上海生工生物 高通量測序平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-08-11

全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序,其研究主要包括3個方面:第一種為不參考任何現(xiàn)有序列從頭組裝測序,是對未知基因組序列的物種進行基因組測序,并綜合利用不同測序技術(shù)和生物信息學(xué)工具對研究物種進行序列拼接和修正,進而獲得該物種的基因組序列圖譜;第二種為常見的全基因組重測序,是對已知基因組序列的物種進行個體或群體的測序研究,建立一個測序文庫進行單個個體或不同個體混合池測序,發(fā)現(xiàn)遺傳變異標(biāo)記,進行后續(xù)的研究;第三種是在已有參考基因組序列圖譜的基礎(chǔ)上,對不同品種的具有代表性個體建立多個文庫進行全基因組從頭組裝測序,此方法能夠進一步的進行參考基因組的修補和發(fā)現(xiàn)短序列比對難以發(fā)現(xiàn)的遺傳變異。生工生物擁有眾多生物信息分析人才,可進行專業(yè)的項目分析,為客戶提供個性化服務(wù)。生工一直秉持只要生工已經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的分析內(nèi)容(以生工分析報告模板為準(zhǔn)),全部無費用。上海生工生物 高通量測序平臺

使用顯微鏡進行懸液質(zhì)檢操作時應(yīng)注意:1.使用血球計數(shù)板時,可以提前鏡檢觀察每小格計數(shù)室內(nèi)是否潔凈無雜質(zhì)。若有雜質(zhì)灰層,則需要多次清洗,直至計數(shù)室潔凈無瑕;2.質(zhì)檢前將懸液輕微震蕩或使用擴口***頭吹打混勻;3.臺盼藍染色后需要盡快完成細胞計數(shù),一般建議不要超過10分鐘;4.如果方格中細胞數(shù)目過多,難以數(shù)清,應(yīng)當(dāng)對細胞懸液進行稀釋以便于計數(shù);5.對于壓在方格界線上的細胞應(yīng)當(dāng)計數(shù)同側(cè)相鄰兩邊上的細胞數(shù),一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線,數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理,另兩邊不計數(shù)。上海生工生物 高通量測序平臺組織材料樣品(提取RNA用)建議將標(biāo)簽用膠帶貼到管壁,干冰運輸。

單細胞懸液質(zhì)檢方法,在進行單細胞懸液質(zhì)檢時,需要用到以下兩大質(zhì)檢利器的輔助:熒光細胞計數(shù)儀(主要使用臺盼藍和雙熒光AO/PI染色法)進行質(zhì)檢。首先我們先要了解一下細胞質(zhì)檢時染料染色的原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內(nèi)而使死細胞染成淡藍色。熒光細胞計數(shù)儀檢測結(jié)果可以讓我們直觀的看到:細胞濃度(總細胞,活細胞,死細胞)、細胞存活率(臺盼藍和雙熒光AO/PI染色)、細胞平均直徑、細胞聚團率、細胞直徑分布等結(jié)果的展示。

通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質(zhì)檢能觀察到懸液背景質(zhì)量和細胞數(shù)目及活性的評估。讓我們再來回顧一下臺盼藍染色原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內(nèi)而使死細胞染成淡藍色。怎樣通過血球計數(shù)板進行質(zhì)檢操作呢?將血球計數(shù)板擦拭干凈,取干凈的蓋玻片蓋在計數(shù)板上;將細胞懸液混勻(或10μl臺盼藍+10μl細胞懸液),吸出10μl懸液至計數(shù)板上蓋玻片的一側(cè)使細胞核懸液鋪滿蓋玻片和計數(shù)板之間;在顯微鏡下分別對V1/V2/V3/V4四個計數(shù)區(qū)域進行計數(shù);按細胞計數(shù)公式進行計算,計算公式:細胞總數(shù)={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*懸液體積*稀釋倍數(shù),V1/V2/V3/V4為各個計數(shù)區(qū)的細胞數(shù)目,細胞活率=活細胞數(shù)目/總細胞數(shù)目*100%。什么是KBSeq全質(zhì)粒測序?

怎樣通過血球計數(shù)板進行質(zhì)檢操作呢?將血球計數(shù)板擦拭干凈,取干凈的蓋玻片蓋在計數(shù)板上;將細胞懸液混勻(或10μl臺盼藍+10μl細胞懸液),吸出10μl懸液至計數(shù)板上蓋玻片的一側(cè)使細胞核懸液鋪滿蓋玻片和計數(shù)板之間;在顯微鏡下分別對V1/V2/V3/V4四個計數(shù)區(qū)域進行計數(shù);按細胞計數(shù)公式進行計算,計算公式:細胞總數(shù)={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*懸液體積*稀釋倍數(shù),V1/V2/V3/V4為各個計數(shù)區(qū)的細胞數(shù)目,細胞活率=活細胞數(shù)目/總細胞數(shù)目*100%。特別申明:不能采用過柱離心的方法提取總RNA。上海市靶向捕獲高通量測序高通量

PacBio Sequel/RSII 該測序平臺主要承接細菌基因組完成圖測序、fungus基因組精細圖測序、全長轉(zhuǎn)錄本測序服務(wù)。上海生工生物 高通量測序平臺

懸液制備好后質(zhì)檢結(jié)果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細胞懸液質(zhì)檢關(guān)卡究竟是怎樣運作的呢?單細胞懸液質(zhì)控要求:?細胞濃度:700-1200cells/μl;?細胞活率>80%(當(dāng)細胞懸液活率低于70%時建議進行去除死細胞處理);細胞團及碎片雜質(zhì)<5%(無細胞粘連,無明顯的細胞碎片和細胞團,并保證細胞的完整性);?細胞狀態(tài):細胞直徑在7-40um之間(細胞直徑過大則建議進行抽核處理);?不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細胞的核酸分子。上海生工生物 高通量測序平臺

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