD-1***有反應(yīng)，Tyro3的過表達(dá)促進(jìn)了這些**的耐藥性。為進(jìn)一步確定在4T1-R耐藥細(xì)胞中抗PD-1/PD-L1耐藥是否需要TYRO3，敲除4T1-R細(xì)胞(TYRO3–/–)中的TYRO3。荷瘤Tyro3敲低細(xì)胞的小鼠對(duì)抗mPD-1***敏感，**生長(zhǎng)***減少，小鼠存活時(shí)間更長(zhǎng)。這些結(jié)果證明TYRO3在抗PD-1/PD-L1耐藥中的重要作用。 在786-O細(xì)胞中穩(wěn)定轉(zhuǎn)染靶向circSDHC的shRNA.海南標(biāo)書省自然科學(xué)基金
根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道KDM6B是巨噬細(xì)胞的***的關(guān)鍵分子，因此，作者首先檢測(cè)了乳腺*細(xì)胞系MB-MDA-231對(duì)巨噬細(xì)胞系TPH-1中KDM6B表達(dá)的影響，結(jié)果表明乳腺*細(xì)胞及其條件培養(yǎng)基都可***下調(diào)KDM6B的表達(dá)，表明存在一種乳腺*細(xì)胞來源的分泌因子產(chǎn)生此種影響。因此，通過生物信息學(xué)預(yù)測(cè)了KDM6B結(jié)合的miRNA，以及結(jié)合文獻(xiàn)，通過在乳腺*中上調(diào)的，同時(shí)符合條件的有3個(gè)。隨后將乳腺*細(xì)胞和巨噬細(xì)胞共培養(yǎng)，檢測(cè)三個(gè)miRNA的表達(dá)，如圖1B所示，只有miR-138-5p和miR-146a的表達(dá)在共培養(yǎng)后***上調(diào)。進(jìn)一步檢測(cè)發(fā)現(xiàn)，只有miR-138-5p處理后KDM6B的表達(dá)***下降而非miR-146a（圖1C-D）。生信分析預(yù)測(cè)了miR-138-5p和KDM6B的結(jié)合位點(diǎn)，并進(jìn)行了熒光素酶實(shí)驗(yàn)檢測(cè)，證實(shí)了兩者間存在結(jié)合關(guān)系。 炎癥因子標(biāo)書細(xì)胞實(shí)驗(yàn)FMT處理對(duì)脊髓損傷后小鼠腸道屏障通透性有影響。
2、miR-138-5p介導(dǎo)*細(xì)胞誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞KDM6B表達(dá)抑制
構(gòu)建了miR-138-5p過表達(dá)的乳腺*細(xì)胞系，取其培養(yǎng)基與巨噬細(xì)胞共培養(yǎng)，結(jié)果巨噬細(xì)胞中miR-138-5p表達(dá)***上調(diào)，同時(shí)KDM6B的表達(dá)***下降。證實(shí)miR-138-5p介導(dǎo)*細(xì)胞誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞KDM6B表達(dá)抑制。
3、*細(xì)胞來源的外泌體miR-138-5p下調(diào)KDM6B的表達(dá)
隨后為了判定上述巨噬細(xì)胞中miR-138-5p表達(dá)上調(diào)的原因，檢測(cè)了巨噬細(xì)胞中原代(pri-)和前體(pre-)miR-138的水平。結(jié)果顯示共培養(yǎng)和對(duì)照組間原代和前體miR-138的水平?jīng)]有差異，表明miR-138-5p是外源供應(yīng)的（圖1A）。此外，使用RNaseA處理miR-138-5p水平不變，使用TritonX-100其水平***下降。提示miR-138-5p被膜狀結(jié)構(gòu)包裹（圖1B）。進(jìn)一步分析表明使用外泌體抑制劑GW4869處理組和外泌體刪除組的培養(yǎng)基中miR-138-5p的表達(dá)***下降（圖1C）。表明外泌體來源于乳腺*細(xì)胞。類似的，外泌體抑制劑GW4869處理導(dǎo)致共培養(yǎng)的巨噬細(xì)胞中miR-138-5p的水平***下降，而KDM6B的水平***上升（圖1D-E）。
4.篩選關(guān)鍵模塊（hubmodule）并進(jìn)行富集分析分析發(fā)現(xiàn)，棕色模塊與CD8+T細(xì)胞***相關(guān)（R2=-0.05，P=9e-05），因此選擇棕色模塊為hubmodule進(jìn)行富集分析。
5.在hubmodule中篩選出關(guān)鍵基因（hubgene）并驗(yàn)證為了研究與樞紐模塊中CD8+T細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)的潛在樞紐基因，構(gòu)建了蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)[臨界標(biāo)準(zhǔn)：reliability>0.7andconnectivity>15(node/edge)]將hubmodule中的基因識(shí)別為中心節(jié)點(diǎn)，并通過Cytoscape對(duì)其進(jìn)行可視化;對(duì)hubmodule中所有基因進(jìn)行基于TCGA數(shù)據(jù)的預(yù)后分析，八個(gè)基因（CLCN2，ERLIN2，F(xiàn)5，F(xiàn)AM107B，GFM1，HSPB3，METTL8和SYT3）與LSCC患者的預(yù)后相關(guān)，接下來對(duì)這8個(gè)基因進(jìn)行差異表達(dá)分析，六個(gè)基因（GFM1，HSPB3，SYT3，ERLIN2，METTL8和CLCN2）在LSCC組織中顯著差異表達(dá)。
我們構(gòu)建了生物素標(biāo)記的circSDHC探針.
通過半定量分析，胃*組織中MAPK1-109aa水平較正常胃組織中降低。Kaplan-Meier生存分析顯示，MAPK1-109aa表達(dá)水平較高的胃*患者總生存期明顯長(zhǎng)于MAPK1-109aa表達(dá)水平較低的胃*患者(圖4h)。一系列GC細(xì)胞系中MAPK1-109aa的含量也明顯低于正常胃粘膜細(xì)胞系GES-1。在內(nèi)源性circMAPK1水平較低且?guī)缀鯖]有MAPK1-109aa表達(dá)的MKN45細(xì)胞中，轉(zhuǎn)染circMAPK1和MAPK1-109aa質(zhì)粒均產(chǎn)生預(yù)測(cè)的MAPK1-109aa帶，而過表達(dá)circMAPK1IRES突變質(zhì)粒則沒有產(chǎn)生預(yù)測(cè)的MAPK1-109aa帶(圖4i)。相反，在內(nèi)源性circMAPK1和MAPK1-109aa更高表達(dá)的GES-1細(xì)胞中，發(fā)現(xiàn)兩種特異性靶向circMAPK1連接的shRNA***降低了MAPK1-109aa的表達(dá)(圖4j)。使用anti-flag抗體進(jìn)行免疫熒光檢測(cè)，證實(shí)MAPK1-109aa-Flag位于過表達(dá)MAPK1-109aa-Flag質(zhì)粒的MKN45細(xì)胞的胞質(zhì)中，如圖4k所示。研究腸道微生物組和宿主循環(huán)代謝產(chǎn)物之間的關(guān)系。糖尿病標(biāo)書技術(shù)指導(dǎo)
研究了所有三組循環(huán)代謝產(chǎn)物豐度與腸道微生物群之間的聯(lián)系.海南標(biāo)書省自然科學(xué)基金
IGF2BPs是circNDUFB2的下游功能性蛋白
IGF2BPs是致*蛋白，circNDUFB2可降低IGF2BPs的穩(wěn)定性，推測(cè)IGF2BPs介導(dǎo)circNDUFB2對(duì)NSCLC進(jìn)展的影響。IGF2BPs過表達(dá)***增加了A549細(xì)胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。IGF2BPs敲除***降低H1650細(xì)胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。這些結(jié)果證實(shí)IGF2BPs是NSCLC的促瘤因子。隨后，觀察到IGF2BPs過度表達(dá)*部分恢復(fù)了circNDUFB2過度表達(dá)減少的遷移和侵襲能力以及集落形成能力，表明circNDUFB2部分通過降解IGF2BPs發(fā)揮**抑制作用。盡管circNDUFB2 MUT不影響IGF2BPs的蛋白質(zhì)水平但它仍然對(duì)NSCLC細(xì)胞的進(jìn)展具有抑制作用。這些數(shù)據(jù)表明circNDUFB2 MUT的抑制作用除了降解IGF2BPs外，還可能與circNDUFB2的其他機(jī)制有關(guān)。 海南標(biāo)書省自然科學(xué)基金
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1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)