上海市多重PCR高通量測序原理

來源: 發(fā)布時間:2022-09-19

KBSeq全質(zhì)粒測序跟一代測序相比有什么優(yōu)點呢?一代測序:1.數(shù)據(jù)質(zhì)量,套峰,雙峰等情況,需要人工分析校對。2.測序長度,1 kb。3.成本,低。4.樣本用量,100 ng。5.精確度,70-90%。6.測序能力,需要測序引物,只能測測序引物間的片段序列。7.通量低,(與讀長有關)。8.實驗周期,如果片段長度超過5K,測通可能需要15天左右。對于測序長度較長,如果我們用Sanger測序往往需要花費大量的時間,而我們KBSeq全質(zhì)粒測序則只需要5-7天,就可以測通片段長度小于30kb以下的片段。KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧浚蟮囊脖容^少,比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl,如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的,KBSeq就更為適合了。使用足量的干冰運輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運輸過程中樣品降解的可能性。上海市多重PCR高通量測序原理

單細胞懸液質(zhì)檢方法,在進行單細胞懸液質(zhì)檢時,需要用到以下兩大質(zhì)檢利器的輔助:熒光細胞計數(shù)儀(主要使用臺盼藍和雙熒光AO/PI染色法)進行質(zhì)檢。首先我們先要了解一下細胞質(zhì)檢時染料染色的原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內(nèi)而使死細胞染成淡藍色。熒光細胞計數(shù)儀檢測結(jié)果可以讓我們直觀的看到:細胞濃度(總細胞,活細胞,死細胞)、細胞存活率(臺盼藍和雙熒光AO/PI染色)、細胞平均直徑、細胞聚團率、細胞直徑分布等結(jié)果的展示。上海small RNA高通量測序平臺目前,生工生物已開展10x單細胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-seq)服務,如果正好您有需要,那就快快來call我們吧!

2021年11月1日,在這個平凡而又特殊的日子里,生工生物高通量測序部迎來了一位新成員——10xGenomics Chromium X!不要看我們個頭小,我們可是百萬級單細胞捕獲神器吆。X是如何實現(xiàn)單次運行有這么高的吞吐量呢?多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術。X儀器本身有16個通道(Controller為8通道),每個通道比較多捕獲20000個細胞(Controller為10000個細胞)。再結(jié)合10x的CellPlex多樣本混樣技術,每個通道比較多可捕獲60,000個細胞,去除雙細胞率后,每張芯片比較多可捕獲750,000個單細胞。

通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質(zhì)檢能觀察到懸液背景質(zhì)量和細胞數(shù)目及活性的評估。讓我們再來回顧一下臺盼藍染色原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內(nèi)而使死細胞染成淡藍色。怎樣通過血球計數(shù)板進行質(zhì)檢操作呢?將血球計數(shù)板擦拭干凈,取干凈的蓋玻片蓋在計數(shù)板上;將細胞懸液混勻(或10μl臺盼藍+10μl細胞懸液),吸出10μl懸液至計數(shù)板上蓋玻片的一側(cè)使細胞核懸液鋪滿蓋玻片和計數(shù)板之間;在顯微鏡下分別對V1/V2/V3/V4四個計數(shù)區(qū)域進行計數(shù);按細胞計數(shù)公式進行計算,計算公式:細胞總數(shù)={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*懸液體積*稀釋倍數(shù),V1/V2/V3/V4為各個計數(shù)區(qū)的細胞數(shù)目,細胞活率=活細胞數(shù)目/總細胞數(shù)目*100%。Illumina HiSeq2500/4000 可以運行PE150/PE250模式。

高通量測序技術是可以平行對數(shù)百萬甚至數(shù)十億條序列測序的技術。在基因組測序、轉(zhuǎn)錄組測序、宏基因組測序、表觀遺傳測序、外顯子捕獲測序、靶區(qū)域測序等諸多科研及精細醫(yī)療檢測領域內(nèi)有普遍的運用。生工生物工程(上海)股份有限公司自2011年成立高通量測序部以來,逐步引進了Illumina,Life,PacBio等二代/三代測序平臺。建立了2000m2高標準實驗室(通過了國家ISO認證)以及10PB級運算能力的服務器集群,能滿足絕大多數(shù)科研客戶的研究需要。同時,生工高通量測序團隊建設也在不斷完善中,目前有50余專職員工,其中高級技術人員以及高級生物信息工程師占比50%以上,5年來,通過生工高通量測序結(jié)果發(fā)表的文章累計影響因子超過1000分以上。請注意選擇無RNA酶的容器盛放樣本,盡量避免RNA降解。上海市生工生物 高通量測序技術

近年來,隨著高通量測序技術的發(fā)展和普及,單細胞測序技術發(fā)展十分迅速。上海市多重PCR高通量測序原理

轉(zhuǎn)錄組測序,項目介紹:RNA-Seq,是基于新一代測序技術的轉(zhuǎn)錄組學研究方法:首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的 RNA 并進行 mRNA 富集,然后反轉(zhuǎn)錄為 cDNA 后進行新一代高通量測序,在此基礎上進行短片段拼接組裝,從而獲得一個個單獨轉(zhuǎn)錄本,進而可以對該生物樣品當前狀態(tài)的基因表達狀況有全局了解。對不同階段或部位生物樣品的轉(zhuǎn)錄組進行 比較分析,則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達水平的變化,針對關鍵基因則可以進行代謝通路(Pathway)的構建。上海市多重PCR高通量測序原理

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標簽: 高通量測序