單顆粒冷凍電鏡技術二維圖像分析——顆粒圖像的匹配與分類:二維顆粒圖像的分類是獲取三維結構過程的第一步。對二維圖像的分析包括兩部分:顆粒圖像的匹配和顆粒圖像的分類。匹配的過程通常會對顆粒圖像應用一些變換操作,通過關聯函數去判斷不同顆粒圖像之間的相似程度。圖像匹配的算法主要分為兩種,即不依賴模型的方法和基于模型的方法,取決于是否存在利用樣本先驗信息得到的模板。隨著圖像匹配的完成,顆粒圖像需要進行分類。主要利用多元統計分析和主成分分析方法等算法,其他流行的二維顆粒分類技術還有神經網絡分類,將圖像在二維空間自組織映射(self-organisingmapping,SOM)再進行分類和排序。二維圖像分析的目的是,首先通過圖像匹配消除旋轉和平移的誤差,利用類內緊致、類間離散的原則進行圖像分類,較終可以對類內顆粒圖像進行平均,提高信噪比,從而實現對高分辨率三維結構的構建。冷凍電鏡技術之冷凍透射電鏡優(yōu)點:加速電壓高,電子能穿透厚樣品。寧波冷凍電鏡單顆粒技術
冷凍電鏡技術的儀器結構:(1)圖像記錄系統:收集來自樣品的電子信號,在熒光屏上形成圖像。(2)電子槍:產生電子束的部分,聚光鏡系統負責將電子束聚焦到樣本樣品上。(3)圖像生成系統:由物鏡,中間和投影儀鏡頭以及可移動平臺組成。冷凍電鏡已經能解析出生物大分子的原子級分辨率(0.2-0.3nm)結構,但是這一結果離物理極限還有較大距離。長久以來,冷凍電鏡在結構生物學領域取得了巨大成功,目前,多構象蛋白的三維分類問題和生物大分子的動力學分析依然是充滿挑戰(zhàn)的研究方向,新型的算法發(fā)展也將主要圍繞這些問題展開。而作為一種低信號源激發(fā)測試技術,冷凍電鏡技術在一些對電子束、熱敏感材料,如鈣鈦礦材料、某些高分子材料、水凝膠、量子點等精細結構的物理表征與機理研究中也具有巨大的應用潛力。他山之石,可以攻玉。隨著硬件設備與模擬算法的改進,這項帶著結構生物化學研究邁入新紀元的技術,未來必定擁有更加廣闊的應用前景。廈門透射電子顯微鏡技術服務電話冷凍電鏡技術之冷凍蝕刻電子顯微鏡優(yōu)點:冷凍蝕刻的樣品,經鉑、碳噴鍍而制備的復型膜具有很強的立體感。
冷凍電子顯微技術的發(fā)展與完善經歷了復雜而艱辛的探索,下面,我們將深入解析冷凍電子顯微鏡的工作原理、流程與儀器結構,揭開它的廬山真面目。樣品制備:樣品快速冷凍技術:樣品的原位冷凍固定處理是低溫電子顯微鏡標本制備的開始。冷凍電鏡采用的快速冷凍技術關鍵在于“快速”。這是由于:采用常規(guī)冷凍手段,水分子會在氫鍵作用下形成冰晶,一來會改變樣品結構,二來在成像過程中,冰晶體會產生強烈的電子衍射掩蓋樣品信號。而當冷凍速率足夠快時,水分子在形成晶體之前就會凝固成無定形的玻璃態(tài)冰,具有非晶態(tài)特性,保證了在電子束探測成像的過程中不會對樣品成像造成干擾。冷凍固定時,樣品首先放置在由液氮冷卻的容器中,隨后被快速浸入液態(tài)乙烷中。采用液態(tài)乙烷作為冷凍劑的目的是為了使冷凍速率足夠快,在冷凍過程中,樣品將以每秒104至106K的速度被快速冷卻。生物樣品中的水被玻璃化冷凍后,樣品結構就得到了保持和固定,同時玻璃化冰也不會在真空環(huán)境中揮發(fā),在一定程度上保護了樣品免受電子輻射的損傷。
冷凍電子顯微鏡技術步驟之圖像采集:冷凍的樣品通過專門的設備一冷凍輸送器轉移到電鏡的樣品室。在照相之前,必須觀察樣品中的水是否處于玻璃態(tài),如果不是則應重新制備樣品。由于生物樣品對高能電子的輻射敏感,照相時必須使用較小曝光技術。經過透射電子顯微鏡中一系列復雜的過程,較終在記錄介質上會形成樣品放大幾千倍至幾十萬倍的圖像。利用計算機對這些放大的圖像進行處理分析即可獲得樣品的精細結構。近年來,一個技術上的重大突破是高分辨率圖像采集設備的開發(fā)與應用?;诨パa金屬氧化物半導體(CMOS)技術開發(fā)的直接探測電子成像的裝置使電子顯微放大圖像的信噪比相對過去所使用的底片或電荷耦合元件(CCD)有了很大提高、進而提高了成像的質量。冷凍電子顯微鏡技術之樣品成像:低劑量輻照成像,普通樣品材料在進行表征時,電子劑量越高成像質量越好。
冷凍電子顯微鏡技術中單顆粒重構技術:該技術也叫做單顆粒分析,主要適用于結構具有全同性的生物大分子的結構解析,蛋白質的分子量通常要求在100KD以上,在顆粒數目足夠多的情況下,理論上其分辨率可以達到原子水平。該方法的圖像處理和三維重構計算過程如下:從原始的電鏡照片中將顆粒圖像挑選出來,對其進行二維圖像對中、分類和平均,然后通過計算等價線的方法推算各分類圖的取向,利用傅里葉重構法建立始三維結構模型,通過對原始圖片或分類平均圖與結構模型投影的匹配,優(yōu)化取向參數,進而得到更準確的三維結構模型,如此反復對初始結構模型進行修正,直到收斂獲得較終的結果。單顆粒重構技術近年來發(fā)展迅速,應用普遍,不斷有文章報道利用此技術所獲得的大分子復合物的三維結構。冷凍電鏡技術之冷凍掃描電鏡是克服樣品含水問題的一個快速、可靠和有效的方法。汕頭單顆粒冷凍電鏡技術哪里有
冷凍電鏡技術將生物分子進行冷凍便可進行高分辨率成像,還具有分辨率高等優(yōu)勢。寧波冷凍電鏡單顆粒技術
冷凍電鏡技術解析結構主要風險在:A.樣品很不穩(wěn)定,樣品寄送過來的時候,已經降解或者聚集,無法進行后續(xù)處理;B.樣品在冷凍制樣的過程中,可能會被凍碎,從而無法進行后續(xù)處理;C.樣品純度可能很好,但是均一度很差,從而難以獲得樣品的高分辨結構;D.我們關心的區(qū)域可能在整個復合體中有很強的柔性,從而經過二維或者三維平均后,我們關心區(qū)域的分辨率會比較差甚至看不見,達不到我們的預期;E.一些配體,比如藥物前體分子,分子量太小,不一定能在電鏡的密度圖中觀測到;F.對于合適的樣品,我們冷凍制樣需要優(yōu)化的參數有很多,包括樣品濃度的優(yōu)化,blottime的優(yōu)化,溫度的優(yōu)化,grid規(guī)格(銅網或者金網)的優(yōu)化等一系列條件的優(yōu)化。因此冷凍電鏡制樣需要豐富的經驗和充足的機時支持,不同的實驗者,成功率可能差別很大。寧波冷凍電鏡單顆粒技術
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