上海微生物高通量測序平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-10-17

單細胞測序是什么?單細胞測序是基于高通量測序(Next-generationsequencingtechnology,NGS)方法,檢測群體中單細胞基因組、單細胞轉錄組、單細胞表觀基因組及單細胞蛋白組,提供細胞間差異的高分辨率視圖,從分子水平揭示細胞奧秘。單細胞轉錄組測序(Single-cellRNA-Sequencing,ScRNA-Seq)指在單細胞水平上對mRNA進行高通量測序和分析的技術。單細胞轉錄組測序能獲得單個細胞內近萬個基因的表達信息,為辨別生物組織中各種細胞類型的轉錄組特征和全方面揭示細胞之間基因表達的異質性提供了有力的工具[3]。說到細胞異質性(Cellheterogeneity),就要說到我們?yōu)槭裁匆脝渭毎麥y序技術了。寄送 RNA 樣品請置于 1.5 ml 離心管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用 Parafilm 封口。上海微生物高通量測序平臺

使用顯微鏡進行懸液質檢操作時應注意:1.使用血球計數板時,可以提前鏡檢觀察每小格計數室內是否潔凈無雜質。若有雜質灰層,則需要多次清洗,直至計數室潔凈無瑕;2.質檢前將懸液輕微震蕩或使用擴口***頭吹打混勻;3.臺盼藍染色后需要盡快完成細胞計數,一般建議不要超過10分鐘;4.如果方格中細胞數目過多,難以數清,應當對細胞懸液進行稀釋以便于計數;5.對于壓在方格界線上的細胞應當計數同側相鄰兩邊上的細胞數,一般可采取“數上線不數下線,數左線不數右線”的原則處理,另兩邊不計數。上海SNP高通量測序服務關鍵是KBSeq還可以省錢。

樣本寄送時,請將填寫完整的紙質版《高通量測序送樣表》密封于塑料袋內,隨樣本一起寄出,紙質版的樣本信息單用于樣本接收人員在收到樣本后及時并正確的保存并錄入樣本,如無紙質版的樣本信息單可能會延誤項目周期;樣本管壁或管蓋上標明的樣本名稱需要與《高通量測序送樣表》里樣本名稱一致,這樣可以避免我們收到樣本后與您確認樣本編號而耽誤樣本質檢、提取實驗;如有特殊情況,請在《高通量測序送樣表》中注明;樣品編號請避免使用中文、羅馬數字、“-”以及特殊符號標示,避免分析的時候系統(tǒng)無法識別,導致分析無法完成;我們分析人員建議編號可以采用英文字母與阿拉伯數字結合的形式,字符比較好不要過長,避免繪制部分分析圖的時候難以全部展示。

全轉錄組測序(Total RNA-Seq),項目介紹:全轉錄組是指特定細胞在特定狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA(non-coding RNA)。針對非編碼RNA的研究主要集中在具有調控作用的miRNA,lncRNA和circRNA?;诙鷾y序技術的全轉錄組測序研究,同時分析同一樣本中的mRNA,lncRNA,circRNA和miRNA,并且通過關聯分析,使研究內容更加系統(tǒng)化,致力于深入挖掘生命現象背后的轉錄調控問題。組織樣品或者總 RNA, 樣品名稱清晰,干冰運輸。在運輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管中,再將50 ml管放在封口袋中。

IlluminaHiSeq2500/4000可以運行PE150/PE250模式,可以承擔轉錄組測序、人基因組重測序、外顯子捕獲測序、宏基因組測序、微生物分類測序等服務;IlluminaMiSeq運行PE300模式,可以承擔細菌基因組重測序/Denovo測序、微生物分類測序、擴增子測序、核酸適配體測序等服務;LifeIontorrentPGM運行314、316、318芯片,可以承接擴增子測序、靶區(qū)域測序、基因組重測序服務;PacBioSequel/RSII該測序平臺讀長超長,平均可達10kb以上,主要承接細菌基因組完成圖測序、***基因組精細圖測序、全長轉錄本測序等服務;近年來,隨著高通量測序技術的發(fā)展和普及,單細胞測序技術發(fā)展十分迅速。上海市宏全基因組高通量測序NGS

DNA樣品建議用藍冰運輸。上海微生物高通量測序平臺

為什么要用單細胞測序技術?細胞是生物體結構和功能的基本單位,在生物體生長發(fā)育的過程中,因細胞類型、外界環(huán)境以及內部調節(jié)因素的不同,其轉錄組信息也不盡相同。由于基因組和表觀遺傳的重編程,以及在細胞分裂和分化過程中出現的誤差造成來自同一細胞系或個體的細胞呈現出不同的基因組、轉錄組和表觀基因組[4]。這就是我們上面提到的細胞異質性。細胞異質性是生物組織和生物系統(tǒng)的普遍特征[5]。但是我們常規(guī)的二代測序檢測的是一個細胞群體的基因組、轉錄組的信息,如培養(yǎng)的大量細胞、動植物組織甚至是整個生物體。在過去的20多年中,人們對轉錄組的人數仍然局限在群體水平[6]。這種方法可以為我們提供大量的基因組或轉錄組數據,卻無法揭示細胞的異質性。傳統(tǒng)方法得到的是細胞群的平均基因組,而單細胞測序測量的是細胞群中單個細胞的基因組[7]。現在也有學者為了區(qū)分傳統(tǒng)測序和單細胞測序的區(qū)別,將傳統(tǒng)方法稱為批量測序。上海微生物高通量測序平臺

生工生物工程(上海)股份有限公司是一家有著先進的發(fā)展理念,先進的管理經驗,在發(fā)展過程中不斷完善自己,要求自己,不斷創(chuàng)新,時刻準備著迎接更多挑戰(zhàn)的活力公司,在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康中匯聚了大量的人脈以及**,在業(yè)界也收獲了很多良好的評價,這些都源自于自身不努力和大家共同進步的結果,這些評價對我們而言是比較好的前進動力,也促使我們在以后的道路上保持奮發(fā)圖強、一往無前的進取創(chuàng)新精神,努力把公司發(fā)展戰(zhàn)略推向一個新高度,在全體員工共同努力之下,全力拼搏將共同生工生物工程供應和您一起攜手走向更好的未來,創(chuàng)造更有價值的產品,我們將以更好的狀態(tài),更認真的態(tài)度,更飽滿的精力去創(chuàng)造,去拼搏,去努力,讓我們一起更好更快的成長!

標簽: 高通量測序