濟南single cell 單細胞多組學測序服務公司

來源: 發(fā)布時間:2022-08-23

SingleCellSequencing技術(shù),即利用優(yōu)化后的高通量測序技術(shù)(NGS,NextGenerationSequencing)分析每一個單個細胞的序列信息,從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況。那么問題來了,如何獲得單個細胞?如果無法獲得單個細胞這一切都是不成立的;如何獲得大批量的單個細胞?單個組織細胞群體通常在百萬級別以上,如果被檢測的測序細胞數(shù)量過小精確度不足;如何低成本地獲得大批量單個細胞?單細胞測序成本非常高,尤其是需要測2000~3000個以上的細胞的時候,如果單個細胞的分選成本也很高,技術(shù)根本無法普及。所以,正因為這些問題的存在使得高通量測序在單個細胞測序應用中的普及度一直不足,直到幾個突破性技術(shù)的誕生。單一的轉(zhuǎn)錄本研究不能體現(xiàn)生命進程的變化,因此多組學聯(lián)合分析成為解析生命進程的有力工具。濟南single cell 單細胞多組學測序服務公司

從單細胞測序描述性分析轉(zhuǎn)向復雜樣本中不同細胞類型的功能解析,越來越需要一種多組學的細胞生物學視角。通過單細胞多組學——即對不同組學的數(shù)據(jù)集進行分析和整合——科學家能夠從同一個單細胞來源中檢測多種細胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達、細胞表面蛋白表達、免疫組庫序列(包括T細胞和B細胞受體)以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個實驗可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù),研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應引起的錯誤,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時間)。單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關(guān)系,一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”。濟南single cell RNA單細胞多組學商業(yè)化服務烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務。

當下,單細胞測序已經(jīng)廣泛應用于多種疾病發(fā)展過程中的關(guān)鍵過程和事件,如疾病從輕癥病變向惡性的轉(zhuǎn)化、惡性向轉(zhuǎn)移病變的發(fā)展,以及疾病對多種藥物的反應等等。單細胞測序技術(shù)作為一個需要將組織解離成為單細胞懸液,或者是采用細胞核捕獲的策略捕獲單細胞核,進而對于每一個單細胞或者細胞核進行測序得到結(jié)果的技術(shù),其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個問題就是如果單細胞A與B并不出現(xiàn)在一個組織區(qū)域中他們會互相影響或者轉(zhuǎn)化么?免疫研究中,兩個具有非常強的PDL1-PD1的配對關(guān)系的細胞在組織切片上風馬牛不相及,這樣PDL1-PD1的關(guān)系會生效么?

烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,可實現(xiàn)零代碼操作、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作。簡單拖拽、設置參數(shù)即可運行,即使生信0基礎用戶也可以運用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應的細胞數(shù)量、基因表達量、RNA表達量、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。多組學技術(shù)結(jié)合了不同的生物數(shù)據(jù)集,如基因組學、轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學。

多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時,各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!烈冰科技已建立了基于單細胞測序的高通量測序?qū)嶒灦嗥脚_。西安single cell 單細胞多組學

在單細胞水平上的多組學分析能夠為研究組提供前所未有的臨床和科研大數(shù)據(jù)。濟南single cell 單細胞多組學測序服務公司

單細胞多組學測序技術(shù)的發(fā)展依賴于各種單一組學檢測技術(shù)的完善,但即使在單細胞測序技術(shù)迅速發(fā)展的情況下,在單細胞水平協(xié)同檢測多個不同的分子層面仍然非常具有挑戰(zhàn)性.每一種組學都有不同的特性和測量方法,這些方法在敏感性、特異性、通量和適用性上都有所不同.因此,在單細胞水平對多種組學方法進行整合和應用時,需要在策略上做出改進,以保證各組學間的上游建庫以及下游生物信息分析均能良好地兼容,同時也要明確技術(shù)的局限性及其對研究結(jié)果的潛在影響。濟南single cell 單細胞多組學測序服務公司

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