上海地區(qū)SNP高通量測序NGS

來源: 發(fā)布時間:2022-09-26

高通量測序技術是可以平行對數百萬甚至數十億條序列測序的技術。在基因組測序、轉錄組測序、宏基因組測序、表觀遺傳測序、外顯子捕獲測序、靶區(qū)域測序等諸多科研及精細醫(yī)療檢測領域內有普遍的運用。生工生物工程(上海)股份有限公司自2011年成立高通量測序部以來,逐步引進了Illumina,Life,PacBio等二代/三代測序平臺。建立了2000m2高標準實驗室(通過了國家ISO認證)以及10PB級運算能力的服務器集群,能滿足絕大多數科研客戶的研究需要。同時,生工高通量測序團隊建設也在不斷完善中,目前有50余專職員工,其中高級技術人員以及高級生物信息工程師占比50%以上,5年來,通過生工高通量測序結果發(fā)表的文章累計影響因子超過1000分以上。10xGenomics Chromium X多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術。上海地區(qū)SNP高通量測序NGS

IlluminaHiSeq2500/4000可以運行PE150/PE250模式,可以承擔轉錄組測序、人基因組重測序、外顯子捕獲測序、宏基因組測序、微生物分類測序等服務;IlluminaMiSeq運行PE300模式,可以承擔細菌基因組重測序/Denovo測序、微生物分類測序、擴增子測序、核酸適配體測序等服務;LifeIontorrentPGM運行314、316、318芯片,可以承接擴增子測序、靶區(qū)域測序、基因組重測序服務;PacBioSequel/RSII該測序平臺讀長超長,平均可達10kb以上,主要承接細菌基因組完成圖測序、***基因組精細圖測序、全長轉錄本測序等服務;上海市宏基因組高通量測序高通量單細胞測序技術可以檢測復雜組織中單個細胞不同的生物學特性.

懸液制備好后質檢結果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細胞懸液質檢關卡究竟是怎樣運作的呢?單細胞懸液質控要求:?細胞濃度:700-1200cells/μl;?細胞活率>80%(當細胞懸液活率低于70%時建議進行去除死細胞處理);細胞團及碎片雜質<5%(無細胞粘連,無明顯的細胞碎片和細胞團,并保證細胞的完整性);?細胞狀態(tài):細胞直徑在7-40um之間(細胞直徑過大則建議進行抽核處理);?不存在逆轉錄抑制劑和非細胞的核酸分子。

轉錄組測序,項目介紹:RNA-Seq,是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法:首先提取生物樣品的全部轉錄的 RNA 并進行 mRNA 富集,然后反轉錄為 cDNA 后進行新一代高通量測序,在此基礎上進行短片段拼接組裝,從而獲得一個個單獨轉錄本,進而可以對該生物樣品當前狀態(tài)的基因表達狀況有全局了解。對不同階段或部位生物樣品的轉錄組進行 比較分析,則可以在轉錄層面得到基因表達水平的變化,針對關鍵基因則可以進行代謝通路(Pathway)的構建。小RNA測測序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒。

small RNA測序,項目簡介:Small RNA是一類重要的體內調節(jié)分子,長度在18-30 nt之間,主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是誘導基因沉默,參與基因轉錄后調控,從而調節(jié)細胞生長、分化,以及個體發(fā)育、生殖等重要生物學過程。高通量測序技術可以對樣本中所有small RNA家族進行測序和表達定量,從而解析miRNA、siRNA、piRNA和其它非編碼RNA以及相應靶序列。測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數據質控后,進行Clean reads 長度分布統(tǒng)計,small RNA注釋,已知 miRNA 注釋,已知piRNA注釋,ncRNA分析,新 miRNA 預測(有參考基因組),差異基因可視化分析,miRNA 家族分析,差異表達 miRNA 聚類分析,miRNA靶基因預測,靶基因GO、KEGG富集分析。DNA樣品請用1.5 mL離心管裝好并用封口膜封好,并安置于50 mL離心管內或其他類似容器里,并旋緊蓋子。高通量測序高通量

準確、迅速,可以說是KBSeq的代名詞了。上海地區(qū)SNP高通量測序NGS

2021年11月1日,在這個平凡而又特殊的日子里,生工生物高通量測序部迎來了一位新成員——10xGenomics Chromium X!不要看我們個頭小,我們可是百萬級單細胞捕獲神器吆。X是如何實現(xiàn)單次運行有這么高的吞吐量呢?多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術。X儀器本身有16個通道(Controller為8通道),每個通道比較多捕獲20000個細胞(Controller為10000個細胞)。再結合10x的CellPlex多樣本混樣技術,每個通道比較多可捕獲60,000個細胞,去除雙細胞率后,每張芯片比較多可捕獲750,000個單細胞。上海地區(qū)SNP高通量測序NGS

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