上海地區(qū)宏全基因組高通量測序

來源: 發(fā)布時間:2022-09-06

細胞質(zhì)檢時染料染色的原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內(nèi)而使死細胞染成淡藍色。AO/PI染色原理:吖啶橙(AO)是一種小分子染料,可以通過完整的細胞膜,嵌入所有細胞(活細胞和死細胞)的細胞核,呈現(xiàn)綠色熒光;碘化丙啶(PI)只能通過不完整的細胞膜,即死細胞的細胞膜,嵌入所有死細胞的細胞核,呈現(xiàn)紅色熒光,通過標記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細胞和死細胞,這種特異性染色的方法也可以排除無核細胞、雜質(zhì)、碎片等的干擾。請寄送樣本(尤其是細胞樣本)之前鑒定樣本所屬物種。上海地區(qū)宏全基因組高通量測序

對于細胞樣品,送樣量需達到 5 × 106(5乘10的6次方)數(shù)量級。富集后置于 2 ml Ep管中,用 1 ml TRIzol 重懸,注意取樣后立即用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C 冰箱,埋于足量的干冰中用保溫箱寄送。強烈建議細胞樣品先做細胞鑒定及支原體/衣原體污染之后,再送出來。對于血液樣本,只接收未凍存過的抗凝血新鮮樣本??鼓齽┎豢墒褂酶嗡剽c,可用EDTA或ACD抗凝劑,取血后以冰袋保存,切記不能使血液凍結(jié),從取血之時開始計算,須在48小時之內(nèi)送達生工上??偛扛咄繙y序部。如果不能提供新鮮樣本,則請?zhí)峁难褐刑崛〉目俁NA樣本。備樣要求詳見B、RNA 樣品。上海宏全基因組高通量測序項目寄送 RNA 樣品請置于 1.5 ml 離心管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用 Parafilm 封口。

AO/PI染色原理:吖啶橙(AO)是一種小分子染料,可以通過完整的細胞膜,嵌入所有細胞(活細胞和死細胞)的細胞核,呈現(xiàn)綠色熒光;碘化丙啶(PI)只能通過不完整的細胞膜,即死細胞的細胞膜,嵌入所有死細胞的細胞核,呈現(xiàn)紅色熒光,通過標記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細胞和死細胞,這種特異性染色的方法也可以排除無核細胞、雜質(zhì)、碎片等的干擾。熒光細胞計數(shù)儀檢測結(jié)果可以讓我們直觀的看到:細胞濃度(總細胞,活細胞,死細胞)、細胞存活率(臺盼藍和雙熒光AO/PI染色)、細胞平均直徑、細胞聚團率、細胞直徑分布等結(jié)果的展示。

長鏈非編碼RNA(lncRNA)測序(只限有參考基因組物種),項目介紹:長鏈非編碼RNAs(Long non-coding RNAs,LncRNAs)是一類轉(zhuǎn)錄本長度大于200 nt且不編碼蛋白質(zhì)的RNAs(不含rRNA),普遍存在于各種生物體內(nèi)。哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本是LncRNA(相應(yīng)的蛋白編碼RNA比例是1%)。近年來研究表明,LncRNA參與了多種重要的調(diào)控過程,如X染色體沉默、基因組印記及染色質(zhì)修飾等。通過LncRNA測序,可以快速獲得與其生物學過程或者疾病相關(guān)的LncRNA的表達變化,從而促進LncRNA的深入研究。KBSeq全質(zhì)粒測序只能測菌液和質(zhì)粒,像PCR產(chǎn)物什么的還是送一代測序吧。

真核/原核有參mRNA-Seq,項目介紹:轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather,狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達的主要手段,是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式,通過轉(zhuǎn)錄組測序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控,是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后,mapping至參考基因組序列,對mapping到基因上的reads進行計數(shù),計算基因的表達量后,進行基因表達差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。對于多個樣本,可進行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外,依據(jù)參考基因組,可進行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗證性分析;可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析等分析。另外,還可以進行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析,深入研究基因功能,進一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息,為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機理提供方向。于微生物樣品,請客戶如實聲明所屬物種,對于可能致病的微生物,生工保留拒收的權(quán)利。上海地區(qū)宏基因組高通量測序公司

如果是水體樣品,建議采用濾膜過濾后,將濾膜寄送來生工。上海地區(qū)宏全基因組高通量測序

什么是KBSeq全質(zhì)粒測序?它基于第二代測序技術(shù),一次性對大量質(zhì)粒(比較多可達6000個樣本)進行并行測序,利用生物信息學分析,對數(shù)據(jù)進行序列組裝并獲得每一個質(zhì)粒的完整序列信息。所以我們也稱它為,可以部分替代一代測序的高通量測序技術(shù)。測序長度:對于測序長度較長,如果我們用Sanger測序往往需要花費大量的時間,而我們KBSeq全質(zhì)粒測序則只需要5-7天,就可以測通片段長度小于30kb以下的片段。樣本用量:KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧浚蟮囊脖容^少,比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl,如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的,KBSeq就更為適合了。上海地區(qū)宏全基因組高通量測序

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