上海市多重PCR高通量測序測序

來源: 發(fā)布時間:2022-09-23

樣本寄送時,請將填寫完整的紙質(zhì)版《高通量測序送樣表》密封于塑料袋內(nèi),隨樣本一起寄出,紙質(zhì)版的樣本信息單用于樣本接收人員在收到樣本后及時并正確的保存并錄入樣本,如無紙質(zhì)版的樣本信息單可能會延誤項目周期;樣本管壁或管蓋上標(biāo)明的樣本名稱需要與《高通量測序送樣表》里樣本名稱一致,這樣可以避免我們收到樣本后與您確認(rèn)樣本編號而耽誤樣本質(zhì)檢、提取實驗;如有特殊情況,請在《高通量測序送樣表》中注明;樣品編號請避免使用中文、羅馬數(shù)字、“-”以及特殊符號標(biāo)示,避免分析的時候系統(tǒng)無法識別,導(dǎo)致分析無法完成;我們分析人員建議編號可以采用英文字母與阿拉伯?dāng)?shù)字結(jié)合的形式,字符比較好不要過長,避免繪制部分分析圖的時候難以全部展示。DNA樣品請用1.5 mL離心管裝好并用封口膜封好,并安置于50 mL離心管內(nèi)或其他類似容器里,并旋緊蓋子。上海市多重PCR高通量測序測序

KBSeq全質(zhì)粒測序跟一代測序相比有什么優(yōu)點呢?一代測序:1.數(shù)據(jù)質(zhì)量,套峰,雙峰等情況,需要人工分析校對。2.測序長度,1 kb。3.成本,低。4.樣本用量,100 ng。5.精確度,70-90%。6.測序能力,需要測序引物,只能測測序引物間的片段序列。7.通量低,(與讀長有關(guān))。8.實驗周期,如果片段長度超過5K,測通可能需要15天左右。對于測序長度較長,如果我們用Sanger測序往往需要花費大量的時間,而我們KBSeq全質(zhì)粒測序則只需要5-7天,就可以測通片段長度小于30kb以下的片段。KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧?,要求的也比較少,比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl,如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的,KBSeq就更為適合了。無參轉(zhuǎn)錄組高通量測序技術(shù)Illumina HiSeq2500/4000 可以運行PE150/PE250模式。

生工高通量測序樣品要求,環(huán)境樣品:如果是新鮮土壤/污泥樣品,可以以冰袋運輸,不超過3天;如果是凍存過的樣品(-20°C或者-80°C冰箱保存),為避免反復(fù)凍融,建議用足量的干冰(根據(jù)經(jīng)驗,在秋冬季節(jié),如果打包合適,3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時)寄送;如果是水體樣品,建議采用濾膜過濾后,將濾膜寄送來生工。生工不負(fù)責(zé)過濾。要求濾膜3張,冰袋運輸,不超過3天。其余特殊環(huán)境樣品,具體咨詢生工高通量測序部。

DNA樣品:請?zhí)峁╇娪灸z圖,濃度>20 ng/μl,總量一般1~2 μg。乙醇沉淀DNA或凍干DNA,可冰袋運輸,不超過3天。

生工高通量測序樣品要求,RNA樣品:請?zhí)峁舛取?50 ng/μl、總量≥2μg的總RNA樣品,樣品請去蛋白并進(jìn)行DNase處理;請務(wù)必提供每個樣品具體的濃度、體積、制備時間以及物種來源。比較好附上QC數(shù)據(jù),可以是電泳膠圖、分光光度值、Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)或者Agilent Bioanalyzer儀器檢測數(shù)據(jù)等;一般情況下,轉(zhuǎn)錄組測序需要Agilent Bioanalyzer儀器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥7;小RNA測測序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒,可選擇傳統(tǒng)總RNA提取法(如乙醇沉淀、異丙醇沉淀等)或者選用專門的小RNA提取試劑盒;寄送RNA樣品請置于1.5 ml離心管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口。在運輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管中,再將50 ml管放在封口袋中。使用足量的干冰運輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運輸過程中樣品降解的可能性。在運輸前將所有樣品管集中放于大包裝中。

什么是KBSeq全質(zhì)粒測序?它基于第二代測序技術(shù),一次性對大量質(zhì)粒(比較多可達(dá)6000個樣本)進(jìn)行并行測序,利用生物信息學(xué)分析,對數(shù)據(jù)進(jìn)行序列組裝并獲得每一個質(zhì)粒的完整序列信息。所以我們也稱它為,可以部分替代一代測序的高通量測序技術(shù)。測序長度:對于測序長度較長,如果我們用Sanger測序往往需要花費大量的時間,而我們KBSeq全質(zhì)粒測序則只需要5-7天,就可以測通片段長度小于30kb以下的片段。樣本用量:KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧浚蟮囊脖容^少,比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl,如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的,KBSeq就更為適合了。X儀器本身有16個通道(Controller為8通道),每個通道極限多捕獲20000個細(xì)胞(Controller為10000個細(xì)胞) 。上海市高通量測序服務(wù)

請注意選擇無RNA酶的容器盛放樣本,盡量避免RNA降解。上海市多重PCR高通量測序測序

2021年11月1日,在這個平凡而又特殊的日子里,生工生物高通量測序部迎來了一位新成員——10xGenomics Chromium X!不要看我們個頭小,我們可是百萬級單細(xì)胞捕獲神器吆。X是如何實現(xiàn)單次運行有這么高的吞吐量呢?多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù)。X儀器本身有16個通道(Controller為8通道),每個通道比較多捕獲20000個細(xì)胞(Controller為10000個細(xì)胞)。再結(jié)合10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù),每個通道比較多可捕獲60,000個細(xì)胞,去除雙細(xì)胞率后,每張芯片比較多可捕獲750,000個單細(xì)胞。上海市多重PCR高通量測序測序

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