單細(xì)胞測(cè)序高通量測(cè)序測(cè)序

單細(xì)胞測(cè)序是什么？單細(xì)胞測(cè)序是基于高通量測(cè)序（Next-generationsequencingtechnology，NGS）方法，檢測(cè)群體中單細(xì)胞基因組、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞表觀基因組及單細(xì)胞蛋白組，提供細(xì)胞間差異的高分辨率視圖，從分子水平揭示細(xì)胞奧秘。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（Single-cellRNA-Sequencing，ScRNA-Seq）指在單細(xì)胞水平上對(duì)mRNA進(jìn)行高通量測(cè)序和分析的技術(shù)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序能獲得單個(gè)細(xì)胞內(nèi)近萬(wàn)個(gè)基因的表達(dá)信息，為辨別生物組織中各種細(xì)胞類(lèi)型的轉(zhuǎn)錄組特征和全方面揭示細(xì)胞之間基因表達(dá)的異質(zhì)性提供了有力的工具[3]。說(shuō)到細(xì)胞異質(zhì)性（Cellheterogeneity)，就要說(shuō)到我們?yōu)槭裁匆脝渭?xì)胞測(cè)序技術(shù)了。PacBio Sequel/RSII 該測(cè)序平臺(tái)主要承接細(xì)菌基因組完成圖測(cè)序、fungus基因組精細(xì)圖測(cè)序、全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本測(cè)序服務(wù)。單細(xì)胞測(cè)序高通量測(cè)序測(cè)序

真核/原核有參mRNA-Seq，項(xiàng)目介紹：轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather，狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達(dá)的主要手段，是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式，通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控，是目前運(yùn)用較多的研究方式。測(cè)序使用Illumina Xten平臺(tái)，測(cè)序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)質(zhì)控后，mapping至參考基因組序列，對(duì)mapping到基因上的reads進(jìn)行計(jì)數(shù)，計(jì)算基因的表達(dá)量后，進(jìn)行基因表達(dá)差異及差異基因GO、KOG（原核生物為COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。對(duì)于多個(gè)樣本，可進(jìn)行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達(dá)分析、PCA主成分分析。另外，依據(jù)參考基因組，可進(jìn)行諸如基因覆蓋度、測(cè)序飽和度等驗(yàn)證性分析；可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析等分析。另外，還可以進(jìn)行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析，深入研究基因功能，進(jìn)一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息，為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)理提供方向。單細(xì)胞測(cè)序高通量測(cè)序測(cè)序近年來(lái)，隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和普及，單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)發(fā)展十分迅速。

懸液制備好后質(zhì)檢結(jié)果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細(xì)胞懸液質(zhì)檢關(guān)卡究竟是怎樣運(yùn)作的呢？單細(xì)胞懸液質(zhì)控要求：?細(xì)胞濃度：700-1200cells/μl；?細(xì)胞活率>80%（當(dāng)細(xì)胞懸液活率低于70%時(shí)建議進(jìn)行去除死細(xì)胞處理）；細(xì)胞團(tuán)及碎片雜質(zhì)<5%（無(wú)細(xì)胞粘連，無(wú)明顯的細(xì)胞碎片和細(xì)胞團(tuán)，并保證細(xì)胞的完整性）；?細(xì)胞狀態(tài)：細(xì)胞直徑在7-40um之間（細(xì)胞直徑過(guò)大則建議進(jìn)行抽核處理）；?不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細(xì)胞的核酸分子。

KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序跟一代測(cè)序相比有什么優(yōu)點(diǎn)呢？一代測(cè)序：1.數(shù)據(jù)質(zhì)量，套峰，雙峰等情況，需要人工分析校對(duì)。2.測(cè)序長(zhǎng)度，1 kb。3.成本，低。4.樣本用量，100 ng。5.精確度，70-90%。6.測(cè)序能力，需要測(cè)序引物，只能測(cè)測(cè)序引物間的片段序列。7.通量低，（與讀長(zhǎng)有關(guān)）。8.實(shí)驗(yàn)周期，如果片段長(zhǎng)度超過(guò)5K，測(cè)通可能需要15天左右。對(duì)于測(cè)序長(zhǎng)度較長(zhǎng)，如果我們用Sanger測(cè)序往往需要花費(fèi)大量的時(shí)間，而我們KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序則只需要5-7天，就可以測(cè)通片段長(zhǎng)度小于30kb以下的片段。KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序?qū)τ跇颖镜牧?，要求的也比較少，比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl，如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的，KBSeq就更為適合了。請(qǐng)寄送樣本（尤其是細(xì)胞樣本）之前鑒定樣本所屬物種。

高通量測(cè)序技術(shù)是可以平行對(duì)數(shù)百萬(wàn)甚至數(shù)十億條序列測(cè)序的技術(shù)。在基因組測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、宏基因組測(cè)序、表觀遺傳測(cè)序、外顯子捕獲測(cè)序、靶區(qū)域測(cè)序等諸多科研及精細(xì)醫(yī)療檢測(cè)領(lǐng)域內(nèi)有普遍的運(yùn)用。生工生物工程（上海）股份有限公司自2011年成立高通量測(cè)序部以來(lái)，逐步引進(jìn)了Illumina，Life，PacBio等二代/三代測(cè)序平臺(tái)。建立了2000m2高標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室（通過(guò)了國(guó)家ISO認(rèn)證）以及10PB級(jí)運(yùn)算能力的服務(wù)器集群，能滿(mǎn)足絕大多數(shù)科研客戶(hù)的研究需要。同時(shí)，生工高通量測(cè)序團(tuán)隊(duì)建設(shè)也在不斷完善中，目前有50余專(zhuān)職員工，其中高級(jí)技術(shù)人員以及高級(jí)生物信息工程師占比50%以上，5年來(lái)，通過(guò)生工高通量測(cè)序結(jié)果發(fā)表的文章累計(jì)影響因子超過(guò)1000分以上。KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序只能測(cè)菌液和質(zhì)粒，像PCR產(chǎn)物什么的還是送一代測(cè)序吧。上海市高通量測(cè)序項(xiàng)目

DNA樣品請(qǐng)用1.5 mL離心管裝好并用封口膜封好，并安置于50 mL離心管內(nèi)或其他類(lèi)似容器里，并旋緊蓋子。單細(xì)胞測(cè)序高通量測(cè)序測(cè)序

生工外顯子測(cè)序，項(xiàng)目介紹：已知人類(lèi)基因組上有180000個(gè)外顯子，占整個(gè)基因組約1-2%。這些區(qū)域主要負(fù)責(zé)編碼蛋白。絕大多數(shù)的單基因遺傳突變與復(fù)雜疾病突變都發(fā)生在外顯子區(qū)域。相比于全基因組重測(cè) 序，全外顯子捕獲測(cè)序有測(cè)序深度高、價(jià)格便宜的優(yōu)勢(shì)，性?xún)r(jià)比很高。生工生物采用Aglient SureSelect系列外顯子捕獲系統(tǒng)，可以高效富集人全外顯子區(qū)域，并結(jié)合Illumina XTen測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行深度測(cè)序。后期可以完成SNP/InDel/CNV等變異檢測(cè)，形成完整的分析報(bào)告。單細(xì)胞測(cè)序高通量測(cè)序測(cè)序

生工生物工程（上海）股份有限公司是一家有著雄厚實(shí)力背景、信譽(yù)可靠、勵(lì)精圖治、展望未來(lái)、有夢(mèng)想有目標(biāo)，有組織有體系的公司，堅(jiān)持于帶領(lǐng)員工在未來(lái)的道路上大放光明，攜手共畫(huà)藍(lán)圖，在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康行業(yè)中積累了大批忠誠(chéng)的客戶(hù)粉絲源，也收獲了良好的用戶(hù)口碑，為公司的發(fā)展奠定的良好的行業(yè)基礎(chǔ)，也希望未來(lái)公司能成為*****，努力為行業(yè)領(lǐng)域的發(fā)展奉獻(xiàn)出自己的一份力量，我們相信精益求精的工作態(tài)度和不斷的完善創(chuàng)新理念以及自強(qiáng)不息，斗志昂揚(yáng)的的企業(yè)精神將**生工生物工程供應(yīng)和您一起攜手步入輝煌，共創(chuàng)佳績(jī)，一直以來(lái)，公司貫徹執(zhí)行科學(xué)管理、創(chuàng)新發(fā)展、誠(chéng)實(shí)守信的方針，員工精誠(chéng)努力，協(xié)同奮取，以品質(zhì)、服務(wù)來(lái)贏得市場(chǎng)，我們一直在路上！