廈門特殊樣本RT-PCR檢測技術(shù)

Real-time PCR：對擴增技術(shù)的修飾可以從完全未知的基因組中提取片段，或者可以產(chǎn)生感興趣區(qū)域的單鏈。聚合酶鏈反應(yīng)有許多應(yīng)用于傳統(tǒng)的DNA克隆。它可以從更大的基因組中提取片段以插入載體，這可能只有少量可用。使用一組“載體引物”，它還可以分析或提取已經(jīng)插入載體的片段。聚合酶鏈反應(yīng)方案的一些改變可以產(chǎn)生突變(通用的或定點的)插入片段。聚合酶鏈反應(yīng)可以選擇這些突變來理解蛋白質(zhì)是如何完成其功能的，并改變或改善蛋白質(zhì)功能。聚合酶鏈式反應(yīng)：模板的制備，PCR的模板可以是DNA，也可以是RNA。廈門特殊樣本RT-PCR檢測技術(shù)

Real-time PCR：所謂Real-time PCR技術(shù)，是指在PCR反應(yīng)體系中加入螢光基團，利用螢光信號累積實時監(jiān)測整個PCR進程，之后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。利用螢光信號的變化實時檢測PCR擴增反應(yīng)中每一個循環(huán)擴增產(chǎn)物量的變化，通過Ct值和標準曲線的分析對起始模板進行定量分析。Real-time PCR技術(shù)即實時螢光定量PCR避免了傳統(tǒng)PCR以終產(chǎn)物監(jiān)測定量產(chǎn)生的偏差，提高實驗的重複性。該技術(shù)已經(jīng)被普遍用于監(jiān)測細胞mRNA表達量的變化；比較不同組織的mRNA表達差異；驗證基因晶片，siRNA干擾的實驗結(jié)果。連云港血液RT-PCR檢測技術(shù)哪家好序列間特異性聚合酶鏈反應(yīng)放大簡單重復序列之間的區(qū)域，以產(chǎn)生擴增片段長度的獨特指紋。

Real-time PCR鏈式反應(yīng)的常見問題：靶序列變異：如靶序列發(fā)生突變或缺失，影響引物與模板特異性結(jié)合，或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補序列，其PCR擴增是不會成功的。假陽性：出現(xiàn)的PCR擴增條帶與目的靶序列條帶一致，有時其條帶更整齊，亮度更高。引物設(shè)計不合適：選擇的擴增序列與非目的擴增序列有同源性，因而在進行PCR擴增時，擴增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶：PCR擴增有時出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差，dNTP濃度過高，Mg2+濃度過高，退火溫度過低，循環(huán)次數(shù)過多引起。其對策有：減少酶量，或調(diào)換另一來源的酶。②減少dNTP的濃度。適當降低Mg2+濃度。增加模板量，減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈式反應(yīng)準備：PCR所用的酶主要有兩種來源：Taq和Pfu，分別來自兩種不同的噬熱菌。

Real-time PCR：基線（baseline)：通常是3－15個循環(huán)的熒光信號，同一次反應(yīng)中針對不同的基因需單獨設(shè)置基線。閾值（threshold)：自動設(shè)置是3-15個循環(huán)的熒光信號的標準偏差的10倍。手動設(shè)置：置于指數(shù)擴增期，剛好可以清楚地看到熒光信號明顯增強。同一次反應(yīng)中針對不同的基因可單獨設(shè)置閾值，但對于同一個基因擴增一定要用同一個閾值。Ct值：與起始濃度的對數(shù)成線性關(guān)系，分析定量時候一般取Ct:15-35.太大或者太小都會導致定量的不準確。相對定量：通過與內(nèi)參基因Ct值之間的相差來計算基因之間的表達差異,一般是2-△△Ct。或者是考慮擴增效率的Pfaffl法。聚合酶鏈反應(yīng)很容易理解和使用，并迅速產(chǎn)生結(jié)果。

Real-timePCR的反應(yīng)條件：dNTP濃度過高會加快反應(yīng)速度，但同時還可以增加堿基的錯誤摻入率。引物濃度過高會引起錯配和非特異性產(chǎn)物擴增。TaqDNA聚合酶濃度過高會引起錯配和非特異性產(chǎn)物擴增，低則合成產(chǎn)物量減少。TaqDNA聚合酶無校正功能，摻入錯誤率達2*E-4個核苷酸，一個30個循環(huán)的擴增反應(yīng)0.1%-0.25%總錯誤率。在90～95度下可使整個基因組的DNA變性為單鏈。一般94～95度30～60s。時間過長使TaqDNA聚合酶失活和dNTP破壞增多。DNA很快冷卻到40～60度使引物和模板結(jié)合。引物長度在15～25時退火溫度。實時熒光定量PCR的定量方法，在Real-time PCR中，模板定量有兩種策略。黃山血液PCR檢測技術(shù)

聚合酶鏈式反應(yīng)的引物與非特異擴增區(qū)的序列的同源性不要超過70%。廈門特殊樣本RT-PCR檢測技術(shù)

Real-time PCR鏈反應(yīng)的常見問題分析與解決方法：反應(yīng)緩沖液未完全融化或未充分混勻。確保反應(yīng)緩沖液融化完全并徹底混勻。引物特異性差。利用BLAST檢查引物特異性或重新設(shè)計引物。引物量過多。減少反應(yīng)體系中引物的用量。模板量過多。質(zhì)粒DNA的用量應(yīng)<50ng，而基因組DNA則應(yīng)<200ng。外源DNA污染。確保操作的潔凈。陰性對照出現(xiàn)條帶：試劑，頭，工作臺污染。使用全新的試劑和頭，對工作臺進行清潔。條帶大小與理論不符：污染。使用全新的試劑和頭，對工作臺進行清潔。模板或引物使用錯誤。更換引物和模板?；騺喰?。對研究的基因進行序列分析和BLAST研究。逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)較廣用于表達譜，以確定基因的表達或鑒定RNA轉(zhuǎn)錄物的序列。廈門特殊樣本RT-PCR檢測技術(shù)

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