上海市small RNA高通量測序原理

來源: 發(fā)布時間:2022-10-21

微生物基因組重測序(有參):目前越來越多的微生物基因組被解析出來了。從而使得科研工作者們可以對某些物種微生物進行進行物種進化、種群特征、選擇壓力等研究。利用高通量測序技術,對有參考基因組微生物進行多個體的基因組重測序,精細分析其與參考基因組的SNP、InDel、SV等變異信息。微生物基因組從頭測序(無參):對于不斷分離培養(yǎng)微生物的客戶來說,要確定一個菌株是否是新菌株或者新菌種,較快捷的辦法就是,直接進行基因組測序。利用高通量測序技術,對這些基因組進行高深度測序,然后進行基因組組裝,獲得基因組的框架圖或者精細圖甚至是完成圖。從而可以快速解析其基因組結構、基因功能、進化關系。于微生物樣品,請客戶如實聲明所屬物種,對于可能致病的微生物,生工保留拒收的權利。上海市small RNA高通量測序原理

單細胞轉錄組測序中,制備高質量的單細胞懸液至關重要。而懸液制備好后質檢結果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細胞懸液質檢關卡究竟是怎樣運作的呢?單細胞懸液質控要求:?細胞濃度:700-1200cells/μl;?細胞活率>80%(當細胞懸液活率低于70%時建議進行去除死細胞處理);細胞團及碎片雜質<5%(無細胞粘連,無明顯的細胞碎片和細胞團,并保證細胞的完整性);?細胞狀態(tài):細胞直徑在7-40um之間(細胞直徑過大則建議進行抽核處理);?不存在逆轉錄抑制劑和非細胞的核酸分子。上海地區(qū)多重擴增高通量測序應用Illumina HiSeq2500/4000 可以運行PE150/PE250模式。

長鏈非編碼RNA(lncRNA)測序(只限有參考基因組物種),項目介紹:長鏈非編碼RNAs(Long non-coding RNAs,LncRNAs)是一類轉錄本長度大于200 nt且不編碼蛋白質的RNAs(不含rRNA),普遍存在于各種生物體內。哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產(chǎn)生的轉錄本是LncRNA(相應的蛋白編碼RNA比例是1%)。近年來研究表明,LncRNA參與了多種重要的調控過程,如X染色體沉默、基因組印記及染色質修飾等。通過LncRNA測序,可以快速獲得與其生物學過程或者疾病相關的LncRNA的表達變化,從而促進LncRNA的深入研究。

真核/原核有參mRNA-Seq,項目介紹:轉錄組(transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內所有轉錄產(chǎn)物的gather,狹義上指所有mRNA的gather。轉錄組是研究基因表達的主要手段,是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質組的紐帶。轉錄水平的調控是生物體重要的調控方式,通過轉錄組測序分析轉錄水平的調控,是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質控后,mapping至參考基因組序列,對mapping到基因上的reads進行計數(shù),計算基因的表達量后,進行基因表達差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。對于多個樣本,可進行重復相關性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外,依據(jù)參考基因組,可進行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗證性分析;可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉錄本預測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進行關聯(lián)分析等分析。另外,還可以進行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡互作等分析,深入研究基因功能,進一步揭示基因間互作網(wǎng)絡等信息,為研究網(wǎng)絡調控機理提供方向。KBSeq全質粒測序對于樣本的量,要求的也比較少。

懸液制備好后質檢結果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細胞懸液質檢關卡究竟是怎樣運作的呢?單細胞懸液質控要求:?細胞濃度:700-1200cells/μl;?細胞活率>80%(當細胞懸液活率低于70%時建議進行去除死細胞處理);細胞團及碎片雜質<5%(無細胞粘連,無明顯的細胞碎片和細胞團,并保證細胞的完整性);?細胞狀態(tài):細胞直徑在7-40um之間(細胞直徑過大則建議進行抽核處理);?不存在逆轉錄抑制劑和非細胞的核酸分子。使用足量的干冰運輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運輸過程中樣品降解的可能性。上海市16s高通量測序應用

X儀器本身有16個通道(Controller為8通道),每個通道極限多捕獲20000個細胞(Controller為10000個細胞) 。上海市small RNA高通量測序原理

全轉錄組測序(Total RNA-Seq),項目介紹:全轉錄組是指特定細胞在特定狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA(non-coding RNA)。針對非編碼RNA的研究主要集中在具有調控作用的miRNA,lncRNA和circRNA?;诙鷾y序技術的全轉錄組測序研究,同時分析同一樣本中的mRNA,lncRNA,circRNA和miRNA,并且通過關聯(lián)分析,使研究內容更加系統(tǒng)化,致力于深入挖掘生命現(xiàn)象背后的轉錄調控問題。組織樣品或者總 RNA, 樣品名稱清晰,干冰運輸。上海市small RNA高通量測序原理

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標簽: 高通量測序