ITS高通量測序應(yīng)用

來源: 發(fā)布時間:2022-10-17

AO/PI染色原理:吖啶橙(AO)是一種小分子染料,可以通過完整的細胞膜,嵌入所有細胞(活細胞和死細胞)的細胞核,呈現(xiàn)綠色熒光;碘化丙啶(PI)只能通過不完整的細胞膜,即死細胞的細胞膜,嵌入所有死細胞的細胞核,呈現(xiàn)紅色熒光,通過標(biāo)記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細胞和死細胞,這種特異性染色的方法也可以排除無核細胞、雜質(zhì)、碎片等的干擾。熒光細胞計數(shù)儀檢測結(jié)果可以讓我們直觀的看到:細胞濃度(總細胞,活細胞,死細胞)、細胞存活率(臺盼藍和雙熒光AO/PI染色)、細胞平均直徑、細胞聚團率、細胞直徑分布等結(jié)果的展示。生工高通量測序部擁有豐富的樣品處理經(jīng)驗,日均處理樣品200余例。ITS高通量測序應(yīng)用

真核/原核有參mRNA-Seq,項目介紹:轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather,狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達的主要手段,是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式,通過轉(zhuǎn)錄組測序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控,是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后,mapping至參考基因組序列,對mapping到基因上的reads進行計數(shù),計算基因的表達量后,進行基因表達差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。對于多個樣本,可進行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外,依據(jù)參考基因組,可進行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗證性分析;可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析等分析。另外,還可以進行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析,深入研究基因功能,進一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息,為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機理提供方向。上?;蚪M高通量測序生物信息分析經(jīng)驗豐富,可以滿足客戶標(biāo)準(zhǔn)分析到定制分析作圖的需求。

臺盼藍染色原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內(nèi)而使死細胞染成淡藍色。

通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質(zhì)檢得到質(zhì)檢結(jié)果:明場(細胞未染色):主要可以觀察懸液背景質(zhì)量(背景干凈,無雜質(zhì)碎片,無細胞團塊);臺盼藍場(細胞與臺盼藍染色后):主要可以觀察活性(主要為活細胞,未染色藍色的為活細胞);通過臺盼藍場計算活率:90%>80%;細胞濃度:710cells/μl;等結(jié)果來看,血球計數(shù)板質(zhì)檢結(jié)果的展示可以看出所有指標(biāo)均符合上機標(biāo)準(zhǔn),屬于高質(zhì)量單細胞懸液。

對于微生物樣品,請客戶如實聲明所屬物種;對于可能致病的微生物,生工將拒收。以固體培養(yǎng)基培養(yǎng)的樣品,需將樣品從培養(yǎng)基上刮取下來,用干冰寄送;以液體培養(yǎng)基培養(yǎng)的樣品,需離心后棄培養(yǎng)液收集樣品,用RNA組織保存液(例如RNA-Be-Locker A)保存,以干冰或冰袋寄送;沒有RNA組織保存液的情況下,也可用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C 冰箱,埋于足量干冰寄送。***樣品送樣量需至少達到100 mg/樣;細菌樣品送樣量需至少達到107(10的7次方)數(shù)量級,同時,在與樣本一同寄送的送樣表上,標(biāo)明屬于革蘭氏陽性菌(G+)還是革蘭氏陰性菌(G-)。近年來,隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展和普及,單細胞測序技術(shù)發(fā)展十分迅速。

KBSeq全質(zhì)粒測序跟一代測序相比有什么優(yōu)點呢?一代測序:1.數(shù)據(jù)質(zhì)量,套峰,雙峰等情況,需要人工分析校對。2.測序長度,1 kb。3.成本,低。4.樣本用量,100 ng。5.精確度,70-90%。6.測序能力,需要測序引物,只能測測序引物間的片段序列。7.通量低,(與讀長有關(guān))。8.實驗周期,如果片段長度超過5K,測通可能需要15天左右。對于測序長度較長,如果我們用Sanger測序往往需要花費大量的時間,而我們KBSeq全質(zhì)粒測序則只需要5-7天,就可以測通片段長度小于30kb以下的片段。KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧?,要求的也比較少,比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl,如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的,KBSeq就更為適合了。準(zhǔn)確、迅速,可以說是KBSeq的代名詞了。上海地區(qū)基因組高通量測序原理

生工生物接受客戶自備文庫測序項目。ITS高通量測序應(yīng)用

擴增子測序,項目介紹:隨著基因編輯技術(shù)(尤其是CRISPR-cas9技術(shù))的發(fā)展,科研人員使用傳統(tǒng)的Sanger測序技術(shù)無法快速有效鑒定基因編輯效率。但是,通過對靶基因區(qū)域附近設(shè)計引物,進行PCR擴增,并對PCR產(chǎn)物進行高通量測序,可以快速高效的獲得目標(biāo)區(qū)域的突變頻率信息,尤其是對低頻突變的檢測效果遠遠優(yōu)于一代測序,性價比極高。16S全長分類測序,項目介紹:16S全長測序分析主要是對 16S rRNA基因全長進行擴增,基于PacBio 測序平臺測序. 相比較二代測序只選擇 1-2 個高變區(qū)進行測序,三代可以獲得全長的 16S 序列,更多變異區(qū)信息可以提高物種鑒定的分辨率,還可以提高對于群落組成的鑒定的精度。另外,針對fungus/真核生物,也可以采用類似的辦法,擴增ITS/18S全長,進行物種分類測序,提高鑒定精度。ITS高通量測序應(yīng)用

生工生物工程(上海)股份有限公司是一家有著先進的發(fā)展理念,先進的管理經(jīng)驗,在發(fā)展過程中不斷完善自己,要求自己,不斷創(chuàng)新,時刻準(zhǔn)備著迎接更多挑戰(zhàn)的活力公司,在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康中匯聚了大量的人脈以及**,在業(yè)界也收獲了很多良好的評價,這些都源自于自身不努力和大家共同進步的結(jié)果,這些評價對我們而言是比較好的前進動力,也促使我們在以后的道路上保持奮發(fā)圖強、一往無前的進取創(chuàng)新精神,努力把公司發(fā)展戰(zhàn)略推向一個新高度,在全體員工共同努力之下,全力拼搏將共同生工生物工程供應(yīng)和您一起攜手走向更好的未來,創(chuàng)造更有價值的產(chǎn)品,我們將以更好的狀態(tài),更認(rèn)真的態(tài)度,更飽滿的精力去創(chuàng)造,去拼搏,去努力,讓我們一起更好更快的成長!

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