上海市轉(zhuǎn)錄組高通量測序原理

來源: 發(fā)布時間:2022-08-15

土壤樣本請置于2 mL離心管里(多準備幾管備用),為保護樣本管,樣本管置于保護用的50 mL離心管或其他類似容器里,并旋緊蓋子;如常溫采的樣品,可以采用藍冰運輸;如果是高溫發(fā)酵罐或者樣品已經(jīng)凍存-80°C,需要用足量干冰運輸; DNA樣品請用1.5 mL離心管裝好并用封口膜封好,并安置于50 mL離心管內(nèi)或其他類似容器里,并旋緊蓋子;藍冰運輸;RNA樣品請用1.5 mL離心管裝好并用封口膜封好,并安置于50 mL離心管內(nèi)或其他類似容器里,并旋緊蓋子;用足量干冰運輸。 生工生物接受客戶自備文庫測序項目。上海市轉(zhuǎn)錄組高通量測序原理

使用顯微鏡進行懸液質(zhì)檢操作時應注意:1.使用血球計數(shù)板時,可以提前鏡檢觀察每小格計數(shù)室內(nèi)是否潔凈無雜質(zhì)。若有雜質(zhì)灰層,則需要多次清洗,直至計數(shù)室潔凈無瑕;2.質(zhì)檢前將懸液輕微震蕩或使用擴口***頭吹打混勻;3.臺盼藍染色后需要盡快完成細胞計數(shù),一般建議不要超過10分鐘;4.如果方格中細胞數(shù)目過多,難以數(shù)清,應當對細胞懸液進行稀釋以便于計數(shù);5.對于壓在方格界線上的細胞應當計數(shù)同側(cè)相鄰兩邊上的細胞數(shù),一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線,數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理,另兩邊不計數(shù)。多重PCR高通量測序平臺PacBio Sequel/RSII 該測序平臺讀長超長,平均可達10 kb以上。

對于細胞樣品,送樣量需達到 5 × 106(5乘10的6次方)數(shù)量級。富集后置于 2 ml Ep管中,用 1 ml TRIzol 重懸,注意取樣后立即用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C 冰箱,埋于足量的干冰中用保溫箱寄送。強烈建議細胞樣品先做細胞鑒定及支原體/衣原體污染之后,再送出來。對于血液樣本,只接收未凍存過的抗凝血新鮮樣本??鼓齽┎豢墒褂酶嗡剽c,可用EDTA或ACD抗凝劑,取血后以冰袋保存,切記不能使血液凍結,從取血之時開始計算,須在48小時之內(nèi)送達生工上??偛扛咄繙y序部。如果不能提供新鮮樣本,則請?zhí)峁难褐刑崛〉目俁NA樣本。備樣要求詳見B、RNA 樣品。

通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質(zhì)檢能觀察到懸液背景質(zhì)量和細胞數(shù)目及活性的評估。讓我們再來回顧一下臺盼藍染色原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內(nèi)而使死細胞染成淡藍色。怎樣通過血球計數(shù)板進行質(zhì)檢操作呢?將血球計數(shù)板擦拭干凈,取干凈的蓋玻片蓋在計數(shù)板上;將細胞懸液混勻(或10μl臺盼藍+10μl細胞懸液),吸出10μl懸液至計數(shù)板上蓋玻片的一側(cè)使細胞核懸液鋪滿蓋玻片和計數(shù)板之間;在顯微鏡下分別對V1/V2/V3/V4四個計數(shù)區(qū)域進行計數(shù);按細胞計數(shù)公式進行計算,計算公式:細胞總數(shù)={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*懸液體積*稀釋倍數(shù),V1/V2/V3/V4為各個計數(shù)區(qū)的細胞數(shù)目,細胞活率=活細胞數(shù)目/總細胞數(shù)目*100%。10xGenomics Chromium X多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術。

單細胞測序技術的應用:單細胞測序技術可以檢測復雜組織中單個細胞不同的生物學特性,這可以極大的幫助我們進一步了解細胞與細胞之間的差異。"這幾乎就像通過幾顆星星看到了整個宇宙。"哈佛大學分子和細胞生物學教授 Alexander Schier的這句話應用在這里也是很合適了。這幅圖正是來自于在2018年4月 Science 雜志發(fā)表的三篇[8-10]來自哈佛醫(yī)學院和哈佛大學的研究人員關于單細胞基因測序文章中的一幅結果圖,Alexander Schier教授也是其中一篇文章的作者。這幾篇文章使用多種檢測技術組合,其中包括對數(shù)千個發(fā)育中的斑馬魚和青蛙胚胎單細胞測序,在胚胎發(fā)育建議初的24小時內(nèi)追蹤單個細胞的發(fā)育情況,可以揭示出胚胎細胞何時何地轉(zhuǎn)變?yōu)樾碌募毎麪顟B(tài)和類型并向我們展示了組織和整個機體從單細胞發(fā)育的完整歷程。Life Ion torrentPGM 運行314、316、318芯片,可以承接擴增子測序、靶區(qū)域測序、基因組重測序服務。上海宏基因組高通量測序公司

高通量測序技術是可以平行對數(shù)百萬甚至數(shù)十億條序列測序的技術。上海市轉(zhuǎn)錄組高通量測序原理

IlluminaHiSeq2500/4000可以運行PE150/PE250模式,可以承擔轉(zhuǎn)錄組測序、人基因組重測序、外顯子捕獲測序、宏基因組測序、微生物分類測序等服務;IlluminaMiSeq運行PE300模式,可以承擔細菌基因組重測序/Denovo測序、微生物分類測序、擴增子測序、核酸適配體測序等服務;LifeIontorrentPGM運行314、316、318芯片,可以承接擴增子測序、靶區(qū)域測序、基因組重測序服務;PacBioSequel/RSII該測序平臺讀長超長,平均可達10kb以上,主要承接細菌基因組完成圖測序、***基因組精細圖測序、全長轉(zhuǎn)錄本測序等服務;上海市轉(zhuǎn)錄組高通量測序原理

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標簽: 高通量測序