細胞質檢時染料染色的原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內而使死細胞染成淡藍色。AO/PI染色原理:吖啶橙(AO)是一種小分子染料,可以通過完整的細胞膜,嵌入所有細胞(活細胞和死細胞)的細胞核,呈現(xiàn)綠色熒光;碘化丙啶(PI)只能通過不完整的細胞膜,即死細胞的細胞膜,嵌入所有死細胞的細胞核,呈現(xiàn)紅色熒光,通過標記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細胞和死細胞,這種特異性染色的方法也可以排除無核細胞、雜質、碎片等的干擾。近年來,隨著高通量測序技術的發(fā)展和普及,單細胞測序技術發(fā)展十分迅速。全質粒測序高通量測序技術生...
使用顯微鏡進行懸液質檢操作時應注意:1.使用血球計數(shù)板時,可以提前鏡檢觀察每小格計數(shù)室內是否潔凈無雜質。若有雜質灰層,則需要多次清洗,直至計數(shù)室潔凈無瑕;2.質檢前將懸液輕微震蕩或使用擴口***頭吹打混勻;3.臺盼藍染色后需要盡快完成細胞計數(shù),一般建議不要超過10分鐘;4.如果方格中細胞數(shù)目過多,難以數(shù)清,應當對細胞懸液進行稀釋以便于計數(shù);5.對于壓在方格界線上的細胞應當計數(shù)同側相鄰兩邊上的細胞數(shù),一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線,數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理,另兩邊不計數(shù)。生物信息分析經驗豐富,可以滿足客戶標準分析到定制分析作圖的需求。上?;蚪M高通量測序公司通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質檢得到質檢結果...
長鏈非編碼RNA(lncRNA)測序(只限有參考基因組物種),項目介紹:長鏈非編碼RNAs(Long non-coding RNAs,LncRNAs)是一類轉錄本長度大于200 nt且不編碼蛋白質的RNAs(不含rRNA),普遍存在于各種生物體內。哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產生的轉錄本是LncRNA(相應的蛋白編碼RNA比例是1%)。近年來研究表明,LncRNA參與了多種重要的調控過程,如X染色體沉默、基因組印記及染色質修飾等。通過LncRNA測序,可以快速獲得與其生物學過程或者疾病相關的LncRNA的表達變化,從而促進LncRNA的深入研究。RNA樣品請用1.5 mL離心管裝好并用...
懸液制備好后質檢結果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細胞懸液質檢關卡究竟是怎樣運作的呢?單細胞懸液質控要求:?細胞濃度:700-1200cells/μl;?細胞活率>80%(當細胞懸液活率低于70%時建議進行去除死細胞處理);細胞團及碎片雜質<5%(無細胞粘連,無明顯的細胞碎片和細胞團,并保證細胞的完整性);?細胞狀態(tài):細胞直徑在7-40um之間(細胞直徑過大則建議進行抽核處理);?不存在逆轉錄抑制劑和非細胞的核酸分子。生工生物已開展10x單細胞轉錄組測序(scRNA-seq)服務,如果正好您有需要,那就快快來call我們吧!上海市多重擴增高通量測序平臺生工其他PCR產物測序,項目介紹:隨...
單細胞轉錄組測序中,制備高質量的單細胞懸液至關重要。而懸液制備好后質檢結果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細胞懸液質檢關卡究竟是怎樣運作的呢?單細胞懸液質控要求:?細胞濃度:700-1200cells/μl;?細胞活率>80%(當細胞懸液活率低于70%時建議進行去除死細胞處理);細胞團及碎片雜質<5%(無細胞粘連,無明顯的細胞碎片和細胞團,并保證細胞的完整性);?細胞狀態(tài):細胞直徑在7-40um之間(細胞直徑過大則建議進行抽核處理);?不存在逆轉錄抑制劑和非細胞的核酸分子。如果是水體樣品,建議采用濾膜過濾后,將濾膜寄送來生工。lncRNA高通量測序項目16s/18s/ITS微生物分類測序,...
臺盼藍染色原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內而使死細胞染成淡藍色。 通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質檢得到質檢結果:明場(細胞未染色):主要可以觀察懸液背景質量(背景干凈,無雜質碎片,無細胞團塊);臺盼藍場(細胞與臺盼藍染色后):主要可以觀察活性(主要為活細胞,未染色藍色的為活細胞);通過臺盼藍場計算活率:90%>80%;細胞濃度:710cells/μl;等結果來看,血球計數(shù)板質檢結果的展示可以看出所有指標均符合上機標準,屬于高質量單細胞懸液。 生工一直秉持只要生工已經標準化的分析內容(以生工分析報告模...
2021年11月1日,在這個平凡而又特殊的日子里,生工生物高通量測序部迎來了一位新成員——10xGenomics Chromium X!不要看我們個頭小,我們可是百萬級單細胞捕獲神器吆。X是如何實現(xiàn)單次運行有這么高的吞吐量呢?多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術。X儀器本身有16個通道(Controller為8通道),每個通道比較多捕獲20000個細胞(Controller為10000個細胞)。再結合10x的CellPlex多樣本混樣技術,每個通道比較多可捕獲60,000個細胞,去除雙細胞率后,每張芯片比較多可捕獲750,000個單細胞。準確、迅速,可以說是KBSeq的代名詞...
單細胞測序是什么?單細胞測序是基于高通量測序(Next-generationsequencingtechnology,NGS)方法,檢測群體中單細胞基因組、單細胞轉錄組、單細胞表觀基因組及單細胞蛋白組,提供細胞間差異的高分辨率視圖,從分子水平揭示細胞奧秘。單細胞轉錄組測序(Single-cellRNA-Sequencing,ScRNA-Seq)指在單細胞水平上對mRNA進行高通量測序和分析的技術。單細胞轉錄組測序能獲得單個細胞內近萬個基因的表達信息,為辨別生物組織中各種細胞類型的轉錄組特征和全方面揭示細胞之間基因表達的異質性提供了有力的工具[3]。說到細胞異質性(Cellheterogenei...
臺盼藍染色原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內而使死細胞染成淡藍色。 通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質檢得到質檢結果:明場(細胞未染色):主要可以觀察懸液背景質量(背景干凈,無雜質碎片,無細胞團塊);臺盼藍場(細胞與臺盼藍染色后):主要可以觀察活性(主要為活細胞,未染色藍色的為活細胞);通過臺盼藍場計算活率:90%>80%;細胞濃度:710cells/μl;等結果來看,血球計數(shù)板質檢結果的展示可以看出所有指標均符合上機標準,屬于高質量單細胞懸液。 如果問現(xiàn)在什么技術是測序屆的寵兒,那么單細胞測序則是我們不...
KBSeq全質粒測序跟一代測序相比有什么優(yōu)點呢?一代測序:1.數(shù)據(jù)質量,套峰,雙峰等情況,需要人工分析校對。2.測序長度,1 kb。3.成本,低。4.樣本用量,100 ng。5.精確度,70-90%。6.測序能力,需要測序引物,只能測測序引物間的片段序列。7.通量低,(與讀長有關)。8.實驗周期,如果片段長度超過5K,測通可能需要15天左右。對于測序長度較長,如果我們用Sanger測序往往需要花費大量的時間,而我們KBSeq全質粒測序則只需要5-7天,就可以測通片段長度小于30kb以下的片段。KBSeq全質粒測序對于樣本的量,要求的也比較少,比如質粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μ...
生工高通量測序樣品要求,組織/細胞樣品:請使用新鮮取樣的實驗材料,當場分成小塊后立即用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C冰箱,用足量的干冰(根據(jù)經驗,在秋冬季節(jié),如果打包合適,3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時)寄送;于微生物樣品,請客戶如實聲明所屬物種,對于可能致病的微生物,生工保留拒收的權利;對于需要進行RNA抽提的樣品,可以但不建議將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送,具體情況請先取得溝通。對于需要進行RNA抽提的部分特殊樣品,可以將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送。上海市ITS高通量測序高通量2021年11月1日,在這個平凡而又特殊的日子里,生...
臺盼藍染色原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內而使死細胞染成淡藍色。 通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質檢得到質檢結果:明場(細胞未染色):主要可以觀察懸液背景質量(背景干凈,無雜質碎片,無細胞團塊);臺盼藍場(細胞與臺盼藍染色后):主要可以觀察活性(主要為活細胞,未染色藍色的為活細胞);通過臺盼藍場計算活率:90%>80%;細胞濃度:710cells/μl;等結果來看,血球計數(shù)板質檢結果的展示可以看出所有指標均符合上機標準,屬于高質量單細胞懸液。 現(xiàn)在也有學者為了區(qū)分傳統(tǒng)測序和單細胞測序的區(qū)別,將傳統(tǒng)方法...
生工人、大、小鼠全基因組測序,項目介紹:人或者大、小鼠全部基因組重測序,研究其突變信息(包括SNP/InDel/CNV/SV),并注釋突變位點信息。該技術可同時獲取編碼區(qū)及非編碼區(qū)突變信息,被廣泛應用于遺傳病、tumour及其它其它疾病研究中。測序平臺:HiSeq XTen平臺進行PE150測序。生工微生物基因組測序,項目介紹:微生物基因組重測序(有參)目前越來越多的微生物基因組被解析出來了。從而使得科研工作者們可以對某些物種微生物進行進行物種進化、種群特征、選擇壓力等研究。利用高通量測序技術,對有參考基因組微生物進行多個體的基因組重測序,精細分析其與參考基因組的SNP、InDel、SV等變異...
真核/原核無參mRNA-Seq,項目介紹;測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數(shù)據(jù)質控后進行拼接,并進一步對拼接所得轉錄本進行功能注釋、CDD、CDS分析,SNP分析,SSR標記開發(fā)等分析。在計算基因的表達量后,進行基因表達差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。對于多個樣本,可進行重復相關性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外,還可以進行基因功能互作、蛋白網絡互作等分析,深入研究基因功能,進一步揭示基因間互作網絡等信息,為研究網絡調控機理提供方向。 寄送RNA樣品請置于1.5 ml離心管中,管上注明樣品名稱、濃...
生工人、大、小鼠全基因組測序,項目介紹:人或者大、小鼠全部基因組重測序,研究其突變信息(包括SNP/InDel/CNV/SV),并注釋突變位點信息。該技術可同時獲取編碼區(qū)及非編碼區(qū)突變信息,被廣泛應用于遺傳病、tumour及其它其它疾病研究中。測序平臺:HiSeq XTen平臺進行PE150測序。生工微生物基因組測序,項目介紹:微生物基因組重測序(有參)目前越來越多的微生物基因組被解析出來了。從而使得科研工作者們可以對某些物種微生物進行進行物種進化、種群特征、選擇壓力等研究。利用高通量測序技術,對有參考基因組微生物進行多個體的基因組重測序,精細分析其與參考基因組的SNP、InDel、SV等變異...
細胞質檢時染料染色的原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內而使死細胞染成淡藍色。AO/PI染色原理:吖啶橙(AO)是一種小分子染料,可以通過完整的細胞膜,嵌入所有細胞(活細胞和死細胞)的細胞核,呈現(xiàn)綠色熒光;碘化丙啶(PI)只能通過不完整的細胞膜,即死細胞的細胞膜,嵌入所有死細胞的細胞核,呈現(xiàn)紅色熒光,通過標記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細胞和死細胞,這種特異性染色的方法也可以排除無核細胞、雜質、碎片等的干擾。現(xiàn)在也有學者為了區(qū)分傳統(tǒng)測序和單細胞測序的區(qū)別,將傳統(tǒng)方法稱為批量測序。單細胞測序高通量測序應...
AO/PI染色原理:吖啶橙(AO)是一種小分子染料,可以通過完整的細胞膜,嵌入所有細胞(活細胞和死細胞)的細胞核,呈現(xiàn)綠色熒光;碘化丙啶(PI)只能通過不完整的細胞膜,即死細胞的細胞膜,嵌入所有死細胞的細胞核,呈現(xiàn)紅色熒光,通過標記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細胞和死細胞,這種特異性染色的方法也可以排除無核細胞、雜質、碎片等的干擾。熒光細胞計數(shù)儀檢測結果可以讓我們直觀的看到:細胞濃度(總細胞,活細胞,死細胞)、細胞存活率(臺盼藍和雙熒光AO/PI染色)、細胞平均直徑、細胞聚團率、細胞直徑分布等結果的展示。DNA樣品請?zhí)峁╇娪灸z圖,濃度>20 ng/μl,總量一般1~2 μg。乙醇沉淀D...
如果你的樣品是質?;蛘呤蔷?,那為什么不試試我們的KBSeq呢?準確、迅速,可以說是KBSeq的代名詞了,關鍵是還可以省錢,估計這是很多小伙伴們一定會說,你這個服務單價可比Sanger貴多了,怎么可能會省錢呢?Sanger測序的價格:常規(guī)的一代測序基本上要每800 bp就測一個反應,那我們來算一下14000/800=17.5,那基本上就要測18個反應了,按照現(xiàn)在生工官方的價格區(qū)間,這個屬于反應數(shù)在10-49個反應之間的,那每個反應的價格為26元,這樣算下來18*26=468元,還要加上引物合成的費用,實驗周期的話大概率是要超過15天的。KBSeq全質粒測序的價格:序列長度屬于6-15 kb之間...
真核/原核有參mRNA-Seq,項目介紹:轉錄組(transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內所有轉錄產物的gather,狹義上指所有mRNA的gather。轉錄組是研究基因表達的主要手段,是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質組的紐帶。轉錄水平的調控是生物體重要的調控方式,通過轉錄組測序分析轉錄水平的調控,是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數(shù)據(jù)經過質控后,mapping至參考基因組序列,對mapping到基因上的reads進行計數(shù),計算基因的表達量后,進行基因表達差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEG...
2021年11月1日,在這個平凡而又特殊的日子里,生工生物高通量測序部迎來了一位新成員——10xGenomics Chromium X!不要看我們個頭小,我們可是百萬級單細胞捕獲神器吆。X是如何實現(xiàn)單次運行有這么高的吞吐量呢?多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術。X儀器本身有16個通道(Controller為8通道),每個通道比較多捕獲20000個細胞(Controller為10000個細胞)。再結合10x的CellPlex多樣本混樣技術,每個通道比較多可捕獲60,000個細胞,去除雙細胞率后,每張芯片比較多可捕獲750,000個單細胞。如果是水體樣品,建議采用濾膜過濾后,將...
真核/原核有參mRNA-Seq,項目介紹:轉錄組(transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內所有轉錄產物的gather,狹義上指所有mRNA的gather。轉錄組是研究基因表達的主要手段,是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質組的紐帶。轉錄水平的調控是生物體重要的調控方式,通過轉錄組測序分析轉錄水平的調控,是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數(shù)據(jù)經過質控后,mapping至參考基因組序列,對mapping到基因上的reads進行計數(shù),計算基因的表達量后,進行基因表達差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEG...
高通量測序技術是可以平行對數(shù)百萬甚至數(shù)十億條序列測序的技術。在基因組測序、轉錄組測序、宏基因組測序、表觀遺傳測序、外顯子捕獲測序、靶區(qū)域測序等諸多科研及精細醫(yī)療檢測領域內有普遍的運用。生工生物工程(上海)股份有限公司自2011年成立高通量測序部以來,逐步引進了Illumina,Life,PacBio等二代/三代測序平臺。建立了2000m2高標準實驗室(通過了國家ISO認證)以及10PB級運算能力的服務器集群,能滿足絕大多數(shù)科研客戶的研究需要。同時,生工高通量測序團隊建設也在不斷完善中,目前有50余專職員工,其中高級技術人員以及高級生物信息工程師占比50%以上,5年來,通過生工高通量測序結果發(fā)表...
IlluminaHiSeq2500/4000可以運行PE150/PE250模式,可以承擔轉錄組測序、人基因組重測序、外顯子捕獲測序、宏基因組測序、微生物分類測序等服務;IlluminaMiSeq運行PE300模式,可以承擔細菌基因組重測序/Denovo測序、微生物分類測序、擴增子測序、核酸適配體測序等服務;LifeIontorrentPGM運行314、316、318芯片,可以承接擴增子測序、靶區(qū)域測序、基因組重測序服務;PacBioSequel/RSII該測序平臺讀長超長,平均可達10kb以上,主要承接細菌基因組完成圖測序、***基因組精細圖測序、全長轉錄本測序等服務;生工高通量測序部擁有豐富...
對于微生物樣品,請客戶如實聲明所屬物種;對于可能致病的微生物,生工將拒收。以固體培養(yǎng)基培養(yǎng)的樣品,需將樣品從培養(yǎng)基上刮取下來,用干冰寄送;以液體培養(yǎng)基培養(yǎng)的樣品,需離心后棄培養(yǎng)液收集樣品,用RNA組織保存液(例如RNA-Be-Locker A)保存,以干冰或冰袋寄送;沒有RNA組織保存液的情況下,也可用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C 冰箱,埋于足量干冰寄送。***樣品送樣量需至少達到100 mg/樣;細菌樣品送樣量需至少達到107(10的7次方)數(shù)量級,同時,在與樣本一同寄送的送樣表上,標明屬于革蘭氏陽性菌(G+)還是革蘭氏陰性菌(G-)。ChIP項目至少要求50ng DNA,以Qubi...
樣本寄送時,請將填寫完整的紙質版《高通量測序送樣表》密封于塑料袋內,隨樣本一起寄出,紙質版的樣本信息單用于樣本接收人員在收到樣本后及時并正確的保存并錄入樣本,如無紙質版的樣本信息單可能會延誤項目周期;樣本管壁或管蓋上標明的樣本名稱需要與《高通量測序送樣表》里樣本名稱一致,這樣可以避免我們收到樣本后與您確認樣本編號而耽誤樣本質檢、提取實驗;如有特殊情況,請在《高通量測序送樣表》中注明;樣品編號請避免使用中文、羅馬數(shù)字、“-”以及特殊符號標示,避免分析的時候系統(tǒng)無法識別,導致分析無法完成;我們分析人員建議編號可以采用英文字母與阿拉伯數(shù)字結合的形式,字符比較好不要過長,避免繪制部分分析圖的時候難以全...
生工人、大、小鼠全基因組測序,項目介紹:人或者大、小鼠全部基因組重測序,研究其突變信息(包括SNP/InDel/CNV/SV),并注釋突變位點信息。該技術可同時獲取編碼區(qū)及非編碼區(qū)突變信息,被廣泛應用于遺傳病、tumour及其它其它疾病研究中。測序平臺:HiSeq XTen平臺進行PE150測序。生工微生物基因組測序,項目介紹:微生物基因組重測序(有參)目前越來越多的微生物基因組被解析出來了。從而使得科研工作者們可以對某些物種微生物進行進行物種進化、種群特征、選擇壓力等研究。利用高通量測序技術,對有參考基因組微生物進行多個體的基因組重測序,精細分析其與參考基因組的SNP、InDel、SV等變異...
使用顯微鏡進行懸液質檢操作時應注意:1.使用血球計數(shù)板時,可以提前鏡檢觀察每小格計數(shù)室內是否潔凈無雜質。若有雜質灰層,則需要多次清洗,直至計數(shù)室潔凈無瑕;2.質檢前將懸液輕微震蕩或使用擴口***頭吹打混勻;3.臺盼藍染色后需要盡快完成細胞計數(shù),一般建議不要超過10分鐘;4.如果方格中細胞數(shù)目過多,難以數(shù)清,應當對細胞懸液進行稀釋以便于計數(shù);5.對于壓在方格界線上的細胞應當計數(shù)同側相鄰兩邊上的細胞數(shù),一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線,數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理,另兩邊不計數(shù)。組織材料樣品(提取RNA用)建議將標簽用膠帶貼到管壁,干冰運輸。SNP高通量測序項目通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質檢能觀察到懸液背景...
微生物基因組重測序(有參):目前越來越多的微生物基因組被解析出來了。從而使得科研工作者們可以對某些物種微生物進行進行物種進化、種群特征、選擇壓力等研究。利用高通量測序技術,對有參考基因組微生物進行多個體的基因組重測序,精細分析其與參考基因組的SNP、InDel、SV等變異信息。微生物基因組從頭測序(無參):對于不斷分離培養(yǎng)微生物的客戶來說,要確定一個菌株是否是新菌株或者新菌種,較快捷的辦法就是,直接進行基因組測序。利用高通量測序技術,對這些基因組進行高深度測序,然后進行基因組組裝,獲得基因組的框架圖或者精細圖甚至是完成圖。從而可以快速解析其基因組結構、基因功能、進化關系。DNA樣品請?zhí)峁╇娪灸z...
單細胞測序技術的應用:單細胞測序技術可以檢測復雜組織中單個細胞不同的生物學特性,這可以極大的幫助我們進一步了解細胞與細胞之間的差異。"這幾乎就像通過幾顆星星看到了整個宇宙。"哈佛大學分子和細胞生物學教授 Alexander Schier的這句話應用在這里也是很合適了。這幅圖正是來自于在2018年4月 Science 雜志發(fā)表的三篇[8-10]來自哈佛醫(yī)學院和哈佛大學的研究人員關于單細胞基因測序文章中的一幅結果圖,Alexander Schier教授也是其中一篇文章的作者。這幾篇文章使用多種檢測技術組合,其中包括對數(shù)千個發(fā)育中的斑馬魚和青蛙胚胎單細胞測序,在胚胎發(fā)育建議初的24小時內追蹤單個細胞...
擴增子測序,項目介紹:隨著基因編輯技術(尤其是CRISPR-cas9技術)的發(fā)展,科研人員使用傳統(tǒng)的Sanger測序技術無法快速有效鑒定基因編輯效率。但是,通過對靶基因區(qū)域附近設計引物,進行PCR擴增,并對PCR產物進行高通量測序,可以快速高效的獲得目標區(qū)域的突變頻率信息,尤其是對低頻突變的檢測效果遠遠優(yōu)于一代測序,性價比極高。16S全長分類測序,項目介紹:16S全長測序分析主要是對 16S rRNA基因全長進行擴增,基于PacBio 測序平臺測序. 相比較二代測序只選擇 1-2 個高變區(qū)進行測序,三代可以獲得全長的 16S 序列,更多變異區(qū)信息可以提高物種鑒定的分辨率,還可以提高對于群落組成...