單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)是一種在單細(xì)胞水平上對(duì)基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀組等進(jìn)行高通量測(cè)序分析的技術(shù)。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)能夠在組學(xué)水平揭示細(xì)胞間的異質(zhì)性。單細(xì)胞水平細(xì)胞譜系追蹤技術(shù)位居2018年Science 雜志評(píng)選的科學(xué)突破。常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息，而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的同時(shí)保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)等領(lǐng)域的研究利器。十二年測(cè)序經(jīng)驗(yàn)，累計(jì)服務(wù)與5000余項(xiàng)重要科研項(xiàng)目。廈門(mén)BD空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)
空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析策略進(jìn)行分析，例如，利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時(shí)期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號(hào)通路及其關(guān)鍵基因的較大情況，揭示在特定發(fā)育時(shí)期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學(xué)過(guò)程。針對(duì)任何一個(gè)基因，空間轉(zhuǎn)錄組可以顯示表達(dá)該基因的點(diǎn)陣及其空間排布；單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組可以給出該基因表達(dá)的細(xì)胞類(lèi)群；原位測(cè)序可以給出該基因在細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)狀況。通過(guò)不同發(fā)育時(shí)間點(diǎn)的信息比較，可以分析細(xì)胞類(lèi)群在某個(gè)部位在不同時(shí)間點(diǎn)的差異，給出其在細(xì)胞內(nèi)的真實(shí)的演變狀況。上海烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)公司空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序以分子方式定義病理，完成了病理數(shù)字化結(jié)合病理影像化的革新。
相比于常規(guī)的測(cè)序手段，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序有幾個(gè)明顯的優(yōu)勢(shì)：1.將轉(zhuǎn)錄組信息與空間信息對(duì)應(yīng)，體現(xiàn)組織內(nèi)部的異質(zhì)性：每個(gè)區(qū)域獨(dú)特的條形碼使測(cè)序結(jié)果與空間位置形成一一對(duì)應(yīng)關(guān)系。雖然暫時(shí)還無(wú)法精細(xì)到單細(xì)胞層面，但是這樣的區(qū)域劃分也已經(jīng)足以展現(xiàn)出組織內(nèi)部不同區(qū)域間的轉(zhuǎn)錄組差異。2.不影響對(duì)全組織進(jìn)行分析：芯片上捕獲的全轉(zhuǎn)錄組在同一個(gè)反應(yīng)中完成測(cè)序，能有效降低多次重復(fù)實(shí)驗(yàn)中的誤差。測(cè)序結(jié)果如果不按照條形碼歸類(lèi)，則直接體現(xiàn)的是切片全組織的轉(zhuǎn)錄組情況，無(wú)需再做單獨(dú)檢測(cè)。3.為進(jìn)一步的研究提供指導(dǎo)意見(jiàn)：常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，對(duì)后續(xù)實(shí)驗(yàn)的指導(dǎo)仍然停留在全組織層面。而空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序則可以標(biāo)識(shí)出更有價(jià)值的研究區(qū)域，引導(dǎo)研究者將組織進(jìn)一步細(xì)分。
解決空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析中由于超大數(shù)據(jù)量、超高的質(zhì)控要求以及繁多分析需求而引起的分析困難，做到快速可定制化完成空間轉(zhuǎn)錄組分析；擁有行業(yè)先進(jìn)的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的數(shù)字切片掃描儀，可以同時(shí)實(shí)現(xiàn)明場(chǎng)與熒光場(chǎng)下冷凍切片的快速掃描成像；Z-Stack多層聚焦掃描及Extended Focus 景深擴(kuò)展多層融合掃描模式，進(jìn)一步提升分辨率和清晰度，保證切片高分辨的數(shù)字圖像信息精細(xì)采集；能夠滿足針對(duì)分析結(jié)果中感興趣基因的RNA-FISH驗(yàn)證以及組織切片的免疫組化的高清成像，獲取表達(dá)與定位信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是高通量測(cè)序下的又一重大技術(shù)突破。
多樣本數(shù)據(jù)合并：FractionofReadsKept：合并樣本時(shí)，各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計(jì)算出來(lái)的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大，需要進(jìn)行Downsample處理，以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測(cè)序深度標(biāo)化到同一水平，從而避免因測(cè)序深度差異導(dǎo)致的基因檢測(cè)數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學(xué)意義；從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究，加速科研進(jìn)程！烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000，開(kāi)啟更大通量測(cè)序新紀(jì)元。青島BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)公司
強(qiáng)勢(shì)發(fā)文！烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序助力揭示愈傷組織能再生的機(jī)制。廈門(mén)BD空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)
空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段：1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分；2.Spot點(diǎn)陣的分群與定義；3.Spot分群的功能與生物學(xué)價(jià)值。每一個(gè)部分都不可或缺，其結(jié)果都對(duì)后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計(jì)。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過(guò)濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進(jìn)行后續(xù)分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣。廈門(mén)BD空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)
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