徐州血液數(shù)字PCR應用

聚合酶鏈式反應準備：10×擴增緩沖液、4種dNTP混合物（終濃度）、引物（終濃度）、模板DNA、Taq DNA聚合酶、Mg2+（終濃度）、補加雙蒸水等。其中dNTP、引物、模板DNA、Taq DNA聚合酶以及Mg2+的加量（或濃度）可根據(jù)實驗調整，以上表格只提供大致參考值。PCR反應五要素：參加PCR反應的物質主要有五種即：引物(PCR引物為DN段，細胞內DNA復制的引物為一段RNA鏈）、酶、dNTP、模板和緩沖液（其中需要Mg2+）。引物有多種設計方法，由PCR在實驗中的目的決定，但基本原則相同。嵌套式PCR在特異性擴增長DN段方面通常比傳統(tǒng)PCR更成功，但它需要更詳細的目標序列知識。徐州血液數(shù)字PCR應用

聚合酶鏈式反應的常見問題：PCR產物的電泳檢測時間一般為48h以內，有些很好于當日電泳檢測，大于48h后帶型不規(guī)則甚至消失。假陰性：不出現(xiàn)擴增條帶。PCR反應的關鍵環(huán)節(jié)有模板核酸的制備，引物的質量與特異性，酶的質量及溴乙錠的使用， PCR循環(huán)條件。尋找原因亦應針對上述環(huán)節(jié)進行分析研究。模板：模板中含有雜蛋白質，模板中含有Taq酶抑制劑，模板中蛋白質沒有消化除凈，特別是染色體中的組蛋白，在提取制備模板時丟失過多，或吸入酚。模板核酸變性不徹底。在酶和引物質量好時，不出現(xiàn)擴增帶，極有可能是標本的消化處理，模板核酸提取過程出了毛病，因而要配制有效而穩(wěn)定的消化處理液，其程序亦應 固定不宜隨意更改。徐州血液數(shù)字PCR應用熱啟動/冷完成聚合酶鏈反應是通過新的雜合聚合酶實現(xiàn)的，這些酶在環(huán)境溫度下不活躍。

現(xiàn)在有些PCR因為擴增區(qū)很短，即使Taq酶活性不是很好也能在很短的時間內復制完成，因此可以改為兩步法，即退火和延伸同時在60℃-65℃間進行，以減少一次升降溫過程，提高了反應速度。檢測：PCR反應擴增出了高的拷貝數(shù)，下一步檢測就成了關鍵。熒光素（溴化乙錠，EB）染色凝膠電泳是很常用的檢測手段。電泳法檢測特異性是不太高的，因此引物兩聚體等非特異性的雜交體很容易引起誤判。但因為其簡捷易行，成為了主流檢測方法。近年來以熒光探針為的檢測方法，有逐漸取代電泳法的趨勢。

聚合酶鏈式反應的循環(huán)參數(shù)：預變性，模板DNA完全變性與PCR酶的完全對PCR能否成功至關重要，建議加熱時間參考試劑說明書，一般未修飾的Taq酶時間為兩分鐘。變性步驟，循環(huán)中一般95℃，30秒足以使各種靶DNA序列完全變性，可能的情況下可縮短該步驟時間。變性時間過長損害酶活性，過短靶序列變性不徹底，易造成擴增失敗。引物退火，退火溫度需要從多方面去決定，一般根據(jù)引物的Tm值為參考，根據(jù)擴增的長度適當下調作為退火溫度。然后在此次實驗基礎上做出預估。退火溫度對PCR的特異性有較大影響。引物延伸，引物延伸一般在72℃進行（Taq酶很適溫度）。但在擴增長度較短且退火溫度較高時，本步驟可省略延伸時間隨擴增片段長短而定，一般推薦在1000bp以上，含Pfu及其衍生物的衍生設定為1min/kbp。循環(huán)數(shù)，大多數(shù)PCR含25-35循環(huán)，過多易產生非特異擴增。延伸，在一個循環(huán)后，反應在72℃維持10-30分鐘．使引物延伸完全，并使單鏈產物退火成雙鏈。聚合酶鏈反應的試劑應分配到一次性的等分試樣中。

聚合酶鏈式反應：反應的控制：PCR反應的緩沖液 提供合適的酸堿度與某些離子；鎂離子濃度 總量應比dNTPs的濃度高，常用1.5mmol/L；底物濃度 dNTP以等摩爾濃度配制，20～200umol/L；TaqDNA聚合酶 2.5U(100ul）；引物濃度一般為0.1 ～ 0.5umol/L；反應溫度和循環(huán)次數(shù)；變性溫度和時間 95℃，30s；退火溫度和時間 低于引物Tm值5 ℃左右，一般在45～55℃；延伸溫度和時間 72℃，1min/kb(10kb內）；Tm值=4(G+C) +2(A+T)；循環(huán)次數(shù) ：一般為25 ～ 30次。循環(huán)數(shù)決定PCR擴增的產量。模板初始濃度低，可增加循環(huán)數(shù)以便達到有效的 擴增量。但循環(huán)數(shù)并不是可以無限增加的。一般循環(huán)數(shù)為30個左右，循環(huán)數(shù)超過30個以后，DNA聚合酶活性逐漸達到飽和，產物的量不再隨循環(huán)數(shù)的增加而增加，出現(xiàn)了所謂的“平臺期”。聚合酶鏈式反應PCR技術的基本原理類似于DNA的天然復制過程。上海特殊樣本定量PCR方案

嵌套聚合酶鏈反應：通過減少DNA非特異性擴增的背景，提高DNA擴增的特異性。徐州血液數(shù)字PCR應用

聚合酶鏈式反應的步驟：標準的PCR過程分為三步：DNA變性：（90℃-96℃）：雙鏈DNA模板在熱作用下，氫鍵斷裂，形成單鏈DNA；退火：（60℃-65℃）：系統(tǒng)溫度降低，引物與DNA模板結合，形成局部雙鏈。延伸：（70℃-75℃）：在Taq酶（在72℃左右，活性很好）的作用下，以dNTP為原料，從引物的3′端開始以從5′→3′端的方向延伸，合成與模板互補的DNA鏈。每一循環(huán)經過變性、退火和延伸，DNA含量即增加一倍?，F(xiàn)在有些PCR因為擴增區(qū)很短，即使Taq酶活性不是很好也能在很短的時間內復制完成，因此可以改為兩步法，即退火和延伸同時在60℃-65℃間進行。徐州血液數(shù)字PCR應用