真核/原核無參mRNA-Seq,項(xiàng)目介紹;測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數(shù)據(jù)質(zhì)控后進(jìn)行拼接,并進(jìn)一步對拼接所得轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行功能注釋、CDD、CDS分析,SNP分析,SSR標(biāo)記開發(fā)等分析。在計(jì)算基因的表達(dá)量后,進(jìn)行基因表達(dá)差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。對于多個樣本,可進(jìn)行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達(dá)分析、PCA主成分分析。另外,還可以進(jìn)行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析,深入研究基因功能,進(jìn)一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息,為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)理提供方向。 小RNA測測序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒。上海地區(qū)ITS高通量測序原理
懸液制備好后質(zhì)檢結(jié)果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細(xì)胞懸液質(zhì)檢關(guān)卡究竟是怎樣運(yùn)作的呢?單細(xì)胞懸液質(zhì)控要求:?細(xì)胞濃度:700-1200cells/μl;?細(xì)胞活率>80%(當(dāng)細(xì)胞懸液活率低于70%時建議進(jìn)行去除死細(xì)胞處理);細(xì)胞團(tuán)及碎片雜質(zhì)<5%(無細(xì)胞粘連,無明顯的細(xì)胞碎片和細(xì)胞團(tuán),并保證細(xì)胞的完整性);?細(xì)胞狀態(tài):細(xì)胞直徑在7-40um之間(細(xì)胞直徑過大則建議進(jìn)行抽核處理);?不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細(xì)胞的核酸分子。上海地區(qū)多重?cái)U(kuò)增高通量測序技術(shù)在運(yùn)輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管中,再將50 ml管放在封口袋中。
通過顯微鏡使用血球計(jì)數(shù)板質(zhì)檢得到質(zhì)檢結(jié)果:明場(細(xì)胞未染色):主要可以觀察懸液背景質(zhì)量(背景干凈,無雜質(zhì)碎片,無細(xì)胞團(tuán)塊);臺盼藍(lán)場(細(xì)胞與臺盼藍(lán)染色后):主要可以觀察活性(主要為活細(xì)胞,未染色藍(lán)色的為活細(xì)胞);通過臺盼藍(lán)場計(jì)算活率:90%>80%;細(xì)胞濃度:710cells/μl;等結(jié)果來看,血球計(jì)數(shù)板質(zhì)檢結(jié)果的展示可以看出所有指標(biāo)均符合上機(jī)標(biāo)準(zhǔn),屬于高質(zhì)量單細(xì)胞懸液。以上就是我們本次的單細(xì)胞懸液質(zhì)檢指南分享啦。
高通量測序技術(shù)是可以平行對數(shù)百萬甚至數(shù)十億條序列測序的技術(shù)。在基因組測序、轉(zhuǎn)錄組測序、宏基因組測序、表觀遺傳測序、外顯子捕獲測序、靶區(qū)域測序等諸多科研及精細(xì)醫(yī)療檢測領(lǐng)域內(nèi)有普遍的運(yùn)用。生工生物工程(上海)股份有限公司自2011年成立高通量測序部以來,逐步引進(jìn)了Illumina,Life,PacBio等二代/三代測序平臺。建立了2000m2高標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室(通過了國家ISO認(rèn)證)以及10PB級運(yùn)算能力的服務(wù)器集群,能滿足絕大多數(shù)科研客戶的研究需要。同時,生工高通量測序團(tuán)隊(duì)建設(shè)也在不斷完善中,目前有50余專職員工,其中高級技術(shù)人員以及高級生物信息工程師占比50%以上,5年來,通過生工高通量測序結(jié)果發(fā)表的文章累計(jì)影響因子超過1000分以上。請注意選擇無RNA酶的容器盛放樣本,盡量避免RNA降解。
樣本寄送時,請將填寫完整的紙質(zhì)版《高通量測序送樣表》密封于塑料袋內(nèi),隨樣本一起寄出,紙質(zhì)版的樣本信息單用于樣本接收人員在收到樣本后及時并正確的保存并錄入樣本,如無紙質(zhì)版的樣本信息單可能會延誤項(xiàng)目周期;樣本管壁或管蓋上標(biāo)明的樣本名稱需要與《高通量測序送樣表》里樣本名稱一致,這樣可以避免我們收到樣本后與您確認(rèn)樣本編號而耽誤樣本質(zhì)檢、提取實(shí)驗(yàn);如有特殊情況,請?jiān)凇陡咄繙y序送樣表》中注明;樣品編號請避免使用中文、羅馬數(shù)字、“-”以及特殊符號標(biāo)示,避免分析的時候系統(tǒng)無法識別,導(dǎo)致分析無法完成;我們分析人員建議編號可以采用英文字母與阿拉伯?dāng)?shù)字結(jié)合的形式,字符比較好不要過長,避免繪制部分分析圖的時候難以全部展示。高通量測序技術(shù)是可以平行對數(shù)百萬甚至數(shù)十億條序列測序的技術(shù)。上海有參轉(zhuǎn)錄組高通量測序NGS
使用足量的干冰運(yùn)輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。上海地區(qū)ITS高通量測序原理
生工高通量測序樣品要求,RNA樣品:請?zhí)峁舛取?50 ng/μl、總量≥2μg的總RNA樣品,樣品請去蛋白并進(jìn)行DNase處理;請務(wù)必提供每個樣品具體的濃度、體積、制備時間以及物種來源。比較好附上QC數(shù)據(jù),可以是電泳膠圖、分光光度值、Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)或者Agilent Bioanalyzer儀器檢測數(shù)據(jù)等;一般情況下,轉(zhuǎn)錄組測序需要Agilent Bioanalyzer儀器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥7;小RNA測測序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒,可選擇傳統(tǒng)總RNA提取法(如乙醇沉淀、異丙醇沉淀等)或者選用專門的小RNA提取試劑盒;寄送RNA樣品請置于1.5 ml離心管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口。在運(yùn)輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管中,再將50 ml管放在封口袋中。使用足量的干冰運(yùn)輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。上海地區(qū)ITS高通量測序原理
生工生物工程(上海)股份有限公司總部位于香閔路698號,是一家研發(fā)、生產(chǎn)化學(xué)試劑、生化試劑、生物試劑、耗材、小型儀器及生物工程相關(guān)產(chǎn)品(以上經(jīng)營涉及位險(xiǎn)化學(xué)品的只有分裝業(yè)務(wù)),銷售公司自產(chǎn)產(chǎn)品并提供售后技術(shù)服務(wù);從事上述產(chǎn)品的同類商品(危險(xiǎn)化學(xué)品限許可證規(guī)定范圍)的進(jìn)出口、批發(fā)、傭金代理(拍實(shí)除外)及相關(guān)配套服務(wù);提供生物工程技術(shù)服務(wù)、技術(shù)開發(fā)、技術(shù)咨詢。:提供倉儲業(yè)務(wù)。 【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目。經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】的公司。公司自創(chuàng)立以來,投身于生化試劑,實(shí)驗(yàn)耗材,實(shí)驗(yàn)試劑,研發(fā),是醫(yī)藥健康的主力軍。生工生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。生工生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場需求,提高產(chǎn)品價(jià)值,是我們前行的力量。