蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)研究案例:作為一種常見的******,脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)在田間或加工和儲(chǔ)存過程中會(huì)污染谷物和飼料。DON在動(dòng)物中會(huì)引起厭食和生長(zhǎng)遲緩在內(nèi)的一系列不良反應(yīng)。本文作者使用轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)對(duì)鼠C2C12細(xì)胞進(jìn)行了研究,分析DON對(duì)成肌細(xì)胞分化的影響。研究結(jié)果表明,DON通過下調(diào)細(xì)胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號(hào)通路來影響成肌細(xì)胞的分化。本文研究體現(xiàn)了組學(xué)技術(shù)在機(jī)制研究中的重要作用。中文標(biāo)題:霉菌***脫氧雪腐鐮刀菌烯醇通過下調(diào)細(xì)胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號(hào)通路影響成肌細(xì)胞分化研究對(duì)象:脫氧雪腐鐮刀菌烯醇、C2C12細(xì)胞發(fā)表期刊:EcotoxicologyandEnvironmentalSafety影響因子:6.291發(fā)表時(shí)間:2021年10月發(fā)表單位:中國科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所運(yùn)用生物技術(shù):轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)(由歐易/鹿明生物提供技術(shù)支持)、免疫熒光、免疫印跡、PCR蛋白組學(xué)常見研究模式,蛋白樣本準(zhǔn)備注意事項(xiàng)以及經(jīng)典案例解讀。遼寧糖蛋白組學(xué)
蛋白質(zhì)是生命功能的直接體現(xiàn)者,近幾年來,蛋白質(zhì)組研究越來越多的體現(xiàn)在多種疾病機(jī)理的闡明,為科研問題攻克提供理論根據(jù)和解決途徑。通過蛋白質(zhì)組比較分析,找到特異性的蛋白,成為新藥物設(shè)計(jì)的分子靶點(diǎn),為疾病的早期診斷提供分子標(biāo)志。然而生物體內(nèi)的蛋白組學(xué)是一個(gè)非常復(fù)雜的體系。近幾年來,由于質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展,讓我們對(duì)生物體內(nèi)蛋白組的認(rèn)識(shí)更加***和準(zhǔn)確。尤其基于TimsTOF Pro系列質(zhì)譜儀,被稱為4D蛋白組學(xué)技術(shù)為蛋白組學(xué)提供全新的覆蓋深度和通量,為精細(xì)醫(yī)療提供**技術(shù)支持力量。歐易生物、鹿明生物助力您的4D蛋白組學(xué)研究。遼寧糖蛋白組學(xué)TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué) 差異表達(dá)蛋白質(zhì)組分析研究。
隨著美國臨床蛋白質(zhì)組**分析項(xiàng)目(CPTAC)和中國人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃(CNHPP)等大型蛋白質(zhì)組學(xué)研究計(jì)劃的推進(jìn),發(fā)表了一系列**的大規(guī)模人群多組學(xué)分析文章[2,3]。這些高分文章通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、微生物組學(xué)等技術(shù),在上百例的病例樣本中***表征了某種**的分子特征。對(duì)比這些文章,可以發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)在多組學(xué)數(shù)據(jù)分析中逐漸成為**結(jié)果,且蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析有些共同特點(diǎn),即:1)基于蛋白質(zhì)組進(jìn)行**分子分型2)分析不同亞型患者的臨床特征3)免疫、代謝、突變、微生物等**領(lǐng)域研究熱點(diǎn)在不同亞型中的差別分析4)篩選亞型特征分子作為預(yù)后標(biāo)志物或潛在的藥靶進(jìn)行驗(yàn)證或機(jī)制研究該文是樊嘉院士/周虎研究員/高大明研究員/**教授團(tuán)隊(duì)繼2019年Cell發(fā)表的肝細(xì)胞*多組學(xué)研究后,同樣基于蛋白質(zhì)組為**的多組學(xué)聯(lián)合分析策略,進(jìn)一步闡釋了蛋白質(zhì)組學(xué)驅(qū)動(dòng)精細(xì)醫(yī)學(xué)的優(yōu)勢(shì),為**的發(fā)***展機(jī)制、分子分型、預(yù)后監(jiān)測(cè)和個(gè)性化***策略提供新思路。
為了確定TMT AD蛋白網(wǎng)絡(luò)模塊是否也存在于其他的隊(duì)列和大腦區(qū)域,使用 TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)多個(gè)隊(duì)列的所有組織,為每個(gè)隊(duì)列生成蛋白質(zhì)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),并評(píng)估了 AD 網(wǎng)絡(luò)模塊是否保留在每個(gè)隊(duì)列和大腦區(qū)域中。發(fā)現(xiàn)幾乎所有的 TMT AD 網(wǎng)絡(luò)模塊都保留在隊(duì)列和大腦區(qū)域(圖2b)。阿爾茨海默病(AD)是一種神經(jīng)系統(tǒng)退行性疾病,其病因至今尚不清楚。本文從蛋白組學(xué)方向出發(fā),建立蛋白共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),綜合轉(zhuǎn)錄組學(xué)結(jié)果,解析疾病相關(guān)的蛋白組學(xué)模塊或能為AD提供可靠的生物標(biāo)志物,并為治療帶來希望。歐易生物鹿明生物蛋白組學(xué)聯(lián)合分析。
作者進(jìn)行了綜合分析,將蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)中的***生物標(biāo)志物合并到通路分析中,并確定了半乳糖代謝、戊糖和葡萄糖醛酸鹽相互轉(zhuǎn)化、檸檬酸鹽循環(huán)和**酸代謝這幾種途徑。然后結(jié)合蛋白質(zhì)和代謝標(biāo)志物來預(yù)測(cè)DKD狀態(tài)。五種機(jī)器學(xué)習(xí)模型表明,組合模型提高了DKD預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。圖中展示了RF的結(jié)果。總的來說,組合多組學(xué)標(biāo)志物模型是一種強(qiáng)有力的提高DKD診斷的方法。1.蛋白組學(xué)結(jié)果表明,α2-巨球蛋白、組織蛋白酶D和CD324可作為檢測(cè)DKD進(jìn)展的潛在生物標(biāo)志物。2.代謝組學(xué)結(jié)果表明,半乳糖代謝和甘油脂代謝是DKD的主要代謝途徑,此外甘油-3-半乳糖苷可作為預(yù)測(cè)DKD的**標(biāo)志物。3.蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)的組合可以提高預(yù)測(cè)和診斷DKD的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。血清綜合組學(xué)的生物標(biāo)志物可用于DKD的預(yù)警和診斷。該研究為優(yōu)化DKD的管理提供了數(shù)據(jù)資源。定量蛋白質(zhì)組學(xué) 蛋白質(zhì)進(jìn)行質(zhì)譜檢測(cè)未知蛋白進(jìn)行全檢測(cè)。安徽蛋白組學(xué) 數(shù)據(jù)分析
蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)簡(jiǎn)介及應(yīng)用場(chǎng)景。遼寧糖蛋白組學(xué)
蛋白組學(xué)技術(shù)可以提供細(xì)胞狀態(tài)和調(diào)控的功能信息,本研究建立了單細(xì)胞蛋白組學(xué)方法,實(shí)現(xiàn)了高靈敏度的蛋白組學(xué)檢測(cè)。該技術(shù)有助于揭示疾病的發(fā)病機(jī)制,探討預(yù)后和風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的不同腎臟疾病亞型中的蛋白組學(xué)異質(zhì)性和獨(dú)特的蛋白標(biāo)志物,為藥物靶點(diǎn)***提供希望。大規(guī)模單細(xì)胞分析對(duì)于捕獲復(fù)雜細(xì)胞系統(tǒng)中的生物異質(zhì)性至關(guān)重要,但*基于RNA技術(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)并不能很好地**蛋白質(zhì)水平上的變化。而單細(xì)胞蛋白組學(xué)技術(shù)能夠從蛋白質(zhì)水平上破譯細(xì)胞機(jī)制并且獲得更多的信息。遼寧糖蛋白組學(xué)
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