上海市宏全基因組高通量測序應(yīng)用

small RNA測序，項目簡介：Small RNA是一類重要的體內(nèi)調(diào)節(jié)分子，長度在18-30 nt之間，主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是誘導(dǎo)基因沉默，參與基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，從而調(diào)節(jié)細(xì)胞生長、分化，以及個體發(fā)育、生殖等重要生物學(xué)過程。高通量測序技術(shù)可以對樣本中所有small RNA家族進(jìn)行測序和表達(dá)定量，從而解析miRNA、siRNA、piRNA和其它非編碼RNA以及相應(yīng)靶序列。測序使用Illumina Xten平臺，測序原始數(shù)據(jù)質(zhì)控后，進(jìn)行Clean reads 長度分布統(tǒng)計，small RNA注釋，已知 miRNA 注釋，已知piRNA注釋，ncRNA分析，新 miRNA 預(yù)測（有參考基因組），差異基因可視化分析，miRNA 家族分析，差異表達(dá) miRNA 聚類分析，miRNA靶基因預(yù)測，靶基因GO、KEGG富集分析。生工生物接受客戶自備文庫測序項目。上海市宏全基因組高通量測序應(yīng)用

對于微生物樣品，請客戶如實聲明所屬物種；對于可能致病的微生物，生工將拒收。以固體培養(yǎng)基培養(yǎng)的樣品，需將樣品從培養(yǎng)基上刮取下來，用干冰寄送；以液體培養(yǎng)基培養(yǎng)的樣品，需離心后棄培養(yǎng)液收集樣品，用RNA組織保存液（例如RNA-Be-Locker A）保存，以干冰或冰袋寄送；沒有RNA組織保存液的情況下，也可用液氮或干冰乙醇速凍，保存于-80°C 冰箱，埋于足量干冰寄送。***樣品送樣量需至少達(dá)到100 mg/樣；細(xì)菌樣品送樣量需至少達(dá)到107（10的7次方）數(shù)量級，同時，在與樣本一同寄送的送樣表上，標(biāo)明屬于革蘭氏陽性菌（G+）還是革蘭氏陰性菌（G-）。上海宏基因組高通量測序平臺關(guān)鍵是KBSeq還可以省錢。

臺盼藍(lán)染色原理：臺盼藍(lán)染色原理：臺盼藍(lán)不能透過活細(xì)胞正常完整的細(xì)胞膜，故活細(xì)胞不被染色。而死細(xì)胞的細(xì)胞膜透性增高，可使染料進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)而使死細(xì)胞染成淡藍(lán)色。

通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質(zhì)檢得到質(zhì)檢結(jié)果：明場（細(xì)胞未染色）：主要可以觀察懸液背景質(zhì)量（背景干凈，無雜質(zhì)碎片，無細(xì)胞團塊）；臺盼藍(lán)場（細(xì)胞與臺盼藍(lán)染色后）：主要可以觀察活性（主要為活細(xì)胞，未染色藍(lán)色的為活細(xì)胞）；通過臺盼藍(lán)場計算活率：90%>80%；細(xì)胞濃度:710cells/μl;等結(jié)果來看，血球計數(shù)板質(zhì)檢結(jié)果的展示可以看出所有指標(biāo)均符合上機標(biāo)準(zhǔn)，屬于高質(zhì)量單細(xì)胞懸液。

微生物基因組重測序（有參）：目前越來越多的微生物基因組被解析出來了。從而使得科研工作者們可以對某些物種微生物進(jìn)行進(jìn)行物種進(jìn)化、種群特征、選擇壓力等研究。利用高通量測序技術(shù)，對有參考基因組微生物進(jìn)行多個體的基因組重測序，精細(xì)分析其與參考基因組的SNP、InDel、SV等變異信息。微生物基因組從頭測序（無參）：對于不斷分離培養(yǎng)微生物的客戶來說，要確定一個菌株是否是新菌株或者新菌種，較快捷的辦法就是，直接進(jìn)行基因組測序。利用高通量測序技術(shù)，對這些基因組進(jìn)行高深度測序，然后進(jìn)行基因組組裝，獲得基因組的框架圖或者精細(xì)圖甚至是完成圖。從而可以快速解析其基因組結(jié)構(gòu)、基因功能、進(jìn)化關(guān)系。目前，生工生物已開展10x單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序（scRNA-seq）服務(wù)，如果正好您有需要，那就快快來call我們吧！

RNA類高通量測序樣品要求：對于需要進(jìn)行 RNA 抽提的樣品，請使用新鮮取樣的實驗材料，當(dāng)場分成小塊（動物樣品厚度需小于0.5 cm，植物樣品厚度需小于0.3 cm）后立即用液氮或干冰乙醇速凍，保存于-80°C 冰箱，埋于足量的干冰（根據(jù)經(jīng)驗，在秋冬季節(jié)，如果打包合適，5 公斤塊狀干冰可以維持 50 小時，而小塊的干冰能更好的包裹樣品,但需比塊狀干冰多加些）中用保溫箱寄送。一般組織樣品，送樣量至少200 mg/樣；如果樣品屬于孢子，送樣量至少500 mg/樣。X儀器本身有16個通道（Controller為8通道），每個通道極限多捕獲20000個細(xì)胞（Controller為10000個細(xì)胞） 。上海市轉(zhuǎn)錄組高通量測序

組織材料樣品（提取RNA用），請預(yù)先用液氮速凍，然后轉(zhuǎn)移到干冰中運輸。上海市宏全基因組高通量測序應(yīng)用

通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質(zhì)檢能觀察到懸液背景質(zhì)量和細(xì)胞數(shù)目及活性的評估。讓我們再來回顧一下臺盼藍(lán)染色原理：臺盼藍(lán)染色原理：臺盼藍(lán)不能透過活細(xì)胞正常完整的細(xì)胞膜，故活細(xì)胞不被染色。而死細(xì)胞的細(xì)胞膜透性增高，可使染料進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)而使死細(xì)胞染成淡藍(lán)色。怎樣通過血球計數(shù)板進(jìn)行質(zhì)檢操作呢？將血球計數(shù)板擦拭干凈，取干凈的蓋玻片蓋在計數(shù)板上；將細(xì)胞懸液混勻（或10μl臺盼藍(lán)+10μl細(xì)胞懸液），吸出10μl懸液至計數(shù)板上蓋玻片的一側(cè)使細(xì)胞核懸液鋪滿蓋玻片和計數(shù)板之間；在顯微鏡下分別對V1/V2/V3/V4四個計數(shù)區(qū)域進(jìn)行計數(shù)；按細(xì)胞計數(shù)公式進(jìn)行計算，計算公式：細(xì)胞總數(shù)={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*懸液體積*稀釋倍數(shù)，V1/V2/V3/V4為各個計數(shù)區(qū)的細(xì)胞數(shù)目，細(xì)胞活率=活細(xì)胞數(shù)目/總細(xì)胞數(shù)目*100%。上海市宏全基因組高通量測序應(yīng)用

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