上海地區(qū)無參轉(zhuǎn)錄組高通量測序服務(wù)

來源: 發(fā)布時間:2022-10-13

RNA樣品:1.請務(wù)必提供每個樣品具體的濃度、體積、制備時間以及物種來源。比較好附上電泳膠圖或者 Agilent Bioanalyzer 儀器檢測數(shù)據(jù)等;2.對于普通轉(zhuǎn)錄組樣品,請?zhí)峁舛取?00 ng/μl、總量≥2 μg 的總 RNA 樣品,樣品請去蛋白并進行 DNase處理;一般情況下,普通轉(zhuǎn)錄組測序需要 RNA 樣品的 OD260/OD280為 2.0~2.2,Agilent Bioanalyzer 2100 器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥8;對于全長轉(zhuǎn)錄組測序樣品(ISO-seq),請?zhí)峁舛却笥?00 ng/ul,總量大于5 μg的總RNA樣品。樣品請去蛋白并進行 DNase 處理;全長轉(zhuǎn)錄組測序需要 RNA 樣品的 OD260/OD280 為 2.0~2.2,2.3Agilent Bioanalyzer 2100 器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥8.5;小RNA測測序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒。上海地區(qū)無參轉(zhuǎn)錄組高通量測序服務(wù)

生工高通量測序樣品要求,組織/細(xì)胞樣品:請使用新鮮取樣的實驗材料,當(dāng)場分成小塊后立即用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C冰箱,用足量的干冰(根據(jù)經(jīng)驗,在秋冬季節(jié),如果打包合適,3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時)寄送;于微生物樣品,請客戶如實聲明所屬物種,對于可能致病的微生物,生工保留拒收的權(quán)利;對于需要進行RNA抽提的樣品,可以但不建議將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送,具體情況請先取得溝通。上海地區(qū)生工生物 高通量測序項目如果問現(xiàn)在什么技術(shù)是測序?qū)玫膶檭海敲磫渭?xì)胞測序則是我們不得不提及的技術(shù)了。

單細(xì)胞測序是什么?單細(xì)胞測序是基于高通量測序(Next-generationsequencingtechnology,NGS)方法,檢測群體中單細(xì)胞基因組、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞表觀基因組及單細(xì)胞蛋白組,提供細(xì)胞間差異的高分辨率視圖,從分子水平揭示細(xì)胞奧秘。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序(Single-cellRNA-Sequencing,ScRNA-Seq)指在單細(xì)胞水平上對mRNA進行高通量測序和分析的技術(shù)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序能獲得單個細(xì)胞內(nèi)近萬個基因的表達信息,為辨別生物組織中各種細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)錄組特征和全方面揭示細(xì)胞之間基因表達的異質(zhì)性提供了有力的工具[3]。說到細(xì)胞異質(zhì)性(Cellheterogeneity),就要說到我們?yōu)槭裁匆脝渭?xì)胞測序技術(shù)了。

高通量測序技術(shù)是可以平行對數(shù)百萬甚至數(shù)十億條序列測序的技術(shù)。在基因組測序、轉(zhuǎn)錄組測序、宏基因組測序、表觀遺傳測序、外顯子捕獲測序、靶區(qū)域測序等諸多科研及精細(xì)醫(yī)療檢測領(lǐng)域內(nèi)有普遍的運用。生工生物工程(上海)股份有限公司自2011年成立高通量測序部以來,逐步引進了Illumina,Life,PacBio等二代/三代測序平臺。建立了2000m2高標(biāo)準(zhǔn)實驗室(通過了國家ISO認(rèn)證)以及10PB級運算能力的服務(wù)器集群,能滿足絕大多數(shù)科研客戶的研究需要。同時,生工高通量測序團隊建設(shè)也在不斷完善中,目前有50余專職員工,其中高級技術(shù)人員以及高級生物信息工程師占比50%以上,5年來,通過生工高通量測序結(jié)果發(fā)表的文章累計影響因子超過1000分以上。特別申明:不能采用過柱離心的方法提取總RNA。

使用顯微鏡進行懸液質(zhì)檢操作時應(yīng)注意:1.使用血球計數(shù)板時,可以提前鏡檢觀察每小格計數(shù)室內(nèi)是否潔凈無雜質(zhì)。若有雜質(zhì)灰層,則需要多次清洗,直至計數(shù)室潔凈無瑕;2.質(zhì)檢前將懸液輕微震蕩或使用擴口***頭吹打混勻;3.臺盼藍染色后需要盡快完成細(xì)胞計數(shù),一般建議不要超過10分鐘;4.如果方格中細(xì)胞數(shù)目過多,難以數(shù)清,應(yīng)當(dāng)對細(xì)胞懸液進行稀釋以便于計數(shù);5.對于壓在方格界線上的細(xì)胞應(yīng)當(dāng)計數(shù)同側(cè)相鄰兩邊上的細(xì)胞數(shù),一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線,數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理,另兩邊不計數(shù)。PacBio Sequel/RSII 該測序平臺主要承接細(xì)菌基因組完成圖測序、fungus基因組精細(xì)圖測序、全長轉(zhuǎn)錄本測序服務(wù)。上海市16s高通量測序項目

DNA樣品請用1.5 mL離心管裝好并用封口膜封好,并安置于50 mL離心管內(nèi)或其他類似容器里,并旋緊蓋子。上海地區(qū)無參轉(zhuǎn)錄組高通量測序服務(wù)

真核/原核有參mRNA-Seq,項目介紹:轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather,狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達的主要手段,是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式,通過轉(zhuǎn)錄組測序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控,是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后,mapping至參考基因組序列,對mapping到基因上的reads進行計數(shù),計算基因的表達量后,進行基因表達差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。對于多個樣本,可進行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外,依據(jù)參考基因組,可進行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗證性分析;可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析等分析。另外,還可以進行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析,深入研究基因功能,進一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息,為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機理提供方向。上海地區(qū)無參轉(zhuǎn)錄組高通量測序服務(wù)

生工生物工程(上海)股份有限公司在同行業(yè)領(lǐng)域中,一直處在一個不斷銳意進取,不斷制造創(chuàng)新的市場高度,多年以來致力于發(fā)展富有創(chuàng)新價值理念的產(chǎn)品標(biāo)準(zhǔn),在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康中始終保持良好的商業(yè)口碑,成績讓我們喜悅,但不會讓我們止步,殘酷的市場磨煉了我們堅強不屈的意志,和諧溫馨的工作環(huán)境,富有營養(yǎng)的公司土壤滋養(yǎng)著我們不斷開拓創(chuàng)新,勇于進取的無限潛力,生工生物工程供應(yīng)攜手大家一起走向共同輝煌的未來,回首過去,我們不會因為取得了一點點成績而沾沾自喜,相反的是面對競爭越來越激烈的市場氛圍,我們更要明確自己的不足,做好迎接新挑戰(zhàn)的準(zhǔn)備,要不畏困難,激流勇進,以一個更嶄新的精神面貌迎接大家,共同走向輝煌回來!

標(biāo)簽: 高通量測序