生工人線粒體基因組測序（多重擴增法），項目介紹：生工生物高通量測序部采用多重擴增技術，對人線粒體基因組進行擴增捕獲，并進一步采用Illumina測序平臺進行高通量測序。該技術方案可以快速擴增到幾乎線粒體全長，并進行高深度測序，下游提供常規(guī)比對篩查突變等生物信息分析?？蛻籼峁悠奉愋停?.人來源DNA，濃度大于1ng/ul，總量大于20ng，以Qubit檢測結果為準2.運輸條件：冰袋運輸。交付信息：1.測序原始數(shù)據(jù)交付實驗報告2.測序原始數(shù)據(jù)3.突變分析結果。X儀器本身有16個通道（Controller為8通道），每個通道極限多捕獲20000個細胞（Controller為10000個細胞） 。上海地區(qū)羥甲基化測序高通量測序應用
懸液制備好后質檢結果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細胞懸液質檢關卡究竟是怎樣運作的呢？單細胞懸液質控要求：?細胞濃度：700-1200cells/μl；?細胞活率>80%（當細胞懸液活率低于70%時建議進行去除死細胞處理）；細胞團及碎片雜質<5%（無細胞粘連，無明顯的細胞碎片和細胞團，并保證細胞的完整性）；?細胞狀態(tài)：細胞直徑在7-40um之間（細胞直徑過大則建議進行抽核處理）；?不存在逆轉錄抑制劑和非細胞的核酸分子。上海lncRNA高通量測序原理請合理安排樣品寄送時間，避免樣本在周六、周日或法定節(jié)假日到達生工生物。
生工外顯子測序，項目介紹：已知人類基因組上有180000個外顯子，占整個基因組約1-2%。這些區(qū)域主要負責編碼蛋白。絕大多數(shù)的單基因遺傳突變與復雜疾病突變都發(fā)生在外顯子區(qū)域。相比于全基因組重測 序，全外顯子捕獲測序有測序深度高、價格便宜的優(yōu)勢，性價比很高。生工生物采用Aglient SureSelect系列外顯子捕獲系統(tǒng)，可以高效富集人全外顯子區(qū)域，并結合Illumina XTen測序平臺進行深度測序。后期可以完成SNP/InDel/CNV等變異檢測，形成完整的分析報告。
轉錄組測序，項目介紹：RNA-Seq，是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法：首先提取生物樣品的全部轉錄的 RNA 并進行 mRNA 富集，然后反轉錄為 cDNA 后進行新一代高通量測序，在此基礎上進行短片段拼接組裝，從而獲得一個個單獨轉錄本，進而可以對該生物樣品當前狀態(tài)的基因表達狀況有全局了解。對不同階段或部位生物樣品的轉錄組進行 比較分析，則可以在轉錄層面得到基因表達水平的變化，針對關鍵基因則可以進行代謝通路（Pathway）的構建。請寄送樣本（尤其是細胞樣本）之前鑒定樣本所屬物種。
真核/原核有參mRNA-Seq，項目介紹：轉錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內所有轉錄產(chǎn)物的gather，狹義上指所有mRNA的gather。轉錄組是研究基因表達的主要手段，是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質組的紐帶。轉錄水平的調控是生物體重要的調控方式，通過轉錄組測序分析轉錄水平的調控，是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺，測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質控后，mapping至參考基因組序列，對mapping到基因上的reads進行計數(shù)，計算基因的表達量后，進行基因表達差異及差異基因GO、KOG（原核生物為COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。對于多個樣本，可進行重復相關性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外，依據(jù)參考基因組，可進行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗證性分析；可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉錄本預測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進行關聯(lián)分析等分析。另外，還可以進行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡互作等分析，深入研究基因功能，進一步揭示基因間互作網(wǎng)絡等信息，為研究網(wǎng)絡調控機理提供方向。小RNA測測序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒。上海無參轉錄組高通量測序服務
一臺10xGenomics Chromium X儀器能夠在單次運行中分析數(shù)百至數(shù)十萬個細胞，讓百萬級的細胞研究變得常規(guī)。上海地區(qū)羥甲基化測序高通量測序應用
細胞質檢時染料染色的原理：臺盼藍染色原理：臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜，故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高，可使染料進入細胞內而使死細胞染成淡藍色。AO/PI染色原理：吖啶橙（AO）是一種小分子染料，可以通過完整的細胞膜，嵌入所有細胞（活細胞和死細胞）的細胞核，呈現(xiàn)綠色熒光；碘化丙啶（PI）只能通過不完整的細胞膜，即死細胞的細胞膜，嵌入所有死細胞的細胞核，呈現(xiàn)紅色熒光，通過標記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細胞和死細胞，這種特異性染色的方法也可以排除無核細胞、雜質、碎片等的干擾。上海地區(qū)羥甲基化測序高通量測序應用
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