IlluminaHiSeq2500/4000可以運(yùn)行PE150/PE250模式,可以承擔(dān)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、人基因組重測(cè)序、外顯子捕獲測(cè)序、宏基因組測(cè)序、微生物分類測(cè)序等服務(wù);IlluminaMiSeq運(yùn)行PE300模式,可以承擔(dān)細(xì)菌基因組重測(cè)序/Denovo測(cè)序、微生物分類測(cè)序、擴(kuò)增子測(cè)序、核酸適配體測(cè)序等服務(wù);LifeIontorrentPGM運(yùn)行314、316、318芯片,可以承接擴(kuò)增子測(cè)序、靶區(qū)域測(cè)序、基因組重測(cè)序服務(wù);PacBioSequel/RSII該測(cè)序平臺(tái)讀長(zhǎng)超長(zhǎng),平均可達(dá)10kb以上,主要承接細(xì)菌基因組完成圖測(cè)序、***基因組精細(xì)圖測(cè)序、全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本測(cè)序等服務(wù);KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序只能測(cè)菌液和質(zhì)粒,像PCR產(chǎn)物什么的還是送一代測(cè)序吧。上海地區(qū)靶向捕獲高通量測(cè)序應(yīng)用
核酸適配體測(cè)序,項(xiàng)目介紹:核酸適配體是一類能夠特異性地和靶物質(zhì)結(jié)合的寡核苷酸序列。它可作用于蛋白質(zhì)、金屬離子、小分子化合物、細(xì)胞膜表面受體等靶標(biāo)。其結(jié)合能力可與抗體相當(dāng)甚至更強(qiáng),同時(shí)具有低免疫原性、 穩(wěn)定性好等特點(diǎn),并可結(jié)合各種藥物及載體構(gòu)建多元復(fù)合靶向給藥系統(tǒng)用于tumour靶向treat, 在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有潛在高價(jià)值。生工生物針對(duì)核酸適配體特殊結(jié)構(gòu),結(jié)合Illumina MiSeq測(cè)序平臺(tái),可以快速對(duì)核酸適配體文庫(kù)進(jìn)行大規(guī)模高通量測(cè)序,省去克隆測(cè)序的麻煩,提高測(cè)序深度,快速計(jì)算適配體序列頻率,方便科研客戶快速評(píng)估序列富集程度。small RNA高通量測(cè)序公司Illumina HiSeq2500/4000 可以運(yùn)行PE150/PE250模式。
生工外顯子測(cè)序,項(xiàng)目介紹:已知人類基因組上有180000個(gè)外顯子,占整個(gè)基因組約1-2%。這些區(qū)域主要負(fù)責(zé)編碼蛋白。絕大多數(shù)的單基因遺傳突變與復(fù)雜疾病突變都發(fā)生在外顯子區(qū)域。相比于全基因組重測(cè) 序,全外顯子捕獲測(cè)序有測(cè)序深度高、價(jià)格便宜的優(yōu)勢(shì),性價(jià)比很高。生工生物采用Aglient SureSelect系列外顯子捕獲系統(tǒng),可以高效富集人全外顯子區(qū)域,并結(jié)合Illumina XTen測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行深度測(cè)序。后期可以完成SNP/InDel/CNV等變異檢測(cè),形成完整的分析報(bào)告。
RNA類高通量測(cè)序樣品要求:對(duì)于需要進(jìn)行 RNA 抽提的樣品,請(qǐng)使用新鮮取樣的實(shí)驗(yàn)材料,當(dāng)場(chǎng)分成小塊(動(dòng)物樣品厚度需小于0.5 cm,植物樣品厚度需小于0.3 cm)后立即用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C 冰箱,埋于足量的干冰(根據(jù)經(jīng)驗(yàn),在秋冬季節(jié),如果打包合適,5 公斤塊狀干冰可以維持 50 小時(shí),而小塊的干冰能更好的包裹樣品,但需比塊狀干冰多加些)中用保溫箱寄送。一般組織樣品,送樣量至少200 mg/樣;如果樣品屬于孢子,送樣量至少500 mg/樣。PacBio Sequel/RSII 該測(cè)序平臺(tái)讀長(zhǎng)超長(zhǎng),平均可達(dá)10 kb以上。
生工高通量測(cè)序樣品要求,RNA樣品:請(qǐng)?zhí)峁舛取?50 ng/μl、總量≥2μg的總RNA樣品,樣品請(qǐng)去蛋白并進(jìn)行DNase處理;請(qǐng)務(wù)必提供每個(gè)樣品具體的濃度、體積、制備時(shí)間以及物種來源。比較好附上QC數(shù)據(jù),可以是電泳膠圖、分光光度值、Nanodrop儀器檢測(cè)數(shù)據(jù)或者Agilent Bioanalyzer儀器檢測(cè)數(shù)據(jù)等;一般情況下,轉(zhuǎn)錄組測(cè)序需要Agilent Bioanalyzer儀器檢測(cè)獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥7;小RNA測(cè)測(cè)序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒,可選擇傳統(tǒng)總RNA提取法(如乙醇沉淀、異丙醇沉淀等)或者選用專門的小RNA提取試劑盒;寄送RNA樣品請(qǐng)置于1.5 ml離心管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時(shí)間,管口使用Parafilm封口。在運(yùn)輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管中,再將50 ml管放在封口袋中。使用足量的干冰運(yùn)輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。小RNA測(cè)測(cè)序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒。上海地區(qū)靶向捕獲高通量測(cè)序應(yīng)用
截止目前為止,生工生物可是為數(shù)不多的同時(shí)擁有ChromiumController和ChromiumX平臺(tái)的公司。上海地區(qū)靶向捕獲高通量測(cè)序應(yīng)用
KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序跟一代測(cè)序相比有什么優(yōu)點(diǎn)呢?一代測(cè)序:1.數(shù)據(jù)質(zhì)量,套峰,雙峰等情況,需要人工分析校對(duì)。2.測(cè)序長(zhǎng)度,1 kb。3.成本,低。4.樣本用量,100 ng。5.精確度,70-90%。6.測(cè)序能力,需要測(cè)序引物,只能測(cè)測(cè)序引物間的片段序列。7.通量低,(與讀長(zhǎng)有關(guān))。8.實(shí)驗(yàn)周期,如果片段長(zhǎng)度超過5K,測(cè)通可能需要15天左右。對(duì)于測(cè)序長(zhǎng)度較長(zhǎng),如果我們用Sanger測(cè)序往往需要花費(fèi)大量的時(shí)間,而我們KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序則只需要5-7天,就可以測(cè)通片段長(zhǎng)度小于30kb以下的片段。KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序?qū)τ跇颖镜牧?,要求的也比較少,比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl,如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的,KBSeq就更為適合了。上海地區(qū)靶向捕獲高通量測(cè)序應(yīng)用
生工生物工程(上海)股份有限公司致力于醫(yī)藥健康,是一家生產(chǎn)型公司。公司自成立以來,以質(zhì)量為發(fā)展,讓匠心彌散在每個(gè)細(xì)節(jié),公司旗下生化試劑,實(shí)驗(yàn)耗材,實(shí)驗(yàn)試劑,研發(fā)深受客戶的喜愛。公司將不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力,努力學(xué)習(xí)行業(yè)知識(shí),遵守行業(yè)規(guī)范,植根于醫(yī)藥健康行業(yè)的發(fā)展。生工生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實(shí)”的經(jīng)營(yíng)理念,全力打造公司的重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力。