DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇，已經(jīng)越來越受到研究者的關(guān)注。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機(jī)制、RNA干擾機(jī)制及去甲基化機(jī)制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關(guān)注，從醫(yī)學(xué)領(lǐng)域擴(kuò)展到動植物研究當(dāng)中，同時在研究方法上也取得了很大的突破?，F(xiàn)在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種，從應(yīng)用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。下面，我們就這兩大類檢測技術(shù)進(jìn)行分析比較，以便于在實際的科研工作中進(jìn)行選擇。DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。北京hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)
Hepatic
stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA
methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)
肝星狀細(xì)胞(HSC)是導(dǎo)致肝纖維化發(fā)生和進(jìn)展的關(guān)鍵細(xì)胞類型。DNA羥甲基化與轉(zhuǎn)錄***有關(guān)，其模式在人類疾病中經(jīng)常發(fā)生改變。研究者采用簡化基因組氧化-亞硫酸鹽測序(RRBS/oxRRBS)檢測靜止和******狀態(tài)的大鼠HSC細(xì)胞的5mC和5hmC水平，證實了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉(zhuǎn)分化過程中的整體變化，表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關(guān)鍵步驟，可能會為支持纖維生成的分子事件帶來新的見解，并可能為疾病進(jìn)展提供生物標(biāo)志物以及潛在的新藥物靶點。 北京焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢FFPE樣本只需要室溫運輸。
RIP-seqRNAImmunoprecipitation是研究細(xì)胞內(nèi)蛋白與RNA相互作用的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動態(tài)過程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點。這種技術(shù)運用針對目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來，然后經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行測序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀RIP技術(shù)的類似應(yīng)用，但由于研究對象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物，因此RIP實驗的優(yōu)化條件與ChIP實驗并不相同。RIP實驗下游結(jié)合二代測序技術(shù)稱為RIP-seq，通過高通量測序和分析，深度解析與目標(biāo)蛋白相互結(jié)合的RNA的區(qū)域或種類和相互作用強(qiáng)弱。應(yīng)用領(lǐng)域1.高效獲取蛋白所結(jié)合的RNA，在全轉(zhuǎn)錄組范圍得到與蛋白有相互作用的RNA，包括mRNA、lncRNA、circRNA、microRNA。2.準(zhǔn)確獲取蛋白結(jié)合RNA的特征，通過RNA結(jié)合區(qū)域的富集得到蛋白結(jié)合的RNA位置。3.通過motif分析獲取蛋白結(jié)合序列的偏好性。技術(shù)優(yōu)勢***的確定蛋白質(zhì)在細(xì)胞自然狀態(tài)下與RNA結(jié)合的研究手段，可以有效的鑒定一個蛋白是否是RNA結(jié)合蛋白以及RNA結(jié)合蛋白與哪些RNA直接作用，并確定其結(jié)合位點。，得知相互作用RNA的類型。，可通過分析可得知與蛋白作用的RNA序列。
甲基化是表觀修飾的重要部分，DNA甲基化可以引起DNA構(gòu)象、穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而影響基因表達(dá)。DNA鏈中含有很多CpG結(jié)構(gòu)，雙鏈DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化，基因組中60~90%的CpG都被甲基化，未甲基化的CpG成簇出現(xiàn)在基因啟動子**序列或者轉(zhuǎn)錄起始位點。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶可以催化CpG的甲基化反應(yīng)。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶有兩種，Dnmt1是一種持續(xù)性甲基化轉(zhuǎn)移酶，作用于只有一條鏈甲基化的DNA雙鏈，使其完全甲基化，參與DNA復(fù)制過程中新合成鏈的甲基化修飾；Dnmt3a/Dnmt3b是一種從頭甲基化轉(zhuǎn)移酶，可以在CpG上產(chǎn)生新的甲基化修飾，首先半甲基化，繼而全甲基化，該甲基化轉(zhuǎn)移酶可能參與細(xì)胞生長分化的調(diào)控，在**基因甲基化中起到重要作用。近年來CRISPR/Cas9技術(shù)得到快速發(fā)展，在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一個Dnmt3a，能夠通過dCas9介導(dǎo)特定位點的甲基化修飾，調(diào)控相關(guān)基因的表達(dá)。 全基因組甲基化測序是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術(shù)相結(jié)合。
6mAIP-Seq送樣要求一、送樣類型基因組DNA、動植物組織(包含藻類等)二、保存方式基因組DNA、動植物組織(包含藻類)：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))；保存期間避免反復(fù)凍融。三、運輸條件1、基因組DNA：冰袋或者干冰運輸；2、植物組織(包含藻類)：干冰運輸，順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；四、樣本量要求1、基因組DNA：不少于6ug1）提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等；2）提取基因組DNA，要加RNA酶，去除RNA污染;3）提取基因組DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過100ul;4）提供Qubit檢測濃度，基于OD值的檢測方法，例如NanoDrop,會嚴(yán)重高估濃度。2、植物組織(包含藻類)：1g以上;植物組織，不同組織，送樣量不同植物組織：從植物體上，取下新鮮組織，用清水將材料表面的灰塵或泥土沖洗干凈，吸干；取不少于1g葉片等組織，對于果實等含糖很高的組織，送樣前需要咨詢技術(shù)人員。3、動物組織：30mg以上用預(yù)冷的1×PBS溶液洗掉組織表面殘留的血液；取不少于30mg（1/2綠豆大小）組織塊，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))。 全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。廣東6mA技術(shù)服務(wù)怎么樣
DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇。北京hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)
GOS2基因靶向甲基化測序確定了一種快速復(fù)發(fā)、常規(guī)致死的腎上腺皮質(zhì)*亞型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù)，在114例腎上腺皮質(zhì)**的**隊列中鑒定了一個在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通過高通量BSP得到驗證。G0S2基因CpG島高甲基化**預(yù)測不良臨床后果，是ACC快速復(fù)發(fā)或致死的標(biāo)志。評估G0S2甲基化對臨床決策是直接可行的，并有助于對侵襲性ACC進(jìn)行有效輔助***。 北京hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)