生命科學(xué)研究的目的之一就是為了解決細(xì)胞和組織以及該組織如何影響功能這一難題。測(cè)序技術(shù)可提供特定條件下某些 組織中基因的表達(dá)信息，不僅可以推斷出相應(yīng)未知基因的功能，揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制，而且可以辨別細(xì)胞的類(lèi)型和異質(zhì)性，為疾病診斷提供理論依據(jù)。但由于研究的深入或具體研究方向和內(nèi)容的不同，傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)顯然不能夠滿足科研工作者們強(qiáng)烈的好奇心，更加直觀地反映組織中基因的表達(dá)情況，隨即單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（Single-cell RNA-sequencing，scRNA-seq）、空間轉(zhuǎn)錄組（Spatial transcriptomics，ST）測(cè)序等一系列技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生。烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序助您深入探究細(xì)胞類(lèi)型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征。成都烈冰空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化
10XVisium的實(shí)驗(yàn)主要分為兩部分：組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊。組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息；組學(xué)板塊包括cDNA的合成、擴(kuò)增、接頭連接和測(cè)序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息。具體實(shí)驗(yàn)流程如下：A、切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進(jìn)行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域。B、切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，并進(jìn)行固定和透化，使細(xì)胞中的mRNA得到釋放，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上，從而獲取基因表達(dá)信息。C、逆轉(zhuǎn)和文庫(kù)構(gòu)建：以捕獲的RNA為模板，進(jìn)行cDNA合成，和測(cè)序文庫(kù)制備。D、高通量上機(jī)測(cè)序：對(duì)制備好的測(cè)序文庫(kù)，進(jìn)行二代高通量短讀長(zhǎng)測(cè)序。E、數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果，確定哪些基因有表達(dá)，表達(dá)量高低，以及這些基因的空間位置信息杭州高通量測(cè)序空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化測(cè)序可準(zhǔn)確地分析基因表達(dá)差異、基因結(jié)構(gòu)變異、篩選分子標(biāo)記（SNPs或SSR）等生命科學(xué)重要問(wèn)題。
解決空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析中由于超大數(shù)據(jù)量、超高的質(zhì)控要求以及繁多分析需求而引起的分析困難，做到快速可定制化完成空間轉(zhuǎn)錄組分析；擁有行業(yè)先進(jìn)的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的數(shù)字切片掃描儀，可以同時(shí)實(shí)現(xiàn)明場(chǎng)與熒光場(chǎng)下冷凍切片的快速掃描成像；Z-Stack多層聚焦掃描及Extended Focus 景深擴(kuò)展多層融合掃描模式，進(jìn)一步提升分辨率和清晰度，保證切片高分辨的數(shù)字圖像信息精細(xì)采集；能夠滿足針對(duì)分析結(jié)果中感興趣基因的RNA-FISH驗(yàn)證以及組織切片的免疫組化的高清成像，獲取表達(dá)與定位信息。
在轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域，空間轉(zhuǎn)錄組也開(kāi)辟了新世界。Nature Methods在今年1月份將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)評(píng)價(jià)為2020年度方法，空間轉(zhuǎn)錄組方法近幾年越來(lái)越受到歡迎，它將帶領(lǐng)組學(xué)在生物學(xué)的研究上進(jìn)入新的階段。從轉(zhuǎn)錄組測(cè)序到實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測(cè)序，這一過(guò)程為精確認(rèn)識(shí)不同細(xì)胞類(lèi)型提供了巨大的幫助。現(xiàn)在，新的空間轉(zhuǎn)錄組方法不僅帶來(lái)轉(zhuǎn)錄組信息，同時(shí)還提供空間信息，幫研究者更好辨別轉(zhuǎn)錄的位置，進(jìn)一步擴(kuò)展到單細(xì)胞分辨率，這會(huì)更大程度提升科學(xué)家對(duì)單個(gè)細(xì)胞的認(rèn)識(shí)和解讀。烈冰生物成立于2010年，專(zhuān)注于空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序領(lǐng)域科研服務(wù)。
空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段：1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分；2.Spot點(diǎn)陣的分群與定義；3.Spot分群的功能與生物學(xué)價(jià)值。每一個(gè)部分都不可或缺，其結(jié)果都對(duì)后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計(jì)。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過(guò)濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進(jìn)行后續(xù)分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次翻天覆地的改變，一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條核酸序列進(jìn)行測(cè)定。無(wú)錫高通量測(cè)序空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測(cè)序
空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)遍地開(kāi)花，烈冰服務(wù)讓您的生物醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。成都烈冰空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化
空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程：1、組織優(yōu)化由于不同物種、組織來(lái)源的樣本所需的比較好透化時(shí)間不盡相同，在正式開(kāi)展空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)嶒?yàn)前，需要利用組織優(yōu)化kit進(jìn)行條件的摸索。組織優(yōu)化芯片上包含8個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)區(qū)域均覆蓋了熒光標(biāo)記探針，可捕獲mRNA形成帶有熒光標(biāo)簽的cDNA，隨即可通過(guò)熒光成像結(jié)果判定比較好透化時(shí)間及組織優(yōu)化條件。2、空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序確定組織優(yōu)化條件后，即可進(jìn)行切片、H&E染色及成像、空間轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序分析流程。成都烈冰空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化
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