轉(zhuǎn)錄組測序,項(xiàng)目介紹:RNA-Seq,是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法:首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的 RNA 并進(jìn)行 mRNA 富集,然后反轉(zhuǎn)錄為 cDNA 后進(jìn)行新一代高通量測序,在此基礎(chǔ)上進(jìn)行短片段拼接組裝,從而獲得一個個單獨(dú)轉(zhuǎn)錄本,進(jìn)而可以對該生物樣品當(dāng)前狀態(tài)的基因表達(dá)狀況有全局了解。對不同階段或部位生物樣品的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行 比較分析,則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化,針對關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路(Pathway)的構(gòu)建。Illumina HiSeq2500/4000 可以運(yùn)行PE150/PE250模式。上海ITS高通量測序公司
生工高通量測序樣品要求,環(huán)境樣品:如果是新鮮土壤/污泥樣品,可以以冰袋運(yùn)輸,不超過3天;如果是凍存過的樣品(-20°C或者-80°C冰箱保存),為避免反復(fù)凍融,建議用足量的干冰(根據(jù)經(jīng)驗(yàn),在秋冬季節(jié),如果打包合適,3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時)寄送;如果是水體樣品,建議采用濾膜過濾后,將濾膜寄送來生工。生工不負(fù)責(zé)過濾。要求濾膜3張,冰袋運(yùn)輸,不超過3天。其余特殊環(huán)境樣品,具體咨詢生工高通量測序部。
DNA樣品:請?zhí)峁╇娪灸z圖,濃度>20 ng/μl,總量一般1~2 μg。乙醇沉淀DNA或凍干DNA,可冰袋運(yùn)輸,不超過3天。 上海地區(qū)宏基因組高通量測序應(yīng)用組織材料樣品(提取RNA用)建議將標(biāo)簽用膠帶貼到管壁,干冰運(yùn)輸。
全基因組測序是對未知基因組序列的物種進(jìn)行個體的基因組測序,其研究主要包括3個方面:第一種為不參考任何現(xiàn)有序列從頭組裝測序,是對未知基因組序列的物種進(jìn)行基因組測序,并綜合利用不同測序技術(shù)和生物信息學(xué)工具對研究物種進(jìn)行序列拼接和修正,進(jìn)而獲得該物種的基因組序列圖譜;第二種為常見的全基因組重測序,是對已知基因組序列的物種進(jìn)行個體或群體的測序研究,建立一個測序文庫進(jìn)行單個個體或不同個體混合池測序,發(fā)現(xiàn)遺傳變異標(biāo)記,進(jìn)行后續(xù)的研究;第三種是在已有參考基因組序列圖譜的基礎(chǔ)上,對不同品種的具有代表性個體建立多個文庫進(jìn)行全基因組從頭組裝測序,此方法能夠進(jìn)一步的進(jìn)行參考基因組的修補(bǔ)和發(fā)現(xiàn)短序列比對難以發(fā)現(xiàn)的遺傳變異。生工生物擁有眾多生物信息分析人才,可進(jìn)行專業(yè)的項(xiàng)目分析,為客戶提供個性化服務(wù)。
生工高通量測序樣品要求,組織/細(xì)胞樣品:請使用新鮮取樣的實(shí)驗(yàn)材料,當(dāng)場分成小塊后立即用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C冰箱,用足量的干冰(根據(jù)經(jīng)驗(yàn),在秋冬季節(jié),如果打包合適,3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時)寄送;于微生物樣品,請客戶如實(shí)聲明所屬物種,對于可能致病的微生物,生工保留拒收的權(quán)利;對于需要進(jìn)行RNA抽提的樣品,可以但不建議將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送,具體情況請先取得溝通。X儀器本身有16個通道(Controller為8通道),每個通道極限多捕獲20000個細(xì)胞(Controller為10000個細(xì)胞) 。
RNA樣品:1.請務(wù)必提供每個樣品具體的濃度、體積、制備時間以及物種來源。比較好附上電泳膠圖或者 Agilent Bioanalyzer 儀器檢測數(shù)據(jù)等;2.對于普通轉(zhuǎn)錄組樣品,請?zhí)峁舛取?00 ng/μl、總量≥2 μg 的總 RNA 樣品,樣品請去蛋白并進(jìn)行 DNase處理;一般情況下,普通轉(zhuǎn)錄組測序需要 RNA 樣品的 OD260/OD280為 2.0~2.2,Agilent Bioanalyzer 2100 器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥8;對于全長轉(zhuǎn)錄組測序樣品(ISO-seq),請?zhí)峁舛却笥?00 ng/ul,總量大于5 μg的總RNA樣品。樣品請去蛋白并進(jìn)行 DNase 處理;全長轉(zhuǎn)錄組測序需要 RNA 樣品的 OD260/OD280 為 2.0~2.2,2.3Agilent Bioanalyzer 2100 器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥8.5;單細(xì)胞測序到底是什么?多重PCR高通量測序服務(wù)
DNA樣品請用1.5 mL離心管裝好并用封口膜封好,并安置于50 mL離心管內(nèi)或其他類似容器里,并旋緊蓋子。上海ITS高通量測序公司
樣本寄送時,請將填寫完整的紙質(zhì)版《高通量測序送樣表》密封于塑料袋內(nèi),隨樣本一起寄出,紙質(zhì)版的樣本信息單用于樣本接收人員在收到樣本后及時并正確的保存并錄入樣本,如無紙質(zhì)版的樣本信息單可能會延誤項(xiàng)目周期;樣本管壁或管蓋上標(biāo)明的樣本名稱需要與《高通量測序送樣表》里樣本名稱一致,這樣可以避免我們收到樣本后與您確認(rèn)樣本編號而耽誤樣本質(zhì)檢、提取實(shí)驗(yàn);如有特殊情況,請?jiān)凇陡咄繙y序送樣表》中注明;樣品編號請避免使用中文、羅馬數(shù)字、“-”以及特殊符號標(biāo)示,避免分析的時候系統(tǒng)無法識別,導(dǎo)致分析無法完成;我們分析人員建議編號可以采用英文字母與阿拉伯?dāng)?shù)字結(jié)合的形式,字符比較好不要過長,避免繪制部分分析圖的時候難以全部展示。上海ITS高通量測序公司
生工生物工程(上海)股份有限公司在同行業(yè)領(lǐng)域中,一直處在一個不斷銳意進(jìn)取,不斷制造創(chuàng)新的市場高度,多年以來致力于發(fā)展富有創(chuàng)新價(jià)值理念的產(chǎn)品標(biāo)準(zhǔn),在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康中始終保持良好的商業(yè)口碑,成績讓我們喜悅,但不會讓我們止步,殘酷的市場磨煉了我們堅(jiān)強(qiáng)不屈的意志,和諧溫馨的工作環(huán)境,富有營養(yǎng)的公司土壤滋養(yǎng)著我們不斷開拓創(chuàng)新,勇于進(jìn)取的無限潛力,生工生物工程供應(yīng)攜手大家一起走向共同輝煌的未來,回首過去,我們不會因?yàn)槿〉昧艘稽c(diǎn)點(diǎn)成績而沾沾自喜,相反的是面對競爭越來越激烈的市場氛圍,我們更要明確自己的不足,做好迎接新挑戰(zhàn)的準(zhǔn)備,要不畏困難,激流勇進(jìn),以一個更嶄新的精神面貌迎接大家,共同走向輝煌回來!