上海宏全基因組高通量測(cè)序項(xiàng)目

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-10-18

生工人線粒體基因組測(cè)序(多重?cái)U(kuò)增法),項(xiàng)目介紹:生工生物高通量測(cè)序部采用多重?cái)U(kuò)增技術(shù),對(duì)人線粒體基因組進(jìn)行擴(kuò)增捕獲,并進(jìn)一步采用Illumina測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行高通量測(cè)序。該技術(shù)方案可以快速擴(kuò)增到幾乎線粒體全長(zhǎng),并進(jìn)行高深度測(cè)序,下游提供常規(guī)比對(duì)篩查突變等生物信息分析??蛻籼峁悠奉愋停?.人來(lái)源DNA,濃度大于1ng/ul,總量大于20ng,以Qubit檢測(cè)結(jié)果為準(zhǔn)2.運(yùn)輸條件:冰袋運(yùn)輸。交付信息:1.測(cè)序原始數(shù)據(jù)交付實(shí)驗(yàn)報(bào)告2.測(cè)序原始數(shù)據(jù)3.突變分析結(jié)果。Life Ion torrentPGM 運(yùn)行314、316、318芯片,可以承接擴(kuò)增子測(cè)序、靶區(qū)域測(cè)序、基因組重測(cè)序服務(wù)。上海宏全基因組高通量測(cè)序項(xiàng)目

使用顯微鏡進(jìn)行懸液質(zhì)檢操作時(shí)應(yīng)注意:1.使用血球計(jì)數(shù)板時(shí),可以提前鏡檢觀察每小格計(jì)數(shù)室內(nèi)是否潔凈無(wú)雜質(zhì)。若有雜質(zhì)灰層,則需要多次清洗,直至計(jì)數(shù)室潔凈無(wú)瑕;2.質(zhì)檢前將懸液輕微震蕩或使用擴(kuò)口***頭吹打混勻;3.臺(tái)盼藍(lán)染色后需要盡快完成細(xì)胞計(jì)數(shù),一般建議不要超過(guò)10分鐘;4.如果方格中細(xì)胞數(shù)目過(guò)多,難以數(shù)清,應(yīng)當(dāng)對(duì)細(xì)胞懸液進(jìn)行稀釋以便于計(jì)數(shù);5.對(duì)于壓在方格界線上的細(xì)胞應(yīng)當(dāng)計(jì)數(shù)同側(cè)相鄰兩邊上的細(xì)胞數(shù),一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線,數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理,另兩邊不計(jì)數(shù)。上海高通量測(cè)序服務(wù)DNA樣品建議用藍(lán)冰運(yùn)輸。

對(duì)于用RNA組織保存液寄送的樣品,請(qǐng)按照RNA組織保存液說(shuō)明保存和寄送。請(qǐng)注意:1)樣品浸入組織保存液之前,對(duì)于動(dòng)物組織樣品,須以建議快速度將樣品剪切成厚度小于0.5cm的碎塊;對(duì)于植物樣品,須以建議快速度將樣品剪切成厚度小于0.3cm的碎塊。2)鼠肝、腎和脾等小organ樣品和沒(méi)有蠟質(zhì)保護(hù)層的植物樣品可不剪切直接放入保存液中保存,有蠟質(zhì)保護(hù)層的植物樣品需要先將蠟表皮破壞。3)確保將樣品完全浸泡在保存液中,不讓其粘貼在管壁和蓋上。

生工高通量測(cè)序樣品要求,組織/細(xì)胞樣品:請(qǐng)使用新鮮取樣的實(shí)驗(yàn)材料,當(dāng)場(chǎng)分成小塊后立即用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C冰箱,用足量的干冰(根據(jù)經(jīng)驗(yàn),在秋冬季節(jié),如果打包合適,3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時(shí))寄送;于微生物樣品,請(qǐng)客戶如實(shí)聲明所屬物種,對(duì)于可能致病的微生物,生工保留拒收的權(quán)利;對(duì)于需要進(jìn)行RNA抽提的樣品,可以但不建議將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送,具體情況請(qǐng)先取得溝通。特別申明:不能采用過(guò)柱離心的方法提取總RNA。

擴(kuò)增子測(cè)序,項(xiàng)目介紹:隨著基因編輯技術(shù)(尤其是CRISPR-cas9技術(shù))的發(fā)展,科研人員使用傳統(tǒng)的Sanger測(cè)序技術(shù)無(wú)法快速有效鑒定基因編輯效率。但是,通過(guò)對(duì)靶基因區(qū)域附近設(shè)計(jì)引物,進(jìn)行PCR擴(kuò)增,并對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序,可以快速高效的獲得目標(biāo)區(qū)域的突變頻率信息,尤其是對(duì)低頻突變的檢測(cè)效果遠(yuǎn)遠(yuǎn)優(yōu)于一代測(cè)序,性價(jià)比極高。16S全長(zhǎng)分類測(cè)序,項(xiàng)目介紹:16S全長(zhǎng)測(cè)序分析主要是對(duì) 16S rRNA基因全長(zhǎng)進(jìn)行擴(kuò)增,基于PacBio 測(cè)序平臺(tái)測(cè)序. 相比較二代測(cè)序只選擇 1-2 個(gè)高變區(qū)進(jìn)行測(cè)序,三代可以獲得全長(zhǎng)的 16S 序列,更多變異區(qū)信息可以提高物種鑒定的分辨率,還可以提高對(duì)于群落組成的鑒定的精度。另外,針對(duì)fungus/真核生物,也可以采用類似的辦法,擴(kuò)增ITS/18S全長(zhǎng),進(jìn)行物種分類測(cè)序,提高鑒定精度。KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序?qū)τ跇颖镜牧?,要求的也比較少。上海市ITS高通量測(cè)序平臺(tái)

為什么要用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)?上海宏全基因組高通量測(cè)序項(xiàng)目

KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序跟一代測(cè)序相比有什么優(yōu)點(diǎn)呢?一代測(cè)序:1.數(shù)據(jù)質(zhì)量,套峰,雙峰等情況,需要人工分析校對(duì)。2.測(cè)序長(zhǎng)度,1 kb。3.成本,低。4.樣本用量,100 ng。5.精確度,70-90%。6.測(cè)序能力,需要測(cè)序引物,只能測(cè)測(cè)序引物間的片段序列。7.通量低,(與讀長(zhǎng)有關(guān))。8.實(shí)驗(yàn)周期,如果片段長(zhǎng)度超過(guò)5K,測(cè)通可能需要15天左右。對(duì)于測(cè)序長(zhǎng)度較長(zhǎng),如果我們用Sanger測(cè)序往往需要花費(fèi)大量的時(shí)間,而我們KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序則只需要5-7天,就可以測(cè)通片段長(zhǎng)度小于30kb以下的片段。KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序?qū)τ跇颖镜牧浚蟮囊脖容^少,比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl,如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的,KBSeq就更為適合了。上海宏全基因組高通量測(cè)序項(xiàng)目

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