ExoIII(ExonucleaseIII)和Lambda核酸外切酶(λExonuclease)在DNA末端處理上的主要不同點如下:1.**作用方向**:-**ExoIII**:具有3'→5'外切脫氧核糖核酸酶活性,它從DNA鏈的3'-OH末端逐步切去單核苷酸。-**Lambda核酸外切酶**:是一種5'→3'核酸外切酶,能選擇性地沿5'→3'方向消化5'端磷酸化的雙鏈DNA。2.**底物特異性**:-**ExoIII**:適底物是平末端或5'末端突出的DNA,但也可以作用于雙鏈DNA切刻位點產(chǎn)生單鏈缺口。由于對單鏈DNA無活性,因此難以切割3'突出末端。-**Lambda核酸外切酶**:適底物是5'磷酸化的雙鏈DNA,對單鏈DNA和5'端未磷酸化修飾的DNA的酶切活性較低,不能從DNA的切刻或缺口處起始消化。3.**活性差異**:-**ExoIII**:對具有3'-突出末端(至少有4個堿基,且具有3'-末端C殘基)的DNA、單鏈DNA、硫代磷酸酯連接的核苷酸無活性。-**Lambda核酸外切酶**:對5'-OH端的切割速度比5'-P端慢約20倍;對單鏈DNA的酶切速度比雙鏈DNA慢約100倍。4.**應(yīng)用場景**:-**ExoIII**:可以用于生產(chǎn)特定方向的單鏈DNA,將線性化DNA設(shè)計成為一端為不切割末端(3'突出端),另一端則設(shè)計為易切割末端(平端或5'突出端)。
使用BloodGenomicDNAIsolationKitwithMagneticBeads(血液基因組DNA提取試劑盒,磁珠法)進行血液樣本中基因組DNA的提取,主要步驟如下:1.**實驗準備**:準備抗凝全血樣本(如EDTA抗凝血),移液器及無菌,15ml離心管,無水乙醇,70%乙醇,干凈的吸水紙,渦旋振蕩器,金屬浴/水浴,臺式離心機等。2.**樣本處理**:取適量血液樣本,根據(jù)試劑盒要求,可能需要將血液體積調(diào)整至特定量,例如200μl,并可能需要加入PBS緩沖液。3.**裂解血液細胞**:向血液樣本中加入蛋白酶K和細胞裂解液,渦旋混勻后,置于金屬浴或水浴中進行裂解,通常在65°C孵育10-15分鐘,并在此期間定期混勻。4.**DNA與磁珠結(jié)合**:向裂解后的樣本中加入異丙醇和磁珠懸浮液,渦旋混勻后,室溫放置一段時間,以便于基因組DNA與磁珠結(jié)合。5.**磁珠分離**:將樣本置于磁力架上,待磁珠聚集后,小心移除上清液,去除雜質(zhì)。6.**洗滌磁珠**:向磁珠中加入漂洗液和洗滌液,進行洗滌以去除殘留的蛋白質(zhì)和鹽分,然后再次使用磁力架分離磁珠,移除洗滌液。
Cre重組酶在基因編輯中的操作主要涉及以下幾個步驟:1.**識別與結(jié)合**:-Cre重組酶首先識別并分別結(jié)合兩個LoxP序列的兩個反向重復(fù)序列,形成一個二聚體。2.**四聚體形成**:-兩個二聚體互相靠近,形成由四個Cre分子與兩個LoxP位點結(jié)合形成的四聚體復(fù)合物。3.**DNA切割與交換**:-Cre重組酶在每個LoxP位點的間隔序列中引導(dǎo)單鏈切割,產(chǎn)生帶有3’端羥基的斷裂。每個LoxP位點的兩個單鏈分別被切割。切割產(chǎn)生的自由3’端與對側(cè)的3’端進行交換和重連,形成Holliday交叉結(jié)構(gòu)。4.**分子重組與解旋**:-Holliday交叉結(jié)構(gòu)通過Cre酶的作用被解旋并重組,形成新的重組產(chǎn)物。這個過程導(dǎo)致兩個LoxP位點之間的DNA序列被刪除、反轉(zhuǎn)或易位,具體效果取決于LoxP序列的排列方式(方向和位置)。5.**條件性基因編輯**:-通過建立特異性Cre小鼠,該小鼠中的Cre重組酶由特定啟動子驅(qū)動,可在特定細胞或組織或全身表達Cre重組酶。與帶有Lox位點的Flox小鼠雜交,子代中可以獲得既帶有Cre又帶有Flox基因的小鼠,實現(xiàn)條件性基因打靶(表達或敲除靶基因)。
質(zhì)粒DNA提取后的儲存條件對于保持其活性至關(guān)重要。以下是一些推薦的儲存方法:1.**干燥保存**:質(zhì)粒DNA以干粉狀態(tài)保存是比較好的方法。如果總DNA以溶液形式保存,可以使用1×TE緩沖液稀釋,且TE緩沖液的pH值應(yīng)為8.0-8.5之間。2.**低溫保存**:植物總DNA低溫保存比較好在-80℃以下或液氮保存。如果沒有條件,也可以在-20℃保存。總DNA應(yīng)避免經(jīng)常凍融,同時建議每份樣品保存3-5個樣本??侱NA提取后保存的時限通常較組織要長(>兩年),但若長期保存,每隔兩年應(yīng)抽測,對不符合使用要求的DNA進行更新。3.**避免反復(fù)凍融**:反復(fù)凍融會破壞DNA的完整性和活性,因此應(yīng)盡量避免。4.**使用保護劑**:化學(xué)添加劑如二甲基亞砜(DMSO)可以防止DNA單鏈斷裂,但因其毒性和使用量的問題,并不是理想的保護劑。5.**封裝技術(shù)**:通過封裝技術(shù)保存DNA,可以隔絕外界水、氧氣和光等可能影響DNA穩(wěn)定的因素。例如,DNAshell®技術(shù)基于密封的不銹鋼微型膠囊,在惰性氣氛下,給予DNA干粉保護。6.**使用穩(wěn)定劑**:一些天然的雙糖,如海藻糖,被認為是一種多功能的保護劑,可以保護生物體免受冷凍、加熱等不利條件的影響。Cas12a不僅具有順式切割活性,還具備獨特的反式切割活性,這使得它能夠無差別地裂解附近的單鏈DNA。
為了確保PCR實驗中BstDNAPolymeraseI的活性比較大化,以下是一些關(guān)鍵的優(yōu)化措施:1.**反應(yīng)緩沖液**:使用適合BstDNAPolymeraseI的反應(yīng)緩沖液,如NEB提供的IsothermalAmplificationBufferIIPack,該緩沖液包含Tris-HCl、(NH4)2SO4、KCl、MgSO4和Tween®20,pH值為8.8,專為等溫擴增設(shè)計。2.**反應(yīng)條件**:BstDNAPolymeraseI的比較好反應(yīng)溫度通常在65°C左右。確保PCR儀能夠精確控制并保持這一溫度,以保證酶的活性和穩(wěn)定性。3.**酶的濃度**:根據(jù)反應(yīng)體系的需要調(diào)整BstDNAPolymeraseI的用量。過多的酶可能導(dǎo)致非特異性擴增,而過少則可能降低擴增效率。通常,一個單位的酶能夠在65°C下,30分鐘內(nèi)將25nmol的dNTP摻入酸不溶性物質(zhì)。4.**Mg2+濃度**:Mg2+是DNA聚合酶活性的關(guān)鍵輔因子。其濃度對PCR反應(yīng)有影響,需要根據(jù)具體情況調(diào)整Mg2+濃度,以獲得比較好的擴增效果。5.**dNTPs濃度**:dNTPs是DNA合成的基礎(chǔ)原料,其濃度約為200-300μM較為適宜。過高會增加非特異性擴增。6.**引物設(shè)計**:設(shè)計特異性引物,通常長度為18-30個堿基,Tm(熔解溫度)相近,以保證同時退火。7.**模板DNA的質(zhì)量和純度**:確保模板DNA無蛋白質(zhì)、RNA和其他雜質(zhì)的污染,這些雜質(zhì)可能會抑制酶的活性。FnCas12a在完成特異性切割后,還能非特異性地切割其他單鏈DNA,這一特性被用于開發(fā)了多種核酸檢測技術(shù)。Recombinant Human ALCAM/CD166 (His Tag)
Tn5 轉(zhuǎn)座酶由兩個化學(xué)性質(zhì)相同的單體組成二聚體,每個單體主要有三個結(jié)構(gòu)域,包括 N 端的 α 螺旋結(jié)構(gòu)域。Recombinant Human ALCAM/CD166 (His Tag)
在比較BstDNA聚合酶和TaqDNA聚合酶對于復(fù)雜DNA片段擴增的適用性時,以下是一些關(guān)鍵點:1.**TaqDNA聚合酶**:-TaqDNA聚合酶因其高熱穩(wěn)定性和擴增效率而被應(yīng)用于常規(guī)PCR。它擴增速度為30-60秒/kb,缺乏3'→5'核酸外切酶活性,無校正功能,易產(chǎn)生錯配堿基。-對于結(jié)構(gòu)復(fù)雜的模板,如GC含量高、有二級結(jié)構(gòu)等,TaqPlus可以用于擴增,能有效地擴增10kb以下的片段。-有產(chǎn)品如TitaniumTaqDNA聚合酶,它是通過基因工程改造的Taq酶,缺失了5'-3'外切酶活性,具備更強大的擴增性能,適合擴增高度復(fù)雜的DNA混合物。2.**BstDNA聚合酶**:-BstDNA聚合酶具有高適溫度,能夠適應(yīng)更加苛刻的擴增條件,同時消除DNA二級結(jié)構(gòu),因而能夠準確并且均勻地擴增全基因組序列。-BstDNA聚合酶大片段能夠優(yōu)先擴增短片段的DNA,并且能夠確保擴增得到的DNA覆蓋了整個基因組,連貫并且無偏地擴增所有的遺傳位點。-翌圣生物HieffCanace®PlusHigh-FidelityDNAPolymerase基于PfuDNA聚合酶改造而成,其保真性是Taq酶的83倍,Pfu酶的9倍,擴增速度高達10秒/kb,擴增目的片段長達13kb,具有極強的擴增效率的模板適應(yīng)性,非常適合復(fù)雜模板的高保真擴增。