西藏二代測(cè)序應(yīng)用

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的主要測(cè)序?qū)ο蟀ㄒ韵聨最悾ㄉ希?

信使RNA（mRNA）

mRNA是編碼蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)錄本，在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中，可通過(guò)對(duì)mRNA的測(cè)序和分析，了解基因的表達(dá)水平、可變剪接情況以及基因結(jié)構(gòu)變異等，從而揭示基因在特定細(xì)胞或組織中的功能和調(diào)控機(jī)制。

非編碼RNA

核糖體RNA（rRNA）：雖然rRNA在細(xì)胞中的含量豐富，但在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中，通常會(huì)在前期實(shí)驗(yàn)中通過(guò)特定的方法將其去除，以減少其對(duì)其他RNA測(cè)序的干擾。不過(guò)在某些特殊研究中，如對(duì)rRNA的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制或其與其他分子的相互作用研究時(shí)，也可能會(huì)專門針對(duì)rRNA進(jìn)行測(cè)序。

轉(zhuǎn)運(yùn)RNA（tRNA）：tRNA在蛋白質(zhì)合成過(guò)程中起著重要的轉(zhuǎn)運(yùn)氨基酸的作用。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以對(duì)tRNA的轉(zhuǎn)錄水平、修飾情況以及與其他RNA或蛋白質(zhì)的相互作用進(jìn)行研究，以深入了解其在基因表達(dá)調(diào)控中的功能。

微小 RNA（miRNA）：miRNA 是一類長(zhǎng)度較短的非編碼 RNA，通常通過(guò)與 mRNA 的互補(bǔ)配對(duì)結(jié)合，抑制 mRNA 的翻譯或促使其降解，從而調(diào)控基因表達(dá)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以發(fā)現(xiàn)新的 miRNA，研究其在不同生理和病理狀態(tài)下的表達(dá)變化以及作用靶點(diǎn)等。 二代測(cè)序可以檢測(cè)基因嗎？西藏二代測(cè)序應(yīng)用

二代測(cè)序的建庫(kù)步驟①樣本準(zhǔn)備樣本采集：根據(jù)研究目的采**適的樣本，如血液、組織、細(xì)胞等。例如，在**研究中，可能會(huì)采集**組織和對(duì)應(yīng)的正常組織。對(duì)于血液樣本，一般采用靜脈穿刺采集外周血，收集在含有抗凝劑（如EDTA）的**管中，以防止血液凝固。組織樣本則需要在合適的條件下盡快處理，以保持核酸的完整性。如果是新鮮組織，可將其置于液氮中速凍，然后保存在-80℃冰箱中。核酸提?。簭臉颖局刑崛「哔|(zhì)量的DNA或RNA。對(duì)于DNA提取，常用的方法有酚-氯仿抽提法和商業(yè)化的DNA提取試劑盒。酚-氯仿抽提法是利用酚和氯仿使蛋白質(zhì)變性，離心后使DNA處于水相，從而實(shí)現(xiàn)分離。試劑盒則是基于吸附柱的原理，DNA在特定的緩沖液條件下吸附在硅膠膜上，經(jīng)過(guò)洗滌和洗脫步驟得到純凈的DNA。RNA提取過(guò)程中，需要特別注意防止RNA酶的污染，因?yàn)镽NA酶***存在且很穩(wěn)定，容易降解RNA。一般會(huì)使用含有RNA酶抑制劑的試劑，如焦碳酸二乙酯（DEPC）處理水來(lái)配制試劑，并且操作過(guò)程要在無(wú)RNA酶的環(huán)境中進(jìn)行，如使用無(wú)RNA酶的***頭和離心管。常用的RNA提取方法是Trizol法，Trizol試劑可以同時(shí)破碎細(xì)胞并使RNA與蛋白質(zhì)和DNA分離，然后通過(guò)氯仿抽提、異丙醇沉淀等步驟得到RNA。黑龍江嘉安健達(dá)二代測(cè)序流程二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)是高通量。

二代測(cè)序的數(shù)據(jù)量

全基因組測(cè)序

一般人類全基因組測(cè)序，若測(cè)序深度為30x-50x，人類基因組大小約3Gb，則數(shù)據(jù)量在90Gb-150Gb之間。如進(jìn)行高深度測(cè)序以發(fā)現(xiàn)更多低頻突變等罕見(jiàn)疾病信息，測(cè)序深度達(dá)100x以上，數(shù)據(jù)量會(huì)超300Gb.

外顯子測(cè)序

外顯子總長(zhǎng)度約30Mb，占全基因組1%左右，測(cè)序深度50x-100x時(shí)，數(shù)據(jù)量需1.5Gb-3Gb.

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，基礎(chǔ)基因表達(dá)分析建議20M-30Mreads，數(shù)據(jù)量約5Gb-20Gb；檢測(cè)低表達(dá)基因或復(fù)雜轉(zhuǎn)錄本拼裝推薦50M-100Mreads，數(shù)據(jù)量相應(yīng)增加；100Mreads以上屬于高深度測(cè)序，適合解析復(fù)雜可變剪切事件和罕見(jiàn)轉(zhuǎn)錄本.長(zhǎng)讀長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，解析復(fù)雜轉(zhuǎn)錄本推薦數(shù)據(jù)量為5Gb-20Gb，研究全轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性建議單樣本數(shù)據(jù)量>20Gb.

ChIP-seq

轉(zhuǎn)錄因子檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)為20M-40Mreads，組蛋白修飾寬譜圖則需要更高測(cè)序量.

關(guān)于二代測(cè)序的簡(jiǎn)介：二代測(cè)序技術(shù)(Next-GenerationSeguencing,NGS)也稱為高通量測(cè)序技術(shù)，是一種能夠同時(shí)對(duì)數(shù)百萬(wàn)甚至數(shù)十億個(gè)DNA片段進(jìn)行測(cè)序的方法。與傳統(tǒng)的桑格測(cè)序相比二代測(cè)序技術(shù)具有高通量、高準(zhǔn)確性、高靈敏度和低成本等優(yōu)勢(shì)。二代測(cè)序技術(shù)在大幅提高了測(cè)序速度的同時(shí)，大幅度的降低了測(cè)序成本，保持了高準(zhǔn)確性，以前完成一個(gè)人類基因組的測(cè)序需要3年時(shí)間，而使用二代測(cè)序技術(shù)則需要1周，但其序列讀長(zhǎng)方面比起一代測(cè)序技術(shù)則要短很多，大多只100bp-150bp。二代測(cè)序可以應(yīng)用在哪些方面？

常見(jiàn)的二代測(cè)序平臺(tái)有哪些？

一、Illumina系列

NovaSeq系列：通量高，可產(chǎn)出大量測(cè)序數(shù)據(jù)，適用于大規(guī)模基因組測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等項(xiàng)目，能滿足科研和臨床對(duì)高通量數(shù)據(jù)的需求，如NovaSeq6000，其S2試劑可實(shí)現(xiàn)PE50/PE100/PE150測(cè)序，產(chǎn)出1.2T/flowcell.

HiSeq系列：包括HiSeqXten、HiSeq等型號(hào)，不同型號(hào)在通量、讀長(zhǎng)和應(yīng)用場(chǎng)景上有所差異，如HiSeqXten的PE150測(cè)序可達(dá)到120G/lane，常用于人類基因組重測(cè)序等項(xiàng)目.

MiSeqDesktopSystem：是桌面型測(cè)序系統(tǒng)，通量相對(duì)較低，但操作簡(jiǎn)便、快速，適合小型實(shí)驗(yàn)室或特定的小規(guī)模測(cè)序項(xiàng)目，如針對(duì)特定基因的測(cè)序研究. RNA測(cè)序也是二代測(cè)序。青海哪里有二代測(cè)序原理

二代測(cè)序的使用場(chǎng)景都有哪些？西藏二代測(cè)序應(yīng)用

二代測(cè)序—全外顯子測(cè)序的優(yōu)勢(shì)針對(duì)性強(qiáng)：它主要聚焦于基因組中編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域，這部分區(qū)域雖然只占整個(gè)基因組的1-2%左右，但包含了大部分與疾病相關(guān)的突變。例如，在研究孟德?tīng)栠z傳病時(shí)，很多致病突變都位于外顯子區(qū)域，通過(guò)全外顯子測(cè)序可以更高效地找到這些突變。成本效益高：相比于全基因組測(cè)序，全外顯子測(cè)序的成本相對(duì)較低。因?yàn)樗恍枰獙?duì)整個(gè)基因組（包括大量的非編碼區(qū)域）進(jìn)行測(cè)序，在一定程度上減少了數(shù)據(jù)量和測(cè)序成本，同時(shí)又能獲取大部分有重要功能意義的遺傳信息。西藏二代測(cè)序應(yīng)用