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PCR設(shè)計(jì)引物應(yīng)遵循以下原則:①引物長度:15-30bp,常用為20bp左右。②引物擴(kuò)增跨度:以200-500bp為宜,特定條件下可擴(kuò)增長至10kb的片段。③引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴(kuò)增效果不佳,G+C過多易出現(xiàn)非特異條帶。ATGC比較好隨機(jī)分布,避免5個(gè)以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。④避免引物內(nèi)部出現(xiàn)二級(jí)結(jié)構(gòu),避免兩條引物間互補(bǔ),特別是3'端的互補(bǔ),否則會(huì)形成引物二聚體,產(chǎn)生非特異的擴(kuò)增條帶。⑤引物3'端的堿基,特別是較末及倒數(shù)第二個(gè)堿基,應(yīng)嚴(yán)格要求配對,以避免因末端堿基不配對而導(dǎo)致PCR失敗。⑥引物中有或能加上合適的酶切位點(diǎn),被擴(kuò)增的靶序列比較好有適宜的酶切位點(diǎn),這對酶切分析或分子克隆很有好處。⑦引物的特異性:引物應(yīng)與核酸序列數(shù)據(jù)庫的其它序列無明顯同源性。引物量:每條引物的濃度0.1~1umol或10~100pmol,以比較低引物量產(chǎn)生所需要的結(jié)果為好,引物濃度偏高會(huì)引起錯(cuò)配和非特異性擴(kuò)增,且可增加引物之間形成二聚體的機(jī)會(huì)。英瀚斯生物,分子平臺(tái)實(shí)驗(yàn)人員十年以上經(jīng)驗(yàn),專業(yè)pcr檢測。福建靠譜pcr要多久
長片段PCR通常指擴(kuò)增大于5kb的DNA的片段。長片段PCR傳統(tǒng)上使用TaqDNA聚合酶(為了快速延伸)和高保真酶(為了準(zhǔn)確度)的混合物。隨著高合成能力、高保真DNA聚合酶的發(fā)明,長片段PCR現(xiàn)在可在短時(shí)間內(nèi)高準(zhǔn)確性的完成。通過與一個(gè)強(qiáng)DNA結(jié)合蛋白的結(jié)合,聚合酶可獲得高擴(kuò)增能力,可在短時(shí)間內(nèi)擴(kuò)增長片段(如>20kbgDNA的片段)。初次之外,極高保真度(如>100xTaq)可確保長片段擴(kuò)增的低錯(cuò)誤率。當(dāng)擴(kuò)增>10kb的片段時(shí),PCR實(shí)驗(yàn)方案可能需要在以下5個(gè)關(guān)鍵位置進(jìn)行適當(dāng)優(yōu)化:確保使用高質(zhì)量、高純度的DNA樣本。如果DNA聚合酶的熱穩(wěn)定較低,使用更多量的DNA聚合酶以彌補(bǔ)多次循環(huán)中的聚合酶活性損失。降低退火和延伸步驟的溫度,以助于引物結(jié)合。適當(dāng)增加PCR步驟的時(shí)間,以促進(jìn)模板DNA的完全分離及引物的結(jié)合。適當(dāng)增加PCR延伸時(shí)間確保目的片段的全長擴(kuò)增。浙江有哪些pcrpcr檢測樣本的保存要求與方法?
PCR的臨床應(yīng)用主要用于針對疾病遺傳病等。PCR在醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)學(xué)中**有價(jià)值的應(yīng)用領(lǐng)域就是對疾病的診斷。理論上,只要樣本有一個(gè)病原體存在,PCR就可以檢測到。一般實(shí)驗(yàn)室也能檢出10~100基因拷貝,而目前病原體抗原檢測方法一般需要105-7個(gè)病原體才可檢測到。PCR對病原體的檢測解決了免疫學(xué)檢測的“窗口期”問題,可判斷疾病是否處于隱性或亞臨床狀態(tài)。定量PCR研究資料已表明,病原體數(shù)量與疾病病情的輕重程度、傳染性及針對效果均有相關(guān)性。許多研究表明,人類免疫缺陷病毒(HIV)后,潛伏期長短和臨床癥狀輕重與血液中的病毒量相關(guān);也有研究表明,HIV病毒載量低于一定值時(shí),沒有傳染性。在乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒定量研究中發(fā)現(xiàn),病毒的數(shù)量與某些藥物的療效相關(guān)。例如,干擾素針對對肝炎病毒高拷貝者不敏感,低拷貝者敏感;而有些藥物則具有***降低病毒高拷貝的作用。
PCR的假陽性主要原因之一引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計(jì)引物。靶序列或擴(kuò)增產(chǎn)物的交叉污染:這種污染有兩種原因:一是整個(gè)基因組或大片段的交叉污染,導(dǎo)致假陽性。這種假陽性可用以下方法解決:操作時(shí)應(yīng)小心輕柔,防止將靶序列吸入加樣器內(nèi)或?yàn)R出離心管外。除酶及不能耐高溫的物質(zhì)外,所有試劑或器材均應(yīng)高壓消毒。所用離心管及樣進(jìn)器頭等均應(yīng)一次性使用。必要時(shí),在加標(biāo)本前,反應(yīng)管和試劑用紫外線照射,以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染,這些小片段比靶序列短,但有一定的同源性??苫ハ嗥唇樱c引物互補(bǔ)后,可擴(kuò)增出PCR產(chǎn)物,而導(dǎo)致假陽性的產(chǎn)生,可用巢式PCR方法來減輕或消除。pcr實(shí)驗(yàn)失敗的原因有哪些?
PCR的特異性影響因素有很多,在此我們作一歸納,供大家參考:①退火步驟的嚴(yán)格性:提高退火溫度可以減少不匹配的雜交,從而提高特異性。②減短退火時(shí)間及延伸時(shí)間可以減少錯(cuò)誤引發(fā)及錯(cuò)誤延伸。③引物二聚體是較常見的副產(chǎn)品,降低引物及酶的濃度也可以減少錯(cuò)誤引發(fā),尤其是引物的二聚化。④改變mgcl2(有時(shí)kcl)濃度可以改進(jìn)特異性,這可能是提高反應(yīng)嚴(yán)格性或者對taq酶的直接作用。一般認(rèn)為PCR產(chǎn)物應(yīng)在48h以內(nèi)完成電泳檢測,有些比較好于當(dāng)日電泳檢測,大于48h后帶型就會(huì)出現(xiàn)不規(guī)則,甚至消失。pcr檢測實(shí)驗(yàn)成功的訣竅!陜西常見pcr怎么選擇
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PCR實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)的中心問題是如何避免污染。在實(shí)際工作中,常見的有以下幾種污染類型:擴(kuò)增產(chǎn)物的污染;天然基因組DNA的污染;試劑的污染以及標(biāo)本間的污染。由于一旦發(fā)生污染,實(shí)驗(yàn)就必須停止,直到找到污染源為止,而且實(shí)驗(yàn)結(jié)果必須作廢,需重新進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。所以發(fā)生污染后再圍繞實(shí)驗(yàn)室來尋找污染源不但耗時(shí)而且繁瑣,浪費(fèi)人力物力。因此要避免污染,首先應(yīng)是預(yù)防,而不是排除。PCR擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室原則上分為四個(gè)單獨(dú)的工作區(qū)域:試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)。為避免交叉污染,進(jìn)入各個(gè)工作區(qū)域必須嚴(yán)格遵循單一方向進(jìn)行,即只能從試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)→標(biāo)本制備區(qū)→擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)→擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)。 各實(shí)驗(yàn)區(qū)之間的試劑及樣品傳遞應(yīng)通過傳遞窗進(jìn)行。福建靠譜pcr要多久
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